PDB-1u5y: Crystal structure of murine APRIL, pH 8.0

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1u5y

タイトル

Crystal structure of murine APRIL, pH 8.0

要素

Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13

キーワード

Cytokine / HORMONE/GROWTH FACTOR / trimer / jelly-roll / TNFSF / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / TNFs bind their physiological receptors / positive regulation of germinal center formation / lymphocyte homeostasis / positive regulation of isotype switching to IgA isotypes / tumor necrosis factor receptor binding / immunoglobulin mediated immune response / regulation of immune response / positive regulation of B cell proliferation / cytokine activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Wallweber, H.J. / Compaan, D.M. / Starovasnik, M.A. / Hymowitz, S.G.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: The Crystal Structure of A Proliferation-inducing Ligand, APRIL.
著者: Wallweber, H.J. / Compaan, D.M. / Starovasnik, M.A. / Hymowitz, S.G.

履歴

登録	2004年7月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2018年4月4日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1u5y.cif.gz	91.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1u5y.ent.gz	70.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1u5y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/1u5y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/1u5y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1u5xC 1u5zC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2rjk-1 3k48-d 5h4c-d 4en0-d 2rag-6 7bjc-3 5rak-1 5m2j-1 4rx0-d 5rah-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13

B: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13

D: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13

47.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	123.344, 81.166, 53.585
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.79, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	D
4	1	A
5	1	B
6	1	D
7	1	A
8	1	B
9	1	D
10	1	A
11	1	B
12	1	D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	LYS	ASN	ASN	A	A	105 - 115	4 - 14
2	1	LYS	LYS	ASN	ASN	B	B	105 - 115	4 - 14
3	1	LYS	LYS	ASN	ASN	D	C	105 - 115	4 - 14
4	2	ASP	ASP	VAL	VAL	A	A	123 - 165	22 - 64
5	2	ASP	ASP	VAL	VAL	B	B	123 - 165	22 - 64
6	2	ASP	ASP	VAL	VAL	D	C	123 - 165	22 - 64
7	3	MET	MET	ARG	ARG	A	A	169 - 189	68 - 88
8	3	MET	MET	ARG	ARG	B	B	169 - 189	68 - 88
9	3	MET	MET	ARG	ARG	D	C	169 - 189	68 - 88
10	4	ALA	ALA	LEU	LEU	A	A	198 - 241	97 - 140
11	4	ALA	ALA	LEU	LEU	B	B	198 - 241	97 - 140
12	4	ALA	ALA	LEU	LEU	D	C	198 - 241	97 - 140

詳細

The asymmetric unit contains the biologically relevant trimer

#1: タンパク質	Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13 / A proliferation- inducing ligand / APRIL 分子量: 15705.042 Da / 分子数: 3 / 断片: TNF domain of murine APRIL / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tnfsf13, APRIL / プラスミド: pet-32a (modified) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami (DE3) / 参照: UniProt: Q9D777
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M Tris pH 8.0, 1M LiCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年5月6日 / 詳細: osmic mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 23803 / Num. obs: 23803 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 37 Å² / R_sym value: 0.06 / Net I/σ(I): 14.7
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 2034 / R_sym value: 0.275 / % possible all: 93

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: I23 structure of APRIL

解像度: 2.3→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.883 / SU B: 7.297 / SU ML: 0.182 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.369 / ESU R Free: 0.272 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26805	2210	10.7 %	Thin Shells
R_work	0.20075	-	-	-
all	0.208	20737	-	-
obs	0.20802	20737	94.69 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.653 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.34 Å²	0 Å²	0.92 Å²
2-	-	-2.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3139	0	0	81	3220

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.021	3212
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2959
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.358	1.937	4360
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.781	3	6824
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.786	5	400
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	496
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3580
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	690
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	506
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.238	0.2	3514
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	2143
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	98
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.15	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.249	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.134	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.664	2.5	2002
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.062	5	3224
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.068	2.5	1210
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.613	5	1136

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	679	medium positional	0.28	0.5
2	B	679	medium positional	0.35	0.5
3	D	679	medium positional	0.26	0.5
1	A	1110	loose positional	0.92	5
2	B	1110	loose positional	0.83	5
3	D	1110	loose positional	0.87	5
1	A	679	medium thermal	1.12	2
2	B	679	medium thermal	1.05	2
3	D	679	medium thermal	1.11	2
1	A	1110	loose thermal	3.02	10
2	B	1110	loose thermal	3.01	10
3	D	1110	loose thermal	2.58	10

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.347 Å / Total num. of bins used: 25

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.352	133	-
R_work	0.232	1081	-
obs	-	1081	93 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2543	-0.1118	0.0958	3.9438	-0.5689	2.7785	-0.0755	0.1235	-0.333	-0.3809	0.1566	0.2893	0.3841	-0.2113	-0.0811	0.133	-0.0389	-0.0686	0.0601	-0.0015	0.079	21.8823	-10.596	9.5902
2	3.4198	1.7172	-0.4392	5.9176	-1.595	2.0265	0.3036	-0.5015	-0.0761	0.8042	-0.3742	-0.268	-0.1238	0.2278	0.0706	0.1736	-0.0566	-0.0612	0.1639	-0.0022	0.0347	34.1973	-2.052	26.9825
3	1.4855	0.0799	0.4699	4.8101	-0.1826	3.3903	0.1271	0.0149	0.2119	0.1743	0.117	0.6413	-0.2278	-0.4008	-0.2441	0.0554	0.0327	0.0696	0.0832	0.0295	0.2006	19.7294	12.0103	15.246

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	105 - 241	4 - 140
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	105 - 241	4 - 140
3	X-RAY DIFFRACTION	3	D	C	105 - 241	4 - 140

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関連情報:EMDBヘッダ

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