PDB-3ru6: 1.8 Angstrom resolution crystal structure of orotidine 5'-phospha...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ru6

タイトル

1.8 Angstrom resolution crystal structure of orotidine 5'-phosphate decarboxylase (pyrF) from Campylobacter jejuni subsp. jejuni NCTC 11168

要素

Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

キーワード

LYASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) / TIM-barrel / orotidine 5'-phosphate to UMP and carbon dioxide conversion

機能・相同性

機能・相同性情報

orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: 1.8 Angstrom resolution crystal structure of orotidine 5'-phosphate decarboxylase (pyrF) from Campylobacter jejuni subsp. jejuni NCTC 11168
著者: Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2011年5月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年5月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ru6.cif.gz	386.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ru6.ent.gz	315.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ru6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ru6_validation.pdf.gz	470.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ru6_full_validation.pdf.gz	479.5 KB	表示
XML形式データ	3ru6_validation.xml.gz	39.5 KB	表示
CIF形式データ	3ru6_validation.cif.gz	56.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/3ru6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/3ru6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3h73-2 3h72-2 5ttk-4 6jla-1 3nk2-d 1ot5-2 3uwq-d 4x49-d 2w20-1 1dkl-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP90546

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

B: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

C: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

D: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

ヘテロ分子

144 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

D: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

C: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
72.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.598, 108.308, 97.707
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.73, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / OMP decarboxylase / OMPDCase / OMPdecase 分子量: 35123.258 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター) 株: NCTC 11168 / 遺伝子: Cj0381c, pyrF / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21/magic 参照: UniProt: Q9PIC1, orotidine-5'-phosphate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	... ChemComp-IOD / IODIDE ION 分子量: 126.904 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 549 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	ALTHOUGH PROTEIN APPEARS FULL-LENGTH IN SDS GEL ANALYSIS PRIOR TO CRYSTALLIZATION, WE OBSERVE A ...ALTHOUGH PROTEIN APPEARS FULL-LENGTH IN SDS GEL ANALYSIS PRIOR TO CRYSTALLIZATION, WE OBSERVE A TRUNCATED VERSION OF THE PROTEIN, RESIDUES 1 THROUGH 226(227), PERHAPS DUE TO PROTEASE CONTAMINATION. IF THE C-TERMINAL REGION (AND/OR THE N-TERMINAL TAG) IS ABSENT, RATHER THAN DISORDERED, THE MATTHEWS COEFFICIENT (VM) WOULD RISE INTO AN ACCEPTABLE RANGE, WHICH IS 2.35 WITH SOLVENT CONTENT OF 47.65.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.65 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Protein: 7.3 mg/mL in 10 mM Tris/HCl pH 8.3, 0.25 M NaCl, 5 mM BME. Crystallization condition: The PACT suite (F3 (63): 0.2 M Sodium iodide, 0.1 M Bis Tris propane pH 6.5, 20 % w/v PEG3350). ...詳細: Protein: 7.3 mg/mL in 10 mM Tris/HCl pH 8.3, 0.25 M NaCl, 5 mM BME. Crystallization condition: The PACT suite (F3 (63): 0.2 M Sodium iodide, 0.1 M Bis Tris propane pH 6.5, 20 % w/v PEG3350). Mixed 1:1 v/v , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

結晶

マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.65 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein: 7.3 mg/mL in 10 mM Tris/HCl pH 8.3, 0.25 M NaCl, 5 mM BME. Crystallization condition: The PACT suite (F3 (63): 0.2 M Sodium iodide, 0.1 M Bis Tris propane pH 6.5, 20 % w/v PEG3350). ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月21日 / 詳細: Be Lenses/Diamond Laue Mono
放射	モノクロメーター: Diamond[111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 84340 / Num. obs: 84340 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.6 % / B_iso Wilson estimate: 26.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 18.41
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.564 / Mean I/σ(I) obs: 1.86 / Num. unique all: 4147 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
BALBES		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: balbes

解像度: 1.8→29.12 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 5.671 / SU ML: 0.079 / Isotropic thermal model: istropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20267	4208	5 %	RANDOM
R_work	0.16837	-	-	-
obs	0.17005	79775	98.41 %	-
all	-	79775	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.773 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.48 Å²	0 Å²	-0.69 Å²
2-	-	0.55 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6993	0	30	549	7572

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	7515
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5267
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.503	1.978	10146
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.862	3	12959
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	1.906	5	953
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.559	24.862	327
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	7.077	15	1497
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	7.603	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	1147
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	8334
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1472
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.631	1.5	4629
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.176	1.5	1852
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.202	2	7532
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.087	3	2886
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.499	4.5	2614

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.245	300	-
R_work	0.235	5825	-
obs	-	5825	97.53 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4902	0.1351	0.5028	0.5821	-0.1764	1.3987	0.0798	0.1365	0.0489	-0.0119	0.0127	-0.0456	-0.0204	0.1099	-0.0925	0.0847	0.0082	0.027	0.0635	-0.0453	0.0659	1.2451	-3.0379	46.7792
2	3.7128	0.3098	0.7116	1.2704	0.4094	1.8075	0.09	0.091	0.5252	0.0012	-0.0743	0.0686	-0.2377	-0.0936	-0.0157	0.1058	0.0238	0.0713	0.0257	0.0181	0.11	-8.9383	8.12	44.0086
3	2.0059	-0.0299	-0.3856	0.8008	-0.1339	1.315	-0.0327	-0.2211	-0.0724	0.032	0.0425	-0.0365	0.0385	0.0977	-0.0098	0.092	0.0015	-0.0006	0.0723	-0.0187	0.02	8.2484	17.4337	2.3506
4	5.6314	-1.3379	-1.1241	1.6079	0.6464	2.3556	-0.0891	-0.0506	-0.7053	0.0602	-0.0478	0.2327	0.2887	-0.2355	0.1369	0.1358	-0.0473	0.007	0.0757	0.0448	0.1255	-3.9381	6.3844	5.1509
5	1.8503	0.2855	-0.0556	1.5906	0.0292	0.7562	0.0069	0.0062	0.2462	-0.0392	-0.0068	0.0178	-0.0294	-0.0253	-0.0001	0.0893	0.0005	-0.0003	0.0572	-0.026	0.0464	10.9547	32.3488	-9.9279
6	4.8046	1.0253	2.1484	1.421	0.8244	2.537	0.0146	0.4407	0.1754	-0.2303	0.0907	-0.2295	0.0271	0.3085	-0.1054	0.1004	0.0158	0.0459	0.0944	0.0311	0.0915	22.4708	36.9774	-20.2207
7	2.7591	-0.3993	0.0334	1.3889	-0.0616	0.6029	0.1639	-0.1444	-0.5116	0.0688	-0.0903	-0.0065	0.0398	-0.0355	-0.0735	0.0964	-0.0163	-0.0422	0.0573	-0.007	0.1615	4.6498	-17.2992	59.1703
8	5.6365	-1.327	-1.9748	1.5877	0.9778	1.9301	0.0038	-0.8063	-0.6305	0.2623	-0.0005	-0.0535	0.0271	0.2422	-0.0033	0.1171	-0.0681	-0.0729	0.1886	0.1712	0.1957	14.2958	-20.3799	70.211

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 144
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	145 - 227
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	0 - 150
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	151 - 227
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	1 - 149
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	150 - 227
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	1 - 142
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	143 - 226

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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