PDB-5j8d: Structure of nitroreductase from E. cloacae complexed with nicoti...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5j8d

タイトル

Structure of nitroreductase from E. cloacae complexed with nicotinic acid adenine dinucleotide

要素

Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Nitroreductase / Complex / NAAD / Substrate

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on other nitrogenous compounds as donors, with NAD or NADP as acceptor / 2,4,6-trinitrotoluene catabolic process / 酸化還元酵素 / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacter cloacae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Haynes, C.A. / Koder, R.L. / Miller, A.F. / Rodgers, D.W.

資金援助

米国, 4件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)	NS38401	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	MCB 9904886	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM110787	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	IIA-1355438	米国

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Mechanism-Informed Refinement Reveals Altered Substrate-Binding Mode for Catalytically Competent Nitroreductase.
著者: Pitsawong, W. / Haynes, C.A. / Koder, R.L. / Rodgers, D.W. / Miller, A.F.

履歴

登録	2016年4月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年5月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2017年12月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.3	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb5j8d.ent.gz	305.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5j8d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5j8d_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5j8d_full_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示
XML形式データ	5j8d_validation.xml.gz	44.6 KB	表示
CIF形式データ	5j8d_validation.cif.gz	65.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j8/5j8d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j8/5j8d	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5j8gC 1kqcS 1kqb 1kqd S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1nec-2 1oo6-d 2wbe-1 1kqc-1 3tjl-d 1v5y-d 1icu-2 1ylr-d 5kt1-d 6u31-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase

B: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase

C: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase

D: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase

ヘテロ分子

99.9 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase

B: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.9 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase

D: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	49.380, 113.140, 80.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.590, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase / NR 分子量: 23850.980 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (バクテリア) 遺伝子: nfsB, nfnB, nfsI / プラスミド: PET24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q01234, 酸化還元酵素
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-DND / NICOTINIC ACID ADENINE DINUCLEOTIDE / DEAMIDO-NAD+ / 3-(カルボキシラト)-1-[5-O-[(5′-アデニリルオキシ)オキシラトホスフィニル]-β-D-リボフラノシル]ピ(以下略) 分子量: 665.418 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₆O₁₅P₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1024 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.89 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: 100 mM homopipes (pH 4.8), 50 mM sodium acetate and 15% w/v polyethylene glycol 4000. Protein at 4.75 mg/ml initial concentration in 10 mM HEPES (pH 7.0) and 50 mM KCl.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 115 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2003年1月3日 / 詳細: Mirrors
放射	モノクロメーター: Double crystal silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→19.842 Å / B_iso Wilson estimate: 12.38 Å²

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1KQC

1kqc

解像度: 1.85→19.842 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.05 / 位相誤差: 21.97 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2124	6488	9.12 %	Random selection
R_work	0.1747	64652	-	-
obs	0.178	71140	94.43 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 102.71 Å² / B_iso mean: 21.3138 Å² / B_iso min: 3.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.85→19.842 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6708	0	300	1024	8032
B_iso mean	-	-	23.43	29.21	-
残基数	-	-	-	-	864

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	7168
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.653	9756
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	1088
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1396
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.356	4352

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.85-1.871	0.2852	166	0.2351	1689	1855	75
1.871-1.893	0.3008	187	0.2112	1862	2049	80
1.893-1.9161	0.2815	214	0.214	1848	2062	84
1.9161-1.9403	0.2438	185	0.1968	1969	2154	87
1.9403-1.9658	0.2409	185	0.1896	2049	2234	88
1.9658-1.9927	0.2325	197	0.1901	2023	2220	90
1.9927-2.0212	0.234	208	0.1857	2085	2293	91
2.0212-2.0513	0.2166	209	0.182	2107	2316	92
2.0513-2.0833	0.2279	215	0.1819	2097	2312	94
2.0833-2.1174	0.2185	220	0.1782	2144	2364	94
2.1174-2.1539	0.2299	214	0.1767	2185	2399	95
2.1539-2.193	0.229	214	0.1777	2159	2373	96
2.193-2.2351	0.2273	219	0.1741	2194	2413	96
2.2351-2.2807	0.2101	221	0.1766	2201	2422	96
2.2807-2.3302	0.2136	241	0.1729	2201	2442	97
2.3302-2.3843	0.2363	211	0.1783	2180	2391	96
2.3843-2.4439	0.2177	235	0.1737	2235	2470	97
2.4439-2.5098	0.2194	248	0.1815	2200	2448	98
2.5098-2.5835	0.2179	203	0.1667	2239	2442	98
2.5835-2.6667	0.1988	218	0.1739	2221	2439	98
2.6667-2.7618	0.2086	228	0.1677	2256	2484	98
2.7618-2.8721	0.2115	237	0.1764	2241	2478	98
2.8721-3.0023	0.1895	222	0.1701	2240	2462	99
3.0023-3.16	0.2023	227	0.1688	2251	2478	99
3.16-3.3571	0.1953	210	0.1699	2306	2516	99
3.3571-3.6149	0.1887	234	0.1607	2270	2504	100
3.6149-3.9761	0.1959	223	0.1673	2289	2512	100
3.9761-4.5454	0.2048	240	0.1553	2288	2528	100
4.5454-5.704	0.1798	225	0.1675	2307	2532	100
5.704-19.8432	0.2061	232	0.1841	2316	2548	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0348	-0.0712	-0.0442	0.9585	0.4722	0.708	-0.0697	0.0132	0.077	0.0641	0.0472	-0.2536	-0.1456	0.1427	0.0217	0.2054	-0.0271	-0.1012	0.1081	0.0076	0.1796	50.5277	114.4649	31.6367
2	0.8372	0.4485	0.3901	1.8922	0.7694	1.6773	-0.0999	0.0598	0.1275	0.163	0.0191	-0.0757	-0.1247	0.0663	0.0475	0.1419	0.006	-0.0689	0.0936	0.0229	0.099	41.3479	114.1421	24.558
3	7.9632	-5.2546	-6.6252	4.6717	4.6536	7.0173	-0.1659	0.2933	-0.6178	0.1229	-0.1434	0.4245	0.4266	-0.1796	0.3142	0.2506	-0.0354	-0.0418	0.1613	0.0078	0.1771	34.6122	92.4364	19.9474
4	0.4369	0.2065	0.1422	0.9132	0.2506	0.8255	-0.0827	-0.0263	0.0873	0.1404	0.0417	-0.1065	-0.1099	-0.0455	0.0453	0.2239	0.0092	-0.0918	0.0687	-0.0095	0.1287	41.5869	113.686	36.2721
5	0.2459	-0.1395	0.1342	0.6082	-0.1306	0.5436	0.0249	0.0206	-0.0843	0.1054	0.0262	-0.0284	0.2517	0.0098	-0.0518	0.3322	0.0161	-0.1411	0.0721	0.0056	0.1527	46.1841	93.5896	40.9447
6	5.1566	1.5127	-0.1684	0.6145	-0.3487	4.6175	0.149	-0.4086	0.5005	0.4641	-0.088	0.0781	-0.2458	-0.1924	-0.0986	0.2963	0.0642	-0.0474	0.1081	-0.0448	0.2092	37.128	113.8295	56.6816
7	4.2399	1.4039	3.2197	2.8676	1.9933	6.2061	-0.1419	0.1363	0.7078	-0.1997	-0.0014	0.8945	-0.869	-0.7857	-0.124	0.6944	0.231	0.0274	0.8714	0.1892	0.6296	28.2875	117.052	47.0486
8	0.587	0.0978	0.4579	0.9146	0.0645	1.6449	0.0566	0.017	-0.0473	0.1269	0.0196	-0.0524	0.194	-0.0035	-0.0499	0.2337	-0.0106	-0.1187	0.0722	-0.0012	0.1141	43.2362	97.491	34.6004
9	1.0443	-0.1162	0.8482	2.203	-0.789	0.9229	0.0105	0.1895	0.1373	-0.0422	-0.1828	-0.267	-0.0643	0.1414	0.1667	0.1057	-0.0399	0.0307	0.1437	0.0247	0.0711	34.7888	52.0132	-4.3126
10	0.9534	2.049	-0.6966	6.3628	-4.249	5.1365	0.005	0.1414	-0.004	-0.1226	0.0391	0.0223	0.001	-0.0346	-0.0105	0.0455	0.0044	0.0126	0.0526	0.0076	0.076	20.2813	48.0368	-8.6071
11	0.8289	0.5616	0.1838	2.2826	-0.1311	0.8078	-0.0397	-0.0928	0.1763	0.159	-0.0494	0.0619	-0.1445	-0.0426	0.0551	0.0745	0.002	0.0127	0.0809	-0.0147	0.0963	19.862	54.2951	4.8817
12	2.7673	-0.1108	-0.1435	0.641	0.1812	4.5461	0.0882	0.0708	-0.1707	0.0322	0.0843	0.0797	0.193	-0.3369	0.2039	0.0518	-0.0226	0.0522	0.0864	0.0084	0.234	5.1627	32.8319	0.9718
13	3.6305	2.8121	4.5676	4.0073	4.6438	7.6929	0.3265	-0.4174	-0.2448	0.4296	-0.0746	0.1734	0.4128	-0.5971	-0.2263	0.1872	-0.0171	0.0582	0.2896	0.0859	0.2907	8.9712	29.6731	13.2835
14	1.0667	0.1245	-0.0631	1.9064	0.1711	1.2481	0.0151	-0.0842	0.0658	0.1499	-0.052	0.1231	0.0186	-0.0561	0.0163	0.0412	-0.0108	-0.0024	0.06	-0.0037	0.0428	22.9197	48.7335	7.0123
15	1.9553	2.0752	-0.2471	3.9751	-1.7457	5.3475	0.0782	-0.1966	0.3345	0.2923	-0.067	0.6201	-0.1591	-0.4763	0.0425	0.1475	-0.0095	-0.0008	0.0682	-0.0677	0.1513	15.8325	53.7456	8.1679
16	1.3976	-0.8517	1.04	2.8598	-2.1319	2.0508	-0.0392	0.1536	0.143	0.2279	-0.2566	-0.4978	-0.1953	0.2157	0.3083	0.097	-0.0435	-0.009	0.1607	0.0161	0.1147	41.8645	46.3482	5.1297
17	0.8765	0.1803	0.3361	1.4982	-0.0572	0.6439	-0.0051	0.0978	-0.0659	-0.0575	0.0036	-0.1841	-0.0466	0.0944	0.0036	0.0528	-0.0073	0.0286	0.0952	0.0062	0.0711	33.5427	31.9128	1.9424
18	3.7869	1.034	0.5387	5.3341	0.4981	5.2943	0.2932	-0.2866	-0.2643	0.1757	-0.0727	0.1756	0.4994	-0.1812	-0.1712	0.2004	-0.0418	-0.0356	0.0741	0.0352	0.1217	26.055	17.8917	11.1919
19	0.8669	0.1221	-0.0784	0.4023	0.2639	0.2736	-0.0361	0.0153	0.1596	0.1299	-0.0229	-0.1124	-0.2156	0.2501	-0.0035	0.2554	-0.1041	-0.0816	0.1567	0.0527	0.1345	41.2638	42.4832	15.0444
20	7.0964	3.3405	-4.3957	3.9933	-1.8907	4.6903	0.2579	-0.4875	0.5561	0.7084	-0.1521	-0.1403	-0.4887	0.6033	-0.0833	0.4088	-0.0121	-0.1401	0.2334	-0.0022	0.2454	35.5208	54.076	21.4062
21	0.8719	-0.0618	0.2861	1.7726	0.1065	1.0729	0.0255	-0.0618	-0.0542	0.1883	0.0053	-0.106	0.0988	0.0153	-0.0264	0.0567	-0.0199	0.0067	0.0644	0.0088	0.0663	28.1001	30.4571	9.8834
22	2.5484	-1.3105	0.0157	8.4709	1.893	2.1524	-0.0603	0.1323	0.0252	-0.0425	0.0036	0.4231	-0.1408	-0.0434	0.0775	0.0369	-0.0105	0.0031	0.0955	0.012	0.0646	12.0227	42.4153	-3.7179

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 53 )	A	2 - 53
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 54 through 110 )	A	54 - 110
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 111 through 134 )	A	111 - 134
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 135 through 217 )	A	135 - 217
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 2 through 91 )	B	2 - 91
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 92 through 110 )	B	92 - 110
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 111 through 134 )	B	111 - 134
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 135 through 217 )	B	135 - 217
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 2 through 23 )	C	2 - 23
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 24 through 35 )	C	24 - 35
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 36 through 91 )	C	36 - 91
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 92 through 110 )	C	92 - 110
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 111 through 134 )	C	111 - 134
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 135 through 175 )	C	135 - 175
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 176 through 192 )	C	176 - 192
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 193 through 217 )	C	193 - 217
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 2 through 53 )	D	2 - 53
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 54 through 77 )	D	54 - 77
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 78 through 110 )	D	78 - 110
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 111 through 134 )	D	111 - 134
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 135 through 201 )	D	135 - 201
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 202 through 217 )	D	202 - 217

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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