PDB-5kkq: Homo sapiens CCCTC-binding factor (CTCF) ZnF3-7 and DNA complex s...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5kkq

タイトル

Homo sapiens CCCTC-binding factor (CTCF) ZnF3-7 and DNA complex structure

要素

DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*TP*A)-3')
DNA (5'-D(*TP*AP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*CP*CP*TP*GP*CP*TP*GP*GP*C)-3')
Transcriptional repressor CTCF

キーワード

TRANSCRIPTION/DNA / CTCF / zinc finger / TRANSCRIPTION-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

chromatin loop anchoring activity / chromatin insulator sequence binding / regulation of centromeric sister chromatid cohesion / genomic imprinting / protein localization to chromosome, centromeric region / chromatin looping / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / chromosome, centromeric region / condensed chromosome / epigenetic regulation of gene expression ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.744 Å

データ登録者

Hashimoto, H. / Wang, D. / Cheng, X.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2017
タイトル: Structural Basis for the Versatile and Methylation-Dependent Binding of CTCF to DNA.
著者: Hashimoto, H. / Wang, D. / Horton, J.R. / Zhang, X. / Corces, V.G. / Cheng, X.

履歴

登録	2016年6月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年6月7日	Group: Database references
改定 1.2	2017年6月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5kkq_validation.pdf.gz	454.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5kkq_full_validation.pdf.gz	461.2 KB	表示
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CIF形式データ	5kkq_validation.cif.gz	28.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/5kkq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/5kkq	HTTPS FTP

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トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
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類似性 (1)

登録構造単位

A: Transcriptional repressor CTCF

B: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*CP*CP*TP*GP*CP*TP*GP*GP*C)-3')

C: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*TP*A)-3')

D: Transcriptional repressor CTCF

E: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*CP*CP*TP*GP*CP*TP*GP*GP*C)-3')

F: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*TP*A)-3')

ヘテロ分子

56.6 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Transcriptional repressor CTCF

B: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*CP*CP*TP*GP*CP*TP*GP*GP*C)-3')

C: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*TP*A)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.3 kDa, 3 ポリマー
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2

D: Transcriptional repressor CTCF

E: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*CP*CP*TP*GP*CP*TP*GP*GP*C)-3')

F: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*TP*A)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.3 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	40.994, 44.911, 86.797
Angle α, β, γ (deg.)	98.33, 92.40, 94.80
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Transcriptional repressor CTCF / 11-zinc finger protein / CCCTC-binding factor / CTCFL paralog 分子量: 17541.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTCF / プラスミド: pXC1551 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL-codon plus / 参照: UniProt: P49711
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(TPAPGPCPGPCPCPCPCPCPTPGPCPTPGPGPC)-3') 分子量: 5140.311 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ*: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖	DNA (5'-D(GPCPCPAPGPCPAPGPGPGPGPGPCPGPCPTPA)-3') 分子量: 5278.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ*: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.78 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 25% (w/v) PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-tris, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.27046 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月5日
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.27046 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.74→28.94 Å / Num. obs: 110968 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 12.4
反射シェル	解像度: 1.74→1.8 Å / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.549 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 64.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2257: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.744→28.936 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 23.54 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1992	3864	3.49 %	Random
R_work	0.1704	-	-	-
obs	0.1714	110863	89.25 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.744→28.936 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2384	1382	10	328	4104

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.017	4139
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.489	5844
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.642	2255
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	636
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	494

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7443-1.7655	0.2852	51	0.2947	1380	X-RAY DIFFRACTION	32
1.7655-1.7879	0.3104	72	0.3088	1972	X-RAY DIFFRACTION	46
1.7879-1.8114	0.2926	97	0.2948	2791	X-RAY DIFFRACTION	66
1.8114-1.8362	0.343	114	0.2878	3314	X-RAY DIFFRACTION	79
1.8362-1.8624	0.2605	141	0.2785	3818	X-RAY DIFFRACTION	86
1.8624-1.8902	0.2629	135	0.2692	3740	X-RAY DIFFRACTION	89
1.8902-1.9198	0.2625	141	0.2616	3967	X-RAY DIFFRACTION	91
1.9198-1.9512	0.3006	146	0.2443	4045	X-RAY DIFFRACTION	93
1.9512-1.9849	0.25	142	0.2443	3943	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9849-2.021	0.2632	146	0.2407	4022	X-RAY DIFFRACTION	94
2.021-2.0598	0.2544	148	0.2314	4127	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0598-2.1019	0.2881	146	0.2213	3977	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1019-2.1475	0.2561	148	0.2007	4149	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1475-2.1975	0.1933	144	0.1846	4001	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1975-2.2524	0.2481	152	0.1844	4150	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2524-2.3133	0.2304	146	0.1734	4036	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3133-2.3813	0.1771	148	0.1769	4094	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3813-2.4582	0.1972	150	0.1831	4143	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4582-2.546	0.2157	150	0.1837	4191	X-RAY DIFFRACTION	96
2.546-2.6478	0.236	152	0.1784	4148	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6478-2.7683	0.2368	148	0.183	4109	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7683-2.9141	0.2275	150	0.1978	4136	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9141-3.0965	0.3239	147	0.1941	4132	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0965-3.3352	0.241	146	0.1833	4082	X-RAY DIFFRACTION	95
3.3352-3.6703	0.1616	154	0.1446	4135	X-RAY DIFFRACTION	97
3.6703-4.2	0.1489	149	0.135	4124	X-RAY DIFFRACTION	96
4.2-5.2862	0.1376	150	0.1174	4181	X-RAY DIFFRACTION	97
5.2862-28.9398	0.1373	151	0.1345	4092	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8081	-1.6544	-1.3487	4.6291	4.2398	5.3858	-0.0507	0.2533	-0.1503	-0.5515	0.3739	-0.504	-0.4614	0.9493	-0.3797	0.4433	-0.1068	0.0713	0.4329	-0.0312	0.2961	3.7358	-18.2625	-23.3722
2	2.3167	-2.7179	1.5034	7.9062	-1.7525	2.8013	0.0626	-0.0444	-0.0335	-0.8235	0.004	0.7131	-0.0022	-0.1242	-0.0689	0.3059	-0.0016	-0.0684	0.2114	0.0189	0.2518	-17.955	-25.5524	-13.2481
3	2.7061	0.5467	2.2001	2.4172	2.2784	7.2167	0.219	0.03	-0.0885	-0.041	0.159	-0.202	0.5179	0.4988	-0.3438	0.2214	0.028	0.0084	0.2219	0.0006	0.2574	-5.7477	-40.0621	-1.6047
4	7.7143	-0.0729	0.0092	3.5531	2.6087	7.0453	0.0661	-0.5192	0.7263	0.4977	-0.0237	0.0435	-0.0937	-0.0564	-0.0347	0.2068	-0.0012	0.0443	0.3106	-0.0005	0.2626	-7.2798	-31.65	13.1996
5	7.861	-4.1896	0.1314	6.9767	3.6847	3.6279	0.0959	-0.6219	-0.4658	0.2426	-0.0841	0.5942	-1.321	-0.0698	-0.0468	0.7106	0.0078	0.122	0.5282	0.1464	0.4851	-6.7668	-13.8419	-28.1851
6	2.6486	0.0437	0.4641	7.7036	1.4709	6.916	0.1734	0.2952	0.1094	-0.4442	0.5408	0.277	0.7351	-0.1653	-0.7307	0.3764	-0.0539	0.0321	0.3844	0.1542	0.344	-7.6364	-27.4657	-17.2677
7	6.7433	5.0466	-5.5201	5.5362	-2.3816	6.8344	0.2465	-0.3863	0.973	-0.0105	0.1528	0.8018	-0.211	0.2357	-0.401	0.1813	0.0265	-0.0039	0.2724	0.0683	0.3304	-15.0982	-28.7428	2.4513
8	0.5361	1.5285	-0.3779	5.319	-3.2301	3.7472	-0.0067	-0.1883	-0.0487	-0.213	0.0169	0.1229	0.0799	0.159	-0.0005	0.1611	0.0264	0.0276	0.2447	0.0223	0.1772	-12.7234	-28.271	-3.4408
9	5.9877	-2.2345	0.3122	8.6332	2.0597	4.2439	0.4087	0.3915	-0.2843	-0.4919	0.1832	0.3954	-0.0069	0.5574	-0.5679	0.4264	-0.0417	0.0409	0.3994	0.029	0.2916	-2.3557	-23.2358	-24.7968
10	5.1292	2.9136	4.7805	2.0008	-2.9677	8.3121	0.9514	0.7595	1.6274	-1.054	-0.2308	1.6684	0.1625	0.9105	-0.793	0.6771	-0.0663	0.1005	0.7961	0.0882	0.5424	-6.6304	-16.0897	-37.2381
11	3.4787	-0.0734	0.7343	3.4276	3.2104	4.8811	0.0285	-0.1943	-0.2587	0.3685	-0.3069	0.4913	0.648	-0.3541	0.3194	0.4181	-0.0588	0.0845	0.5114	0.0233	0.3388	-8.5305	-16.6062	36.5516
12	5.4617	-2.718	-2.0733	6.7497	3.2539	4.943	0.0507	-0.6314	0.113	0.487	0.026	0.0731	0.057	-0.0814	-0.0451	0.2369	-0.0097	0.0045	0.5479	0.0765	0.2441	14.1603	-6.688	36.4043
13	8.601	0.6794	1.4945	6.9035	3.2331	2.5124	-0.0082	0.0955	-0.3716	-0.4911	0.089	0.0531	0.492	0.0918	-0.0619	0.3505	-0.0169	0.0322	0.1929	0.0437	0.2064	12.1941	-12.5063	15.3683
14	5.3254	-1.0559	1.5925	8.0489	2.3871	6.5983	0.3132	0.088	-0.0604	-0.0594	-0.3481	0.1971	0.2436	-0.2262	0.0279	0.1731	-0.022	0.0442	0.2644	0.023	0.262	3.3918	6.735	9.4789
15	6.0103	5.3687	7.0423	5.032	6.4525	8.3596	0.1851	-0.937	1.4612	1.162	-0.2397	1.993	-0.0779	-0.463	0.038	0.4662	0.0189	0.1168	0.3636	-0.0328	0.6192	1.7578	20.8153	14.8208
16	1.5828	-1.7422	2.5233	6.906	0.7868	6.5588	-0.6406	-0.7239	0.7578	0.3116	0.157	-0.2881	-0.4893	0.8845	0.4188	0.6117	-0.1134	0.0479	0.689	0.1107	0.3955	-0.1245	-18.7108	44.6373
17	4.5254	3.5903	-3.3382	4.7922	-3.7551	2.9634	0.0007	-0.325	0.3949	-0.137	0.0408	0.2786	0.1715	0.2215	-0.0929	0.2164	0.0105	0.0201	0.3357	0.0078	0.1455	9.6964	-2.9976	22.7319
18	2.6766	0.2392	1.7936	4.769	-3.933	5.9948	0.1343	-0.0983	0.0473	-0.1525	-0.0646	-0.0503	0.1616	0.0057	-0.0964	0.1917	0.0014	0.0436	0.2563	0.0546	0.2314	13.6082	-0.2158	13.5746
19	4.628	2.4174	-1.5982	4.4023	0.3454	2.9965	0.0046	0.0825	0.0237	0.3738	-0.0461	0.2688	0.4329	-0.059	0.0881	0.2969	0.0244	0.0299	0.3787	0.0441	0.1885	2.4313	-12.2376	31.9386
20	5.855	-3.6074	5.1365	8.5412	-5.3119	6.7424	1.5216	-1.5607	1.3851	-0.0455	-0.3121	-0.9144	1.8426	-0.0256	-0.9517	0.818	-0.1573	0.1916	0.7444	-0.0139	0.5287	1.8111	-27.0098	47.3473

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 317 through 374 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 375 through 418 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 419 through 439 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 440 through 463 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 5 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 6 through 10 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 11 through 17 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 1 through 10 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 11 through 15 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 16 through 17 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 321 through 374 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 375 through 402 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 403 through 430 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 431 through 459 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 460 through 465 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'E' and (resid 1 through 5 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 6 through 17 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'F' and (resid 1 through 5 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'F' and (resid 6 through 15 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'F' and (resid 16 through 17 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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