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Yorodumi- PDB-5cy4: Crystal structure of an oligoribonuclease from Acinetobacter baumannii -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5cy4 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of an oligoribonuclease from Acinetobacter baumannii | ||||||
Components | Oligoribonuclease | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationDNA metabolic process / 3'-5'-RNA exonuclease activity / nucleic acid binding / Hydrolases; Acting on ester bonds / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Acinetobacter baumannii (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.25 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: To Be PublishedTitle: Crystal structure of an oligoribonuclease from Acinetobacter baumannii Authors: Lukacs, C.M. / Fairman, J.W. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5cy4.cif.gz | 471.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5cy4.ent.gz | 387.9 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5cy4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5cy4_validation.pdf.gz | 478 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5cy4_full_validation.pdf.gz | 481.5 KB | Display | |
| Data in XML | 5cy4_validation.xml.gz | 43.5 KB | Display | |
| Data in CIF | 5cy4_validation.cif.gz | 61.7 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/5cy4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/5cy4 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 3igiS S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data | |
| Other databases |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 23113.365 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Acinetobacter baumannii (bacteria)Gene: orn, ABUW_3367, BL01_16870, IOMTU433_3284, IX87_17160, LH92_02780, MRSN16875_02860, RQ24_13780, RQ85_08810, RU84_15800, VM83_02650, WH42_12930 Production host: ![]() References: UniProt: V5VGJ9, Hydrolases; Acting on ester bonds #2: Chemical | ChemComp-CA / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.18 Å3/Da / Density % sol: 61.3 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: JCSG+e11: 14% PEG8000, 160mM Calcium acetate, 0.08M sodium cacodylate pH6.5, 20% glycerol PH range: 6.5 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å |
| Detector | Type: RAYONIX MX225HE / Detector: CCD / Date: Jul 7, 2015 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.25→48 Å / Num. obs: 82841 / % possible obs: 98 % / Redundancy: 5 % / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 16.3 |
| Reflection shell | Resolution: 2.25→2.31 Å / Redundancy: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.562 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 99.3 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 3igi Resolution: 2.25→39.49 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 19.74 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.25→39.49 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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