[日本語] English
万見
- PDB-4yg1: HipB-O1-O2 complex/P21212 crystal form -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yg1
タイトルHipB-O1-O2 complex/P21212 crystal form
要素
  • (DNA (48-MER)) x 2
  • Antitoxin HipB
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / persistence / multidrug tolerance / hipA / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin-antitoxin complex / regulation of growth / DNA-binding transcription repressor activity / core promoter sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Antitoxin HipB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Schumacher, M.A.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: HipBA-promoter structures reveal the basis of heritable multidrug tolerance.
著者: Schumacher, M.A. / Balani, P. / Min, J. / Chinnam, N.B. / Hansen, S. / Vulic, M. / Lewis, K. / Brennan, R.G.
履歴
登録2015年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月12日Group: Database references
改定 1.22016年4月6日Group: Source and taxonomy
改定 1.32017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Antitoxin HipB
B: Antitoxin HipB
C: Antitoxin HipB
D: Antitoxin HipB
F: DNA (48-MER)
T: DNA (48-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,3986
ポリマ－62,3986
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14950 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area27560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)293.887, 54.460, 47.665
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質
Antitoxin HipB


分子量: 8209.449 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-72 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: hipB, b1508, JW1501 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23873
#2: DNA鎖 DNA (48-MER)


分子量: 14857.565 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#3: DNA鎖 DNA (48-MER)


分子量: 14702.517 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.76 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 38% MPD, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6 / PH範囲: 4.5-5.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月23日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→146.9 Å / Num. all: 13531 / Num. obs: 11197 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 1.7 % / Net I/σ(I): 8
反射 シェルRmerge(I) obs: 0.327 / Mean I/σ(I) obs: 2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3DNV

3dnv


解像度: 3.25→146.9 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 1493 11 %
Rwork0.2461 9404 -
obs-10897 80.5 %
溶媒の処理Bsol: 47.1274 Å2
原子変位パラメータBiso max: 172.04 Å2 / Biso mean: 110.3144 Å2 / Biso min: 60.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--33.171 Å20 Å20 Å2
2--24.598 Å20 Å2
3---8.572 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.25→146.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2240 1962 0 0 4202
残基数----377
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.271
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.1361.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.5162
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.692
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.9952.5
LS精密化 シェル最高解像度: 3.25 Å / Rfactor Rfree: 0.41
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る