[日本語] English
万見
- PDB-5k98: Structure of HipA-HipB-O2-O3 complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k98
タイトルStructure of HipA-HipB-O2-O3 complex
要素
  • Antitoxin HipB
  • DNA (5'-D(*CP*TP*AP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*TP*AP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*TP*AP*GP*GP*GP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*CP*CP*TP*AP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*TP*AP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*TP*AP*G)-3')
  • Serine/threonine-protein kinase HipA
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / HipA / persistence / E. coli / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


dormancy process / toxin-antitoxin complex / single-species biofilm formation / regulation of growth / DNA-binding transcription repressor activity / core promoter sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / non-specific serine/threonine protein kinase / transcription cis-regulatory region binding ...dormancy process / toxin-antitoxin complex / single-species biofilm formation / regulation of growth / DNA-binding transcription repressor activity / core promoter sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / non-specific serine/threonine protein kinase / transcription cis-regulatory region binding / response to antibiotic / protein serine kinase activity / negative regulation of DNA-templated transcription / protein serine/threonine kinase activity / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / HipA, N-terminal subdomain 1 / HipA N-terminal domain / HipA-like, C-terminal / HipA-like C-terminal domain / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain ...: / HipA, N-terminal subdomain 1 / HipA N-terminal domain / HipA-like, C-terminal / HipA-like C-terminal domain / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Antitoxin HipB / Antitoxin HipB / Serine/threonine-protein kinase toxin HipA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Escherichia coli MP020980.2 (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.99 Å
データ登録者Schumacher, M.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: HipBA-promoter structures reveal the basis of heritable multidrug tolerance.
著者: Schumacher, M.A. / Balani, P. / Min, J. / Chinnam, N.B. / Hansen, S. / Vulic, M. / Lewis, K. / Brennan, R.G.
履歴
登録2016年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase HipA
B: Antitoxin HipB
T: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*CP*TP*AP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*TP*AP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*TP*AP*G)-3')
D: Serine/threonine-protein kinase HipA
P: Antitoxin HipB
E: DNA (5'-D(*CP*TP*AP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*TP*AP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*TP*AP*GP*GP*GP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,6456
ポリマ－135,6456
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)214.036, 146.830, 53.751
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase HipA / Ser/Thr-protein kinase HipA / Toxin HipA


分子量: 50423.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: hipA, b1507, JW1500 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P23874, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 Antitoxin HipB


分子量: 10337.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli MP020980.2 (大腸菌)
遺伝子: hipB, ECMP0209802_2194 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: M9IJX7, UniProt: P23873*PLUS
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*CP*CP*TP*AP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*TP*AP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*TP*AP*G)-3')


分子量: 7016.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*AP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*TP*AP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*TP*AP*GP*GP*GP*A)-3')


分子量: 7105.599 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.36 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 1.3 M ammonium sulfate, 0.1 M citrate pH 5.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.99→121.078 Å / Num. obs: 14049 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 2 % / Net I/σ(I): 5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.6.4_486精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.99→121.078 Å / SU ML: 0.67 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 43.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.375 1401 10.01 %
Rwork0.35 --
obs0.352 13990 92.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 111.5 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 179.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--42.0624 Å20 Å20 Å2
2---70.5635 Å20 Å2
3---112.6259 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.99→121.078 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7672 937 0 0 8609
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0158896
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.45712241
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.3423378
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0881386
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061404
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.9901-4.13270.52031430.4771277X-RAY DIFFRACTION94
4.1327-4.29820.45581370.43481229X-RAY DIFFRACTION95
4.2982-4.49380.45291420.40261278X-RAY DIFFRACTION93
4.4938-4.73070.37751380.34361259X-RAY DIFFRACTION95
4.7307-5.02710.36381390.34531247X-RAY DIFFRACTION93
5.0271-5.41530.39251410.35211272X-RAY DIFFRACTION93
5.4153-5.96020.41941400.34981256X-RAY DIFFRACTION93
5.9602-6.82260.40371400.37171258X-RAY DIFFRACTION92
6.8226-8.59540.32871400.28271258X-RAY DIFFRACTION91
8.5954-121.13420.29551410.31161255X-RAY DIFFRACTION84

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る