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- PDB-5kal: Terminal uridylyl transferase 4 from Trypanosoma brucei with boun... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kal
タイトルTerminal uridylyl transferase 4 from Trypanosoma brucei with bound UTP and UpU
要素
  • RNA (5'-R(*UP*U)-3')
  • RNA uridylyltransferase 4
キーワードTransferase/RNA / trypanosoma / RNA editing / TUTase / transferase / Transferase-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA 3' uridylation / RNA uridylyltransferase / RNA uridylyltransferase activity / kinetoplast / nucleotide binding / mitochondrion / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
TUTase nucleotidyltransferase domain / PAP/25A-associated / Cid1 family poly A polymerase / Poly(A) RNA polymerase, mitochondrial-like, central palm domain / Nucleotidyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / RNA / Terminal uridylyltransferase 4 / Terminal uridylyltransferase 4
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Stagno, J.R. / Luecke, H. / Afasizhev, R.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: RNA Editing TUTase 1: structural foundation of substrate recognition, complex interactions and drug targeting.
著者: Rajappa-Titu, L. / Suematsu, T. / Munoz-Tello, P. / Long, M. / Demir, O. / Cheng, K.J. / Stagno, J.R. / Luecke, H. / Amaro, R.E. / Aphasizheva, I. / Aphasizhev, R. / Thore, S.
履歴
登録2016年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月28日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA uridylyltransferase 4
B: RNA uridylyltransferase 4
Y: RNA (5'-R(*UP*U)-3')
Z: RNA (5'-R(*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,98311
ポリマ－80,8944
非ポリマー1,0907
水3,423190
1
A: RNA uridylyltransferase 4
Y: RNA (5'-R(*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9805
ポリマ－40,4472
非ポリマー5333
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1960 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area16400 Å2
手法PISA
2
B: RNA uridylyltransferase 4
Z: RNA (5'-R(*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0046
ポリマ－40,4472
非ポリマー5574
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2010 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area16180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.688, 42.876, 109.618
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.05, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 RNA uridylyltransferase 4


分子量: 39879.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: TUT4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4UBD5, UniProt: Q381M1*PLUS
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*U)-3')


分子量: 567.374 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
#3: 化合物 ChemComp-UTP / URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / UTP


分子量: 484.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N2O15P3 / コメント: UTP*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.42 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100mM sodium cacodylate pH 6.5, 200mM calcium acetate, 18% PEG-8000, 5mM UTP, 5mM UpU

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→47.13 Å / Num. obs: 20369 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.52 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.75→2.85 Å / 冗長度: 3.48 % / Rmerge(I) obs: 0.374 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev-2447_1692: ???)精密化
d*TREKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
d*TREKデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IKF

2ikf


解像度: 2.75→47.129 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 1070 5.26 %
Rwork0.2136 --
obs0.216 20345 99.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→47.129 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5115 74 63 190 5442
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0145428
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5667358
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.8913246
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043827
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003931
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.75-2.87520.44291340.33282389X-RAY DIFFRACTION100
2.8752-3.02670.34111250.30062403X-RAY DIFFRACTION100
3.0267-3.21630.35571420.28942366X-RAY DIFFRACTION100
3.2163-3.46460.29841450.24072374X-RAY DIFFRACTION100
3.4646-3.81310.2491290.20012411X-RAY DIFFRACTION100
3.8131-4.36450.22261330.16982433X-RAY DIFFRACTION100
4.3645-5.49750.18241250.15932390X-RAY DIFFRACTION98
5.4975-47.13560.23161370.20472509X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 23.1549 Å / Origin y: 26.5803 Å / Origin z: -69.644 Å
111213212223313233
T0.1661 Å20.0165 Å20.0413 Å2-0.1747 Å2-0.006 Å2--0.2623 Å2
L0.5192 °2-0.1128 °20.5518 °2-0.7617 °2-0.319 °2--1.8922 °2
S0.0363 Å °0.0867 Å °0.0307 Å °-0.1314 Å °-0.0301 Å °0.0054 Å °-0.0717 Å °0.0687 Å °-0.0172 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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