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Yorodumi- PDB-5j8d: Structure of nitroreductase from E. cloacae complexed with nicoti... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5j8d | |||||||||||||||
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Title | Structure of nitroreductase from E. cloacae complexed with nicotinic acid adenine dinucleotide | |||||||||||||||
Components | Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase | |||||||||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Nitroreductase / Complex / NAAD / Substrate | |||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information | |||||||||||||||
Biological species | Enterobacter cloacae (bacteria) | |||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.85 Å | |||||||||||||||
Authors | Haynes, C.A. / Koder, R.L. / Miller, A.F. / Rodgers, D.W. | |||||||||||||||
Funding support | United States, 4items
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Citation | Journal: Structure / Year: 2017 Title: Mechanism-Informed Refinement Reveals Altered Substrate-Binding Mode for Catalytically Competent Nitroreductase. Authors: Pitsawong, W. / Haynes, C.A. / Koder, R.L. / Rodgers, D.W. / Miller, A.F. | |||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5j8d.cif.gz | 371.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5j8d.ent.gz | 305.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5j8d.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j8/5j8d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j8/5j8d | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5j8gC 1kqcS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 23850.980 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Enterobacter cloacae (bacteria) / Gene: nfsB, nfnB, nfsI / Plasmid: PET24 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q01234, Oxidoreductases #2: Chemical | ChemComp-FMN / #3: Chemical | ChemComp-DND / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.36 Å3/Da / Density % sol: 47.89 % |
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Crystal grow | Temperature: 278 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.8 Details: 100 mM homopipes (pH 4.8), 50 mM sodium acetate and 15% w/v polyethylene glycol 4000. Protein at 4.75 mg/ml initial concentration in 10 mM HEPES (pH 7.0) and 50 mM KCl. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 115 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9793 Å |
Detector | Type: CUSTOM-MADE / Detector: CCD / Date: Jan 3, 2003 / Details: Mirrors |
Radiation | Monochromator: Double crystal silicon / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.85→19.842 Å / Biso Wilson estimate: 12.38 Å2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1KQC Resolution: 1.85→19.842 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0.05 / Phase error: 21.97 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 102.71 Å2 / Biso mean: 21.3138 Å2 / Biso min: 3.24 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.85→19.842 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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