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Yorodumi- PDB-7bjc: Inulosucrase from Halalkalicoccus jeotgali in complex with sucrose -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7bjc | ||||||
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Title | Inulosucrase from Halalkalicoccus jeotgali in complex with sucrose | ||||||
Components | Levansucrase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / inulosucrase / levansucrase | ||||||
Function / homology | levansucrase activity / Glycoside hydrolase, family 68 / Levansucrase/Invertase / carbohydrate utilization / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / sucrose / Levansucrase Function and homology information | ||||||
Biological species | Halalkalicoccus jeotgali B3 (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.11 Å | ||||||
Authors | Ghauri, K. / Pijning, T. / Munawar, N. / Ali, H. / Ghauri, M.A. / Anwar, M.A. / Wallis, R. | ||||||
Citation | Journal: Febs J. / Year: 2021 Title: Crystal structure of an inulosucrase from Halalkalicoccus jeotgali B3T, a halophilic archaeal strain. Authors: Ghauri, K. / Pijning, T. / Munawar, N. / Ali, H. / Ghauri, M.A. / Anwar, M.A. / Wallis, R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7bjc.cif.gz | 1.5 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7bjc.ent.gz | 1.3 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7bjc.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7bjc_validation.pdf.gz | 3.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7bjc_full_validation.pdf.gz | 3.8 MB | Display | |
Data in XML | 7bjc_validation.xml.gz | 136.4 KB | Display | |
Data in CIF | 7bjc_validation.cif.gz | 183 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/7bjc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/7bjc | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7bj4C 7bj5C 4d47S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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-Links
-Assembly
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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-Components
#1: Protein | Mass: 47608.250 Da / Num. of mol.: 10 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Halalkalicoccus jeotgali B3 (archaea) / Gene: HacjB3_04715, C497_03082 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: D8J9C2 #2: Polysaccharide | beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.94 Å3/Da / Density % sol: 58.21 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2 M potassium/sodium tartrate, 0.1 M Bis Tris propane-HCl, pH 7.5 and 20 % w/v PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.89 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jan 27, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.89 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.11→60.6 Å / Num. obs: 76873 / % possible obs: 98 % / Redundancy: 6.8 % / CC1/2: 0.945 / Rpim(I) all: 0.353 / Rrim(I) all: 0.147 / Net I/σ(I): 4.5 |
Reflection shell | Resolution: 3.11→3.28 Å / Num. unique obs: 3844 / CC1/2: 0.769 / Rpim(I) all: 0.766 / % possible all: 83 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4D47 Resolution: 3.11→60.6 Å / SU ML: 0.41 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.77 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 180.23 Å2 / Biso mean: 55.5557 Å2 / Biso min: 12.36 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.11→60.6 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 27
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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