PDB-5kcn: Crystal Structure of full-length LpoA from Haemophilus influenzae...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5kcn

タイトル

Crystal Structure of full-length LpoA from Haemophilus influenzae at 1.97 angstrom resolution

要素

Penicillin-binding protein activator LpoA

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Outer membrane lipoprotein / PBP1A / transpeptidase. peptidoglycan

機能・相同性

Penicillin-binding protein activator LpoA / LppC putative lipoprotein / periplasmic side of cell outer membrane / enzyme regulator activity / peptidoglycan biosynthetic process / Periplasmic binding protein-like I / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / regulation of cell shape / Penicillin-binding protein activator LpoA

機能・相同性情報

生物種

Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.965 Å

データ登録者

Sathiyamoorthy, K. / Saper, M.A.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structural analyses of the Haemophilus influenzae peptidoglycan synthase activator LpoA suggest multiple conformations in solution.
著者: Sathiyamoorthy, K. / Vijayalakshmi, J. / Tirupati, B. / Fan, L. / Saper, M.A.

履歴

登録	2016年6月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年9月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5kcn.cif.gz	322.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5kcn.ent.gz	264.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5kcn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5kcn_validation.pdf.gz	421 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5kcn_full_validation.pdf.gz	426.8 KB	表示
XML形式データ	5kcn_validation.xml.gz	23.9 KB	表示
CIF形式データ	5kcn_validation.cif.gz	35.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/5kcn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/5kcn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4p29SC 5vatC 5vbgC 3ckmS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5vbg-d 1nm3-d 6eg3-d 3qu2-2 4keg-d 3vlf-1 6eg2-d 4n4x-d 3fnk-d 7kko-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Penicillin-binding protein activator LpoA

ヘテロ分子

60 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.866, 68.427, 128.404
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Penicillin-binding protein activator LpoA / PBP activator LpoA 分子量: 60010.074 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 33-575 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: LpoA residues 33-575 由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) 株: ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd / 遺伝子: lpoA, HI_1655 / プラスミド: pETBlue-2 / 詳細 (発現宿主): T7 promoter / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami(DE3)/pLacI / 参照: UniProt: P45299
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.79 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 1 microliter of concentrated protein (33 mg/ml in 150 mM NaCl, 50 mM Tris-HCl, pH 8.0) and 1 microliter precipitant [25% w/v PEG 1500, 0.1 M MMT buffer (20 mM DL-malic acid, 40 mM MES, 40 mM ...詳細: 1 microliter of concentrated protein (33 mg/ml in 150 mM NaCl, 50 mM Tris-HCl, pH 8.0) and 1 microliter precipitant [25% w/v PEG 1500, 0.1 M MMT buffer (20 mM DL-malic acid, 40 mM MES, 40 mM Tris-HCl), pH 4.0] and 0.2 microliter 30% xylitol Temp details: 277 for 2 days, then 295

結晶

マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.79 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 1 microliter of concentrated protein (33 mg/ml in 150 mM NaCl, 50 mM Tris-HCl, pH 8.0) and 1 microliter precipitant [25% w/v PEG 1500, 0.1 M MMT buffer (20 mM DL-malic acid, 40 mM MES, 40 mM ...
Temp details: 277 for 2 days, then 295

-
データ収集

回折

平均測定温度: 125 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月13日 / 詳細: Monochromator

放射

モノクロメーター: 0.9786 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9786 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.965→50 Å / Num. obs: 42000 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 31.05 Å² / R_merge(I) obs: 0.058 / Net I/av σ(I): 29.518 / Net I/σ(I): 21.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.97-2	5.5	0.171	1	99.6
2-2.04	5.9	0.145	1	100
2.04-2.08	6.4	0.131	1	99.7
2.08-2.12	6.6	0.108	1	99.9
2.12-2.17	6.6	0.091	1	99.9
2.17-2.22	6.6	0.082	1	99.9
2.22-2.27	6.3	0.11	1	99.7
2.27-2.34	6.6	0.068	1	99.8
2.34-2.4	6.6	0.058	1	99.7
2.4-2.48	6.6	0.057	1	99.9
2.48-2.57	6.7	0.054	1	99.9
2.57-2.67	6.7	0.06	1	99.6
2.67-2.8	6.7	0.056	1	100
2.8-2.94	6.7	0.049	1	100
2.94-3.13	6.7	0.041	1	100
3.13-3.37	6.7	0.039	1	100
3.37-3.71	6.7	0.048	1	100
3.71-4.24	6.7	0.053	1	99.9
4.24-5.35	6.6	0.053	1	99.8
5.35-50	6.1	0.076	1	98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2376: ???)	精密化
DENZO	1.99.2	データ削減
SCALEPACK	1.99.1	データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4P29 and 3CKM

4p29

3ckm

解像度: 1.965→31.783 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.72 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2142	2021	4.82 %
R_work	0.1774	-	-
obs	0.1792	41907	99.46 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.965→31.783 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4184	0	1	392	4577

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	4281
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.624	5824
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.945	2612
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	661
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	775

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9645-2.0348	0.2414	196	0.2073	3819	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0348-2.1162	0.2407	199	0.1921	3942	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1162-2.2125	0.232	200	0.1855	3970	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2125-2.3291	0.2491	185	0.2128	3916	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3291-2.475	0.239	211	0.1877	3957	X-RAY DIFFRACTION	100
2.475-2.666	0.2433	200	0.1863	3982	X-RAY DIFFRACTION	100
2.666-2.9341	0.2241	205	0.192	3978	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9341-3.3583	0.2311	212	0.1922	4020	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3583-4.2295	0.18	206	0.1583	4067	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2295-31.7872	0.1981	207	0.1611	4235	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4051	-0.0039	-0.0722	0.765	0.0344	1.0262	-0.2583	0.1793	-0.439	0.2338	0.0201	0.0877	0.4515	-0.2013	-0.1191	0.4505	-0.0835	0.2049	0.3208	-0.0753	0.4719	20.7848	5.1881	66.1079
2	0.4287	0.5659	-0.4789	1.3179	-0.6987	1.7749	-0.0468	-0.0401	-0.0906	-0.0419	-0.0355	0.0517	-0.0507	-0.0178	-0	0.2339	-0.0107	0.0063	0.2277	-0.0005	0.2514	27.4182	28.3056	53.5149
3	1.3875	0.1229	-0.1415	1.7116	-0.245	1.1054	-0.0147	0.0821	0.0254	-0.3161	-0.0442	-0.106	0.1024	0.0218	-0	0.3042	-0.0035	0.0146	0.2121	0.0086	0.1797	26.4895	19.5416	13.3537
4	0.8525	0.6488	-1.4603	2.1022	-0.5211	0.6923	-0.1373	-0.1311	0.1566	-0.2946	0.2837	0.4873	0.3996	-0.0643	0.0457	0.3101	-0.2081	-0.1126	0.6309	0.1623	0.5223	-2.3675	12.0526	25.3819
5	0.5557	0.2305	-0.6423	0.8162	-1.0807	0.7982	0.042	0.0352	0.1385	-0.0594	0.1581	0.1873	0.1045	-0.1741	0.006	0.1999	-0.0127	-0.035	0.3025	0.0278	0.2745	10.9428	25.1857	21.2772

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 34:119)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 120:250)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 251:359)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 360:502)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 503:573)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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