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- PDB-2o34: Crystal structure of protein DVU1097 from Desulfovibrio vulgaris ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o34
タイトルCrystal structure of protein DVU1097 from Desulfovibrio vulgaris Hildenborough, Pfam DUF375
要素Hypothetical protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / HYPOTHETICAL PROTEIN / PSI / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性Uncharacterised protein family UPF0280 / T-fold / ApbE-like domains / ApbE-like superfamily / Roll / Alpha Beta / ApbE family lipoprotein
機能・相同性情報
生物種Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 多波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Sauder, J.M. / Schwinn, K.D. / Thompson, D.A. / Rutter, M.E. / Dickey, M. / Groshong, C. / Bain, K.T. / Adams, J.M. ...Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Sauder, J.M. / Schwinn, K.D. / Thompson, D.A. / Rutter, M.E. / Dickey, M. / Groshong, C. / Bain, K.T. / Adams, J.M. / Reyes, C. / Rooney, I. / Powell, A. / Boice, A. / Gheyi, T. / Ozyurt, S. / Atwell, S. / Wasserman, S.R. / Emtage, S. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Hypothetical Protein from Desulfovibrio vulgaris Hildenborough
著者: Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Sauder, J.M. / Thompson, D.A. / Rutter, M.E. / Dickey, M. / Groshong, C. / Bain, K.T. / Adams, J.M. / Reyes, C. / Rooney, I. / Powell, A. / Boice, A. / Gheyi, ...著者: Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Sauder, J.M. / Thompson, D.A. / Rutter, M.E. / Dickey, M. / Groshong, C. / Bain, K.T. / Adams, J.M. / Reyes, C. / Rooney, I. / Powell, A. / Boice, A. / Gheyi, T. / Ozyurt, S. / Atwell, S. / Wasserman, S.R. / Schwinn, K.D. / Emtage, S. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2006年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42018年11月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.52019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.62021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.72023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.82024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein
B: Hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9105
ポリマ－53,8412
非ポリマー693
水6,738374
1
A: Hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9663
ポリマ－26,9201
非ポリマー462
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9432
ポリマ－26,9201
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.480, 81.480, 151.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細DIMER. The second part of the biological assembly (subunit B) is related by the two fold axis with subunit A: x+1/2,-y+1/2,-z + (0 0 0)

-
要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein


分子量: 26920.459 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q72D34
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 374 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.02 %
結晶化温度: 295 K / pH: 4.6
詳細: 2.0M sodium formate, 0.1M Na acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K, pH 4.60

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97961
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月24日 / 詳細: SGX-CAT
放射モノクロメーター: SGX-CAT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97961 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3.4 % / Av σ(I) over netI: 8.3 / 数: 323036 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Χ2: 1.12 / D res high: 1.84 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 95129 / % possible obs: 76.3
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
3.965099.310.0641.0534.2
3.153.9610010.0871.0234.3
2.753.1510010.1640.9094.3
2.52.7598.810.3420.9254
2.322.59410.4941.1013.2
2.182.3286.610.9352.312.6
2.072.1880.610.651.112.3
1.982.0763.510.6741.1322
1.911.982610.6891.3971.8
1.841.9113.510.761.761.6
反射解像度: 1.98→50 Å / Num. obs: 55000 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 1.98→2.07 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.674 / % possible all: 63.5

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
SHELX精密化
DENZOデータ削減
PDB_EXTRACTデータ抽出
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.95→19.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 4.412 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.248 / ESU R Free: 0.228 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Highly anisotropic diffraction data were corrected using elipsoidal truncation and anisotropic scaling
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 1717 5.2 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs0.213 31401 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3566 0 3 374 3943
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0223625
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4831.9664929
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5985482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.6422.403154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.0315566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9051542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2572
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022778
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2250.21725
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.22446
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.2246
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1140.212
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2350.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1730.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9661.52378
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.79123791
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.28531276
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9494.51136
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 9 -
Rwork0.299 108 -
obs--2.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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