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- PDB-5kc7: Crystal structure of Cbln1 (Val55-Gly58 deletion mutant) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kc7
タイトルCrystal structure of Cbln1 (Val55-Gly58 deletion mutant)
要素Cerebellin-1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Cerebellin / neurotransmission
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of inhibitory synapse assembly / trans-synaptic protein complex / cerebellar granule cell differentiation / trans-synaptic signaling, modulating synaptic transmission / positive regulation of long-term synaptic depression / maintenance of synapse structure / negative regulation of excitatory postsynaptic potential / regulation of postsynaptic density assembly / positive regulation of synapse assembly / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules ...negative regulation of inhibitory synapse assembly / trans-synaptic protein complex / cerebellar granule cell differentiation / trans-synaptic signaling, modulating synaptic transmission / positive regulation of long-term synaptic depression / maintenance of synapse structure / negative regulation of excitatory postsynaptic potential / regulation of postsynaptic density assembly / positive regulation of synapse assembly / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / parallel fiber to Purkinje cell synapse / protein secretion / regulation of presynapse assembly / synaptic cleft / synapse assembly / establishment of localization in cell / synapse organization / nervous system development / : / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / glutamatergic synapse / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / C1q domain / C1q domain / C1q domain profile. / Complement component C1q domain. / Tumour necrosis factor-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 7.035 Å
データ登録者Elegheert, J. / Aricescu, A.R.
引用ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: Structural basis for integration of GluD receptors within synaptic organizer complexes.
著者: Elegheert, J. / Kakegawa, W. / Clay, J.E. / Shanks, N.F. / Behiels, E. / Matsuda, K. / Kohda, K. / Miura, E. / Rossmann, M. / Mitakidis, N. / Motohashi, J. / Chang, V.T. / Siebold, C. / ...著者: Elegheert, J. / Kakegawa, W. / Clay, J.E. / Shanks, N.F. / Behiels, E. / Matsuda, K. / Kohda, K. / Miura, E. / Rossmann, M. / Mitakidis, N. / Motohashi, J. / Chang, V.T. / Siebold, C. / Greger, I.H. / Nakagawa, T. / Yuzaki, M. / Aricescu, A.R.
履歴
登録2016年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_data_processing_status ...diffrn_source / pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32019年12月11日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cerebellin-1
B: Cerebellin-1
C: Cerebellin-1
D: Cerebellin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,0894
ポリマ－79,0894
非ポリマー00
水00
1
A: Cerebellin-1
B: Cerebellin-1
C: Cerebellin-1
D: Cerebellin-1

D: Cerebellin-1

D: Cerebellin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,6346
ポリマ－118,6346
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_445z-1/2,-x-1/2,-y1
crystal symmetry operation12_455-y-1/2,-z,x+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)187.450, 187.450, 187.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: C2 (2回回転対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111(chain A and (resseq 59:69 or (resid 70 and (name...
211(chain B and (resseq 59:172 or (resid 173 and (name...
311(chain C and (resseq 59:69 or (resid 70 and (name...
411(chain D and (resseq 59:69 or (resid 70 and (name...

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要素

#1: タンパク質
Cerebellin-1 / Precerebellin


分子量: 19772.318 Da / 分子数: 4 / 変異: (Val55-Gly58 deletion mutant) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CBLN1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P23435

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2.75 M 1,6-Hexanediol, 50 mM Tris pH 8.0 and 5 mM magnesium sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 7→76.55 Å / Num. obs: 1801 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 28.2
反射 シェル解像度: 7→7.22 Å / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.394 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2283: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5KC5

5kc5


解像度: 7.035→50.098 Å / SU ML: 1.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.86
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 172 9.59 %
Rwork0.2697 --
obs0.2772 1794 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 7.035→50.098 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4276 0 0 0 4276
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044371
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9165902
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9021578
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043639
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002761
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1057X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B1057X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.002
13C1057X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.001
14D1057X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.001
LS精密化 シェル解像度: 7.0349→50.0994 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 172 -
Rwork0.2697 1622 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.97445.793-1.59745.0818-0.91126.32653.85641.64713.0435-1.7923-1.5282-1.1445-1.62312.75330.10154.19020.9486-0.1122.71051.0293.434-22.3395-21.110636.2404
22.40242.23382.21784.6957-2.84385.8592-3.2147-1.6223-1.780.78181.3853-3.921-1.4735-0.8488-0.24225.1413-1.03030.55453.80940.37684.3082-15.8085-41.90227.9887
32.1563-0.41238.20910.3032-0.10714.7915-5.48971.85067.23813.71560.73820.68432.0866-0.7719-15.21817.15730.71280.99284.09441.30844.33730.2332-26.337934.0637
44.9299-1.71071.83638.8001-1.59890.70072.7881-1.33972.29163.23920.1908-6.99222.02780.45650.92764.9264-0.3954-0.95673.7230.10492.3817-46.0048-44.450430.151
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain aA59 - 193
2X-RAY DIFFRACTION2chain bB59 - 193
3X-RAY DIFFRACTION3chain cC59 - 193
4X-RAY DIFFRACTION4chain dD59 - 193

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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