PDB-4eyw: Crystal structure of rat carnitine palmitoyltransferase 2 in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4eyw

タイトル

Crystal structure of rat carnitine palmitoyltransferase 2 in complex with 1-[(R)-2-(3,4-Dihydro-1H-isoquinoline-2-carbonyl)-piperidin-1-yl]-2-phenoxy-ethanone

要素

Carnitine O-palmitoyltransferase 2, mitochondrial

キーワード

Transferase/Transferase Inhibitor / ACYLTRANSFERASE / MITOCHONDRIAL PROTEIN / Transferase-Transferase Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

carnitine O-palmitoyltransferase / carnitine O-palmitoyltransferase activity / Carnitine shuttle / carnitine O-octanoyltransferase activity / carnitine metabolic process / long-chain fatty acid metabolic process / response to fatty acid / acyltransferase activity / fatty acid beta-oxidation / long-chain fatty acid transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.885 Å

データ登録者

Rudolph, M.G. / Benz, J. / Burger, D. / Thoma, R. / Rufer, A. / Joseph, C.

引用

ジャーナル: FEBS Open Bio / 年: 2013
タイトル: Isothermal titration calorimetry with micelles: Thermodynamics of inhibitor binding to carnitine palmitoyltransferase 2 membrane protein.
著者: Perspicace, S. / Rufer, A.C. / Thoma, R. / Mueller, F. / Hennig, M. / Ceccarelli, S. / Schulz-Gasch, T. / Seelig, J.

履歴

登録	2012年5月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月3日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4eyw.cif.gz	291.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4eyw.ent.gz	232.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4eyw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/4eyw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/4eyw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ep9C 4ephC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4eph-d 2rcu-2 2deb-2 2rcu-1 1lb1-1 2fw3-d 1kzg-2 3bbw-d 2h4t-1 6imn-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carnitine O-palmitoyltransferase 2, mitochondrial

B: Carnitine O-palmitoyltransferase 2, mitochondrial

ヘテロ分子

144 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Carnitine O-palmitoyltransferase 2, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
72.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Carnitine O-palmitoyltransferase 2, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
72.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	148.144, 148.144, 192.070
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

#1: タンパク質	Carnitine O-palmitoyltransferase 2, mitochondrial / Carnitine palmitoyltransferase II / CPT II 分子量: 71532.891 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 27-658 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Cpt2, Cpt-2 / プラスミド: PET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P18886, carnitine O-palmitoyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-L0R / 1-[(2R)-2-(3,4-dihydroisoquinolin-2(1H)-ylcarbonyl)piperidin-1-yl]-2-phenoxyethanone 分子量: 378.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₆N₂O₃
#3: 化合物	ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル分子量: 282.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₇ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.6 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.972 / 波長: 0.972 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.88→45.983 Å / Num. obs: 170100 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.096 / R_sym value: 0.096 / Net I/σ(I): 14.42
反射シェル	解像度: 1.88→1.98 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.739 / Mean I/σ(I) obs: 2.59 / R_sym value: 0.739 / % possible all: 95.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: dev_1032)	精密化
DENZO		データ削減
SADABS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: IN-HOUSE MODEL

解像度: 1.885→45.983 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.18 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1972	8492	4.99 %	random
R_work	0.1727	-	-	-
obs	0.1739	170055	99.27 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.885→45.983 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10031	0	94	1189	11314

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	10567
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.033	14348
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.674	3937
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	1553
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1868

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.885-1.9065	0.2857	245	0.2674	4773	X-RAY DIFFRACTION	89
1.9065-1.9289	0.2799	263	0.2363	5193	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9289-1.9524	0.2676	283	0.2282	5265	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9524-1.9771	0.2577	298	0.2189	5344	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9771-2.0032	0.2499	252	0.2127	5385	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0032-2.0306	0.2571	269	0.2031	5374	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0306-2.0596	0.2501	311	0.1953	5330	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0596-2.0904	0.2243	278	0.1848	5382	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0904-2.123	0.2193	274	0.1837	5362	X-RAY DIFFRACTION	100
2.123-2.1578	0.2256	290	0.1845	5338	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1578-2.195	0.206	309	0.1789	5331	X-RAY DIFFRACTION	100
2.195-2.2349	0.2331	295	0.1784	5397	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2349-2.2779	0.216	291	0.1826	5376	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2779-2.3244	0.2207	273	0.1827	5364	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3244-2.375	0.1985	255	0.1801	5435	X-RAY DIFFRACTION	100
2.375-2.4302	0.2111	279	0.177	5398	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4302-2.491	0.2092	281	0.1826	5393	X-RAY DIFFRACTION	100
2.491-2.5583	0.2266	277	0.1749	5433	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5583-2.6336	0.2041	302	0.1755	5376	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6336-2.7186	0.1939	263	0.1692	5424	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7186-2.8157	0.1913	258	0.1738	5438	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8157-2.9285	0.2019	269	0.1759	5440	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9285-3.0617	0.2129	309	0.1807	5414	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0617-3.2231	0.2016	297	0.1746	5464	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2231-3.425	0.1728	287	0.1661	5456	X-RAY DIFFRACTION	100
3.425-3.6893	0.1822	290	0.1539	5468	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6893-4.0604	0.1526	303	0.1437	5473	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0604-4.6474	0.1717	286	0.143	5549	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6474-5.8534	0.1643	309	0.152	5560	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8534-45.983	0.1819	296	0.1862	5628	X-RAY DIFFRACTION	96

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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