PDB-7bj5: Inulosucrase from Halalkalicoccus jeotgali

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bj5

タイトル

Inulosucrase from Halalkalicoccus jeotgali

要素

Levansucrase

キーワード

TRANSFERASE / inulosucrase / levansucrase

機能・相同性

機能・相同性情報

levansucrase activity / carbohydrate utilization
類似検索 - 分子機能

生物種

Halalkalicoccus jeotgali B3 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Ghauri, K. / Pijning, T. / Munawar, N. / Ali, H. / Ghauri, M.A. / Anwar, M.A. / Wallis, R.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of an inulosucrase from Halalkalicoccus jeotgali B3T, a halophilic archaeal strain.
著者: Ghauri, K. / Pijning, T. / Munawar, N. / Ali, H. / Ghauri, M.A. / Anwar, M.A. / Wallis, R.

履歴

登録	2021年1月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年4月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年5月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.2	2021年10月13日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / diffrn_source / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bj5.cif.gz	1.5 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bj5.ent.gz	1.3 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bj5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/7bj5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/7bj5	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7bj4C 7bjcC 4d47S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7bjc-6 2i3t-4 7bj4-3 7bj4-10 7bj4-8 7bj4-5 7bjc-4 7bj4-1 7bj4-9 7bjc-10 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Levansucrase

B: Levansucrase

C: Levansucrase

D: Levansucrase

E: Levansucrase

F: Levansucrase

G: Levansucrase

H: Levansucrase

I: Levansucrase

J: Levansucrase

476 kDa, 10 ポリマー
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1

A: Levansucrase

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
47.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Levansucrase

登録者が定義した集合体
47.6 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Levansucrase

登録者が定義した集合体
47.6 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Levansucrase

登録者が定義した集合体
47.6 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Levansucrase

登録者が定義した集合体
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6

F: Levansucrase

登録者が定義した集合体
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7

G: Levansucrase

登録者が定義した集合体
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8

H: Levansucrase

登録者が定義した集合体
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9

I: Levansucrase

登録者が定義した集合体
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10

J: Levansucrase

登録者が定義した集合体
47.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	121.541, 143.261, 172.759
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.300, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B
3	1	chain C
4	1	chain D
5	1	chain E
6	1	chain F
7	1	chain G
8	1	chain H
9	1	chain I
10	1	chain J

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Auth seq-ID: 9 - 414 / Label seq-ID: 9 - 414

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	chain A	A	A
2	chain B	B	B
3	chain C	C	C
4	chain D	D	D
5	chain E	E	E
6	chain F	F	F
7	chain G	G	G
8	chain H	H	H
9	chain I	I	I
10	chain J	J	J

#1: タンパク質	Levansucrase 分子量: 47608.250 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Halalkalicoccus jeotgali B3 (古細菌) 遺伝子: HacjB3_04715, C497_03082 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D8J9C2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.65 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M potassium/sodium tartrate, 0.1 M Bis Tris propane-HCl, pH 7.5 and 20 % w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→120.3 Å / Num. obs: 88299 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7 % / CC_1/2: 0.989 / R_pim(I) all: 0.103 / R_sym value: 0.255 / Net I/σ(I): 7
反射シェル	解像度: 2.75→3.12 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 4415 / CC_1/2: 0.538 / R_pim(I) all: 0.515 / % possible all: 74.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4D47

4d47

解像度: 2.75→105.82 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.43 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2275	4327	4.91 %
R_work	0.1822	83856	-
obs	0.1845	88183	57.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 164.3 Å² / B_iso mean: 57.9506 Å² / B_iso min: 12.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.75→105.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	31800	0	0	75	31875
B_iso mean	-	-	-	33.01	-
残基数	-	-	-	-	4060

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	19602	X-RAY DIFFRACTION	11.866	TORSIONAL
1	2	B	19602	X-RAY DIFFRACTION	11.866	TORSIONAL
1	3	C	19602	X-RAY DIFFRACTION	11.866	TORSIONAL
1	4	D	19602	X-RAY DIFFRACTION	11.866	TORSIONAL
1	5	E	19602	X-RAY DIFFRACTION	11.866	TORSIONAL
1	6	F	19602	X-RAY DIFFRACTION	11.866	TORSIONAL
1	7	G	19602	X-RAY DIFFRACTION	11.866	TORSIONAL
1	8	H	19602	X-RAY DIFFRACTION	11.866	TORSIONAL
1	9	I	19602	X-RAY DIFFRACTION	11.866	TORSIONAL
1	10	J	19602	X-RAY DIFFRACTION	11.866	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.75-2.78	0.5043	4	0.3735	71	75	1
2.78-2.81	0.4419	5	0.4017	130	135	3
2.81-2.85	0.4091	17	0.337	186	203	4
2.85-2.88	0.3532	16	0.3621	272	288	6
2.88-2.92	0.3996	17	0.3336	376	393	8
2.92-2.96	0.4794	21	0.3313	487	508	10
2.96-3	0.3191	34	0.3128	602	636	13
3-3.05	0.3382	36	0.3042	753	789	16
3.05-3.1	0.3438	48	0.2984	912	960	19
3.1-3.15	0.3562	56	0.2953	1095	1151	23
3.15-3.2	0.3523	77	0.2784	1314	1391	27
3.2-3.26	0.3523	84	0.2697	1646	1730	34
3.26-3.32	0.3268	110	0.2611	2056	2166	43
3.32-3.39	0.2885	134	0.2617	2420	2554	51
3.39-3.46	0.3025	140	0.2477	2778	2918	57
3.46-3.54	0.2755	165	0.2415	3097	3262	65
3.54-3.63	0.2908	175	0.2428	3609	3784	75
3.63-3.73	0.3183	244	0.2216	4115	4359	86
3.73-3.84	0.259	238	0.2033	4677	4915	97
3.84-3.96	0.2351	246	0.1846	4813	5059	100
3.96-4.11	0.2237	240	0.169	4862	5102	100
4.11-4.27	0.2008	259	0.1548	4798	5057	100
4.27-4.46	0.2041	253	0.1407	4834	5087	100
4.46-4.7	0.1722	249	0.1319	4829	5078	100
4.7-4.99	0.1723	233	0.1388	4819	5052	100
4.99-5.38	0.1948	266	0.1612	4837	5103	100
5.38-5.92	0.2378	227	0.1783	4871	5098	100
5.92-6.78	0.2464	211	0.1909	4910	5121	100
6.78-8.54	0.1921	275	0.1755	4849	5124	100
8.54-105.82	0.1969	247	0.1758	4838	5085	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1993	1.3133	-0.8339	0.495	-0.6702	0.7858	-0.2158	-0.4473	0.8286	0.1149	0.0447	0.5845	-0.3561	-0.1913	-0.0033	0.591	0.0661	0.0254	0.3516	-0.0268	0.5066	-3.507	13.955	17.37
2	3.0667	0.0327	-1.6044	2.6064	0.5797	2.5703	-0.1019	-0.1124	0.2926	0.3241	0.0869	0.2995	-0.4752	0.1211	0.044	0.4027	0.0751	0.0673	0.1857	0.008	0.2758	6.063	14.546	13.816
3	2.63	-0.0884	-0.3812	3.9568	0.0736	3.244	-0.1305	0.1225	0.2239	-0.417	0.1158	0.0895	-0.457	0.1758	-0.0215	0.3072	0.0022	0.0023	0.2704	0.0354	0.247	12.207	12.973	6.565
4	2.8118	0.6378	-0.2468	3.7962	0.0596	2.5112	-0.1013	0.3173	-0.3157	-0.2109	0.1553	-0.0551	0.2346	0.1652	-0.026	0.2745	0.0546	0.0186	0.22	-0.0372	0.2225	11.563	-5.554	8.954
5	4.4395	-0.0999	1.0379	1.8737	0.0466	2.103	-0.0594	0.1432	-0.2307	0.2702	0.0304	0.191	0.2363	0.1163	0.0318	0.4006	0.035	0.006	0.1313	-0.0531	0.2055	2.594	-4.737	17.573
6	2.7511	-0.5302	0.3773	3.3326	0.1149	2.8679	-0.1329	-0.2394	0.1776	0.3279	0.1047	0.226	-0.1037	-0.1937	0.0416	0.3793	0.0003	0.0884	0.2424	-0	0.3641	-4.158	4.917	20.535
7	2.7367	-2.387	-0.1531	1.9865	0.4034	0.729	0.0329	0.5985	0.8561	-0.5378	-0.0064	-0.4317	0.5309	1.1409	0.1064	0.633	0.2959	0.1652	0.741	-0.0335	0.4065	-29.604	-8.678	74.475
8	2.7879	-0.9749	0.0171	2.9378	-0.9164	0.2141	0.2754	0.6671	0.1269	-0.3265	-0.2666	-0.2806	0.6331	0.8885	0.0242	0.7334	0.31	0.0968	0.822	-0.0028	0.4267	-23.417	-16.672	74.577
9	2.2487	0.6506	-0.2165	2.6626	-0.4668	1.6282	0.3403	0.8891	-0.0161	-0.9139	-0.3156	-0.5903	0.9242	1.0465	-0.1	1.009	0.5752	0.0889	1.0553	-0.0551	0.5347	-21.306	-22.829	71.707
10	1.2318	-1.1015	0.7538	2.1535	0.6004	2.0817	0.4079	0.6566	-0.4373	-0.8792	-0.3017	-0.5303	1.0264	0.4972	-0.0873	1.0834	0.5896	0.0973	0.8424	-0.097	0.7226	-21.266	-30.297	75.06
11	2.6699	-0.471	0.3849	1.6012	-0.3988	2.9537	0.4266	0.2794	-0.7709	-0.5526	-0.2188	0.1674	1.1094	0.2962	-0.1535	0.967	0.3081	-0.1526	0.5082	-0.1128	0.6335	-30.681	-34.457	85.989
12	1.8965	-1.3453	0.2219	2.8241	-1.2269	2.2589	0.389	0.3156	-0.3985	-0.6356	-0.1669	0.1808	1.026	0.2975	-0.2515	0.6172	0.0981	-0.0756	0.2905	-0.0374	0.3312	-34.676	-23.834	89.797
13	1.964	0.3237	0.5813	2.785	-1.8257	3.5101	0.0658	0.2957	0.2424	-0.2411	-0.1963	-0.0978	0.2053	0.2083	0.0604	0.2916	0.1699	0.1001	0.3861	-0.0254	0.3303	-34.14	-9.145	82.863
14	3.7326	-2.3645	-0.2607	1.8363	0.5457	0.1216	0.2316	0.4858	0.4638	-0.2832	-0.1955	-0.3823	0.0505	0.1076	0.0134	0.4132	-0.0182	0.0248	0.4119	-0.0762	0.4261	2.255	60.329	33.499
15	1.8195	0.1658	-0.8985	5.1979	-0.7872	0.7612	0.1404	0.1595	0.299	-0.0466	-0.0723	-0.214	0.0299	0.0388	-0.0569	0.2366	0.0252	0.0065	0.3036	-0.064	0.3176	8.736	52.441	34.389
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59	2.8936	-1.4559	-0.4544	0.7868	0.1179	0.4036	0.0501	0.2285	0.4137	0.0377	-0.3097	-0.248	-0.903	-0.1611	-0.0253	0.6524	0.1342	0.0546	0.4846	-0.0232	0.5051	-28.74	14.292	24.018
60	1.8111	-0.2916	-1.4317	1.2656	-0.2001	1.5163	0.0356	-0.0098	0.2452	-0.1535	0.095	-0.1515	-0.408	-0.6182	-0.0912	0.559	0.1819	0.1613	0.4449	0.0169	0.4278	-38.185	15.386	27.291
61	2.2405	0.6347	-0.6811	2.5023	0.4664	2.4238	0.072	-0.0974	0.4125	0.3264	0.0468	0.1736	-0.476	-0.4882	-0.1444	0.5049	0.2589	0.0535	0.4966	-0.0102	0.3515	-44.569	14.063	34.507
62	1.8394	0.0281	-0.1073	3.2629	-0.107	2.9161	-0.1301	-0.2069	-0.1057	0.2678	0.0625	0.0377	-0.0778	-0.4222	0.0419	0.3354	0.1022	0.0621	0.4734	0.0265	0.2236	-44.412	-4.528	32.468
63	0.9346	0.3085	0.4111	1.8251	-0.1647	1.2128	-0.005	-0.1935	0.0926	-0.023	0.0893	-0.1395	-0.0408	-0.2439	-0.0714	0.3641	0.1249	0.0522	0.4408	0.0079	0.2926	-35.325	-4.159	24.038
64	1.8567	0.9379	0.2503	1.5236	-0.2871	1.2556	-0.0599	-0.0115	0.0391	-0.2061	0.126	-0.1456	-0.2221	-0.0693	-0.0536	0.3814	0.2091	0.1196	0.4245	-0.0165	0.4375	-28.193	5.265	21.056

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 30:51 )	A	30 - 51
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 52:85 )	A	52 - 85
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 86:196 )	A	86 - 196
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 197:306 )	A	197 - 306
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 307:340 )	A	307 - 340
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 341:414 )	A	341 - 414
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 30:51 )	B	30 - 51
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 52:85 )	B	52 - 85
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 86:147 )	B	86 - 147
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 148:190 )	B	148 - 190
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 191:249 )	B	191 - 249
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 250:340 )	B	250 - 340
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN B AND RESID 341:414 )	B	341 - 414
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN C AND RESID 30:51 )	C	30 - 51
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN C AND RESID 52:85 )	C	52 - 85
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN C AND RESID 86:196 )	C	86 - 196
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN C AND RESID 197:237 )	C	197 - 237
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN C AND RESID 238:306 )	C	238 - 306
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN C AND RESID 307:340 )	C	307 - 340
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN C AND RESID 341:414 )	C	341 - 414
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN D AND RESID 30:51 )	D	30 - 51
22	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN D AND RESID 52:85 )	D	52 - 85
23	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN D AND RESID 86:123 )	D	86 - 123
24	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN D AND RESID 124:196 )	D	124 - 196
25	X-RAY DIFFRACTION	25	( CHAIN D AND RESID 197:340 )	D	197 - 340
26	X-RAY DIFFRACTION	26	( CHAIN D AND RESID 341:368 )	D	341 - 368
27	X-RAY DIFFRACTION	27	( CHAIN D AND RESID 369:414 )	D	369 - 414
28	X-RAY DIFFRACTION	28	( CHAIN E AND RESID 30:51 )	E	30 - 51
29	X-RAY DIFFRACTION	29	( CHAIN E AND RESID 52:85 )	E	52 - 85
30	X-RAY DIFFRACTION	30	( CHAIN E AND RESID 86:196 )	E	86 - 196
31	X-RAY DIFFRACTION	31	( CHAIN E AND RESID 197:306 )	E	197 - 306
32	X-RAY DIFFRACTION	32	( CHAIN E AND RESID 307:340 )	E	307 - 340
33	X-RAY DIFFRACTION	33	( CHAIN E AND RESID 341:414 )	E	341 - 414
34	X-RAY DIFFRACTION	34	( CHAIN F AND RESID 30:51 )	F	30 - 51
35	X-RAY DIFFRACTION	35	( CHAIN F AND RESID 52:85 )	F	52 - 85
36	X-RAY DIFFRACTION	36	( CHAIN F AND RESID 86:229 )	F	86 - 229
37	X-RAY DIFFRACTION	37	( CHAIN F AND RESID 230:414 )	F	230 - 414
38	X-RAY DIFFRACTION	38	( CHAIN G AND RESID 30:51 )	G	30 - 51
39	X-RAY DIFFRACTION	39	( CHAIN G AND RESID 52:85 )	G	52 - 85
40	X-RAY DIFFRACTION	40	( CHAIN G AND RESID 86:123 )	G	86 - 123
41	X-RAY DIFFRACTION	41	( CHAIN G AND RESID 124:147 )	G	124 - 147
42	X-RAY DIFFRACTION	42	( CHAIN G AND RESID 148:284 )	G	148 - 284
43	X-RAY DIFFRACTION	43	( CHAIN G AND RESID 285:306 )	G	285 - 306
44	X-RAY DIFFRACTION	44	( CHAIN G AND RESID 307:340 )	G	307 - 340
45	X-RAY DIFFRACTION	45	( CHAIN G AND RESID 341:414 )	G	341 - 414
46	X-RAY DIFFRACTION	46	( CHAIN H AND RESID 30:51 )	H	30 - 51
47	X-RAY DIFFRACTION	47	( CHAIN H AND RESID 52:85 )	H	52 - 85
48	X-RAY DIFFRACTION	48	( CHAIN H AND RESID 86:123 )	H	86 - 123
49	X-RAY DIFFRACTION	49	( CHAIN H AND RESID 124:166 )	H	124 - 166
50	X-RAY DIFFRACTION	50	( CHAIN H AND RESID 167:264 )	H	167 - 264
51	X-RAY DIFFRACTION	51	( CHAIN H AND RESID 265:414 )	H	265 - 414
52	X-RAY DIFFRACTION	52	( CHAIN I AND RESID 30:51 )	I	30 - 51
53	X-RAY DIFFRACTION	53	( CHAIN I AND RESID 52:85 )	I	52 - 85
54	X-RAY DIFFRACTION	54	( CHAIN I AND RESID 86:123 )	I	86 - 123
55	X-RAY DIFFRACTION	55	( CHAIN I AND RESID 124:196 )	I	124 - 196
56	X-RAY DIFFRACTION	56	( CHAIN I AND RESID 197:264 )	I	197 - 264
57	X-RAY DIFFRACTION	57	( CHAIN I AND RESID 265:340 )	I	265 - 340
58	X-RAY DIFFRACTION	58	( CHAIN I AND RESID 341:414 )	I	341 - 414
59	X-RAY DIFFRACTION	59	( CHAIN J AND RESID 30:51 )	J	30 - 51
60	X-RAY DIFFRACTION	60	( CHAIN J AND RESID 52:85 )	J	52 - 85
61	X-RAY DIFFRACTION	61	( CHAIN J AND RESID 86:196 )	J	86 - 196
62	X-RAY DIFFRACTION	62	( CHAIN J AND RESID 197:306 )	J	197 - 306
63	X-RAY DIFFRACTION	63	( CHAIN J AND RESID 307:340 )	J	307 - 340
64	X-RAY DIFFRACTION	64	( CHAIN J AND RESID 341:414 )	J	341 - 414

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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