PDB-7bjc: Inulosucrase from Halalkalicoccus jeotgali in complex with sucrose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bjc

タイトル

Inulosucrase from Halalkalicoccus jeotgali in complex with sucrose

要素

Levansucrase

キーワード

TRANSFERASE / inulosucrase / levansucrase

機能・相同性

機能・相同性情報

levansucrase activity / carbohydrate utilization
類似検索 - 分子機能

生物種

Halalkalicoccus jeotgali B3 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.11 Å

データ登録者

Ghauri, K. / Pijning, T. / Munawar, N. / Ali, H. / Ghauri, M.A. / Anwar, M.A. / Wallis, R.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of an inulosucrase from Halalkalicoccus jeotgali B3T, a halophilic archaeal strain.
著者: Ghauri, K. / Pijning, T. / Munawar, N. / Ali, H. / Ghauri, M.A. / Anwar, M.A. / Wallis, R.

履歴

登録	2021年1月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年4月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年5月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.2	2021年10月13日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / diffrn_source / pdbx_database_proc / pdbx_entity_branch_descriptor Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	7bjc_full_validation.pdf.gz	3.8 MB	表示
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関連構造データ

関連構造データ	7bj4C 7bj5C 4d47S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7bj4-6 7bj5-3 7bj5-4 7bj4-1 7bj4-5 7bj4-2 7bj5-7 7bj4-9 7bj4-7 7bj4-8 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Levansucrase

B: Levansucrase

C: Levansucrase

D: Levansucrase

E: Levansucrase

F: Levansucrase

G: Levansucrase

H: Levansucrase

I: Levansucrase

J: Levansucrase

ヘテロ分子

480 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Levansucrase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
48 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Levansucrase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
48 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Levansucrase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
48 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Levansucrase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
48 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Levansucrase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
48 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Levansucrase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
48 kDa, 1 ポリマー
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7

G: Levansucrase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
48 kDa, 1 ポリマー
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8

H: Levansucrase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
48 kDa, 1 ポリマー
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9

I: Levansucrase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
48 kDa, 1 ポリマー
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10

J: Levansucrase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
48 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	117.746, 141.804, 169.318
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.540, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B
3	1	(chain C and (resid 9 through 413 or resid 480))
4	1	(chain D and (resid 9 through 413 or resid 480))
5	1	chain E
6	1	(chain F and (resid 9 through 413 or resid 480))
7	1	chain G
8	1	chain H
9	1	(chain I and (resid 9 through 413 or resid 480))
10	1	chain J

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	chain A	A	9 - 413
2	1	1	chain B	B	9 - 413
3	1	1	(chain C and (resid 9 through 413 or resid 480))	C	0
4	1	1	(chain D and (resid 9 through 413 or resid 480))	D	0
5	1	1	chain E	E	9 - 413
6	1	1	(chain F and (resid 9 through 413 or resid 480))	F	0
7	1	1	chain G	G	9 - 413
8	1	1	chain H	H	9 - 413
9	1	1	(chain I and (resid 9 through 413 or resid 480))	I	0
10	1	1	chain J	J	9 - 413

#1: タンパク質

Levansucrase

分子量: 47608.250 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Halalkalicoccus jeotgali B3 (古細菌)
遺伝子: HacjB3_04715, C497_03082 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D8J9C2

#2: 多糖

beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose

記述子	タイプ	プログラム
DFrufb2-1DGlcpa	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.21 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M potassium/sodium tartrate, 0.1 M Bis Tris propane-HCl, pH 7.5 and 20 % w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.89 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.89 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.11→60.6 Å / Num. obs: 76873 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.945 / R_pim(I) all: 0.353 / R_rim(I) all: 0.147 / Net I/σ(I): 4.5
反射シェル	解像度: 3.11→3.28 Å / Num. unique obs: 3844 / CC_1/2: 0.769 / R_pim(I) all: 0.766 / % possible all: 83

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4D47

4d47

解像度: 3.11→60.6 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.77 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2663	3761	4.92 %
R_work	0.2435	72718	-
obs	0.2446	76479	77.07 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 180.23 Å² / B_iso mean: 55.5557 Å² / B_iso min: 12.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.11→60.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	31758	0	230	0	31988
B_iso mean	-	-	56.79	-	-
残基数	-	-	-	-	4054

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	19691	X-RAY DIFFRACTION	11.308	TORSIONAL
1	2	B	19691	X-RAY DIFFRACTION	11.308	TORSIONAL
1	3	C	19691	X-RAY DIFFRACTION	11.308	TORSIONAL
1	4	D	19691	X-RAY DIFFRACTION	11.308	TORSIONAL
1	5	E	19691	X-RAY DIFFRACTION	11.308	TORSIONAL
1	6	F	19691	X-RAY DIFFRACTION	11.308	TORSIONAL
1	7	G	19691	X-RAY DIFFRACTION	11.308	TORSIONAL
1	8	H	19691	X-RAY DIFFRACTION	11.308	TORSIONAL
1	9	I	19691	X-RAY DIFFRACTION	11.308	TORSIONAL
1	10	J	19691	X-RAY DIFFRACTION	11.308	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.11-3.15	0.3385	39	0.3572	803	842	23
3.15-3.19	0.3805	48	0.3597	849	897	24
3.19-3.23	0.3871	42	0.3627	936	978	27
3.23-3.28	0.3711	52	0.3699	1041	1093	30
3.28-3.33	0.3047	69	0.3482	1230	1299	36
3.33-3.38	0.3852	74	0.3448	1390	1464	40
3.38-3.44	0.3338	78	0.3296	1620	1698	46
3.44-3.5	0.3166	93	0.3129	1815	1908	53
3.5-3.56	0.3502	102	0.3185	2211	2313	63
3.56-3.63	0.3404	128	0.3046	2552	2680	73
3.63-3.7	0.3423	184	0.3102	2962	3146	86
3.7-3.78	0.3156	169	0.2966	3303	3472	95
3.78-3.87	0.288	166	0.2871	3451	3617	98
3.87-3.97	0.2938	180	0.2797	3403	3583	99
3.97-4.07	0.312	195	0.2514	3467	3662	99
4.07-4.19	0.2958	180	0.2493	3463	3643	99
4.19-4.33	0.2502	183	0.2316	3418	3601	99
4.33-4.48	0.2453	166	0.2056	3460	3626	99
4.48-4.66	0.2422	170	0.1904	3461	3631	99
4.66-4.88	0.2223	177	0.1883	3473	3650	99
4.88-5.13	0.2198	174	0.1974	3484	3658	99
5.13-5.45	0.2509	190	0.1997	3447	3637	99
5.45-5.87	0.221	161	0.2088	3486	3647	99
5.87-6.47	0.2183	163	0.2074	3497	3660	99
6.47-7.4	0.2205	214	0.212	3456	3670	99
7.4-9.32	0.1883	181	0.189	3510	3691	99
9.32-60.6	0.21	183	0.2148	3530	3713	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2935	1.3461	-0.324	3.8823	-0.5084	1.3378	0.3397	0.5188	0.1685	0.111	0.4224	0.0158	-0.1636	-0.781	-0.1673	0.3883	0.3125	0.166	-0.5733	-0.712	-0.126	65.8199	4.0641	11.4174
2	2.1084	-0.8489	0.1784	1.8898	-1.309	3.4695	0.4364	0.1731	-0.1749	-0.4939	-0.069	-0.2919	0.6018	0.3025	-0.2036	0.3729	0.0679	0.0516	0.1769	-0.125	0.3435	30.7168	-21.0998	80.0123
3	1.2968	-0.7968	-0.5138	1.9256	-0.4843	2.4739	-0.0105	0.179	-0.1148	-0.2213	0.1958	-0.2111	0.1808	0.1761	-0.0932	0.1053	-0.0631	-0.0419	0.2592	-0.1173	0.3028	61.6633	47.7168	40.9669
4	1.5398	0.0508	-0.6784	2.2393	-0.3481	1.6092	0.1766	-0.0382	0.0793	-0.1868	-0.0637	-0.0823	-0.1029	0.1256	-0.0865	0.3394	0.0393	0.1158	0.1064	-0.0716	0.2237	3.3621	17.799	75.4869
5	0.5952	0.7291	-0.5189	2.9846	-0.3758	4.1305	0.2842	-0.8426	-0.1103	0.112	-0.3563	0.3346	0.0695	-1.1542	0.158	-0.1173	0.4024	0.1216	0.0788	-0.3609	0.3049	79.8203	-3.7696	80.9041
6	1.8925	-0.3118	0.0546	1.9881	-0.6285	2.6402	-0.2397	-0.1102	0.4605	0.0833	0.0295	-0.1877	-0.6675	0.0372	0.1199	0.3432	0.0622	-0.0739	0.17	-0.1045	0.2911	34.4311	-55.0878	36.4371
7	1.1442	2.269	0.227	2.5132	-0.3009	3.1923	1.3127	-0.4513	1.4365	0.0781	-0.7892	-0.064	0.6993	-1.5808	-0.0644	-0.3282	-0.1169	-0.5471	1.3908	-0.271	-0.2476	-7.3744	65.5115	40.3943
8	2.1933	1.0211	1.2822	2.6863	-0.2793	4.4308	0.4887	0.4831	-0.8609	0.0748	-0.0884	-0.0528	0.7985	0.4189	-0.2074	0.1697	0.216	-0.1035	0.0927	-0.2948	0.5467	81.513	-29.2879	40.4727
9	1.317	-0.788	1.1487	2.7531	-0.1929	3.2089	0.3957	-0.4146	-0.5671	-0.1757	0.0013	0.1873	0.7724	-0.7202	-0.2596	0.419	-0.1437	-0.2	0.9263	0.1911	0.3784	3.927	-29.4939	0.7318
10	1.1164	0.404	-0.8885	2.1596	0.926	1.7774	0.2271	0.2552	0.192	0.0953	-0.1462	-0.1522	-0.4413	-0.5378	-0.0725	0.3696	0.3234	0.1175	0.623	0.0898	0.2648	20.9174	4.6778	28.1528

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 9 through 413)	A	9 - 413
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 9 through 413)	B	9 - 413
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'C' and resid 9 through 414)	C	9 - 414
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'D' and resid 9 through 414)	D	9 - 414
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain 'E' and resid 9 through 413)	E	9 - 413
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain 'F' and resid 9 through 414)	F	9 - 414
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain 'G' and resid 9 through 413)	G	9 - 413
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain 'H' and resid 9 through 413)	H	9 - 413
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain 'I' and resid 9 through 414)	I	9 - 414
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain 'J' and resid 9 through 413)	J	9 - 413

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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