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- PDB-5kc5: Crystal structure of the Cbln1 C1q domain trimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kc5
タイトルCrystal structure of the Cbln1 C1q domain trimer
要素Cerebellin-1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Cerebellin / C1q / neurotransmission
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of inhibitory synapse assembly / trans-synaptic protein complex / cerebellar granule cell differentiation / trans-synaptic signaling, modulating synaptic transmission / positive regulation of long-term synaptic depression / maintenance of synapse structure / negative regulation of excitatory postsynaptic potential / regulation of postsynaptic density assembly / positive regulation of synapse assembly / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules ...negative regulation of inhibitory synapse assembly / trans-synaptic protein complex / cerebellar granule cell differentiation / trans-synaptic signaling, modulating synaptic transmission / positive regulation of long-term synaptic depression / maintenance of synapse structure / negative regulation of excitatory postsynaptic potential / regulation of postsynaptic density assembly / positive regulation of synapse assembly / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / parallel fiber to Purkinje cell synapse / protein secretion / regulation of presynapse assembly / synaptic cleft / synapse assembly / establishment of localization in cell / synapse organization / nervous system development / : / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / glutamatergic synapse / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / C1q domain / C1q domain / C1q domain profile. / Complement component C1q domain. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.351 Å
データ登録者Elegheert, J. / Clay, J.E. / Siebold, C. / Aricescu, A.R.
引用ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: Structural basis for integration of GluD receptors within synaptic organizer complexes.
著者: Elegheert, J. / Kakegawa, W. / Clay, J.E. / Shanks, N.F. / Behiels, E. / Matsuda, K. / Kohda, K. / Miura, E. / Rossmann, M. / Mitakidis, N. / Motohashi, J. / Chang, V.T. / Siebold, C. / ...著者: Elegheert, J. / Kakegawa, W. / Clay, J.E. / Shanks, N.F. / Behiels, E. / Matsuda, K. / Kohda, K. / Miura, E. / Rossmann, M. / Mitakidis, N. / Motohashi, J. / Chang, V.T. / Siebold, C. / Greger, I.H. / Nakagawa, T. / Yuzaki, M. / Aricescu, A.R.
履歴
登録2016年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cerebellin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8642
ポリマ－16,6431
非ポリマー2211
水99155
1
A: Cerebellin-1
ヘテロ分子

A: Cerebellin-1
ヘテロ分子

A: Cerebellin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5926
ポリマ－49,9283
非ポリマー6643
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area5680 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area17150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.420, 83.420, 50.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number168
Space group name H-MP6
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: C3 (3回回転対称))

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要素

#1: タンパク質 Cerebellin-1 / Precerebellin


分子量: 16642.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CBLN1 / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P23435
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M sodium malonate pH 7.0, 20% (w/v) polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1.073 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.073 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.17
反射解像度: 2.35→50.57 Å / Num. obs: 8497 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 40.9 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 2.35→2.41 Å / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 1.263 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1772精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GR3

1gr3


解像度: 2.351→50.55 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.81 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
詳細: Refined with twin operator h, -h-k, -l to account for higher P622 metric symmetry
Rfactor反射数%反射
Rfree0.197 407 4.79 %
Rwork0.1774 --
obs0.1814 8497 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.351→50.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1081 0 14 55 1150
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021120
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5591513
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.089405
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.027165
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002195
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3519-2.69160.29611440.2532656X-RAY DIFFRACTION95
2.6916-3.38910.23231300.20112672X-RAY DIFFRACTION95
3.3891-21.74770.17041330.15142737X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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