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- PDB-5k8d: Crystal structure of rFVIIIFc -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k8d
タイトルCrystal structure of rFVIIIFc
要素(Coagulation factor ...) x 2
キーワードBLOOD CLOTTING / Coagulation Factor / Factor VIII / human IgG1 Fc domain / Hemophilia A
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective F8 accelerates dissociation of the A2 domain / Defective F8 binding to the cell membrane / Defective F8 secretion / Defective F8 sulfation at Y1699 / Gamma carboxylation, hypusinylation, hydroxylation, and arylsulfatase activation / Defective F8 binding to von Willebrand factor / blood coagulation, intrinsic pathway / Fc-gamma receptor I complex binding / Cargo concentration in the ER / Defective factor IX causes thrombophilia ...Defective F8 accelerates dissociation of the A2 domain / Defective F8 binding to the cell membrane / Defective F8 secretion / Defective F8 sulfation at Y1699 / Gamma carboxylation, hypusinylation, hydroxylation, and arylsulfatase activation / Defective F8 binding to von Willebrand factor / blood coagulation, intrinsic pathway / Fc-gamma receptor I complex binding / Cargo concentration in the ER / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / antibody-dependent cellular cytotoxicity / COPII-mediated vesicle transport / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / Defective F8 cleavage by thrombin / FCGR activation / complement activation, classical pathway / Role of phospholipids in phagocytosis / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / antigen binding / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / platelet alpha granule lumen / Regulation of Complement cascade / acute-phase response / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / Golgi lumen / blood coagulation / antibacterial humoral response / Platelet degranulation / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / blood microparticle / adaptive immune response / oxidoreductase activity / copper ion binding / endoplasmic reticulum lumen / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Coagulation factor 5/8-like / : / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase ...Coagulation factor 5/8-like / : / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / : / Cupredoxin / Galactose-binding-like domain superfamily / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Coagulation factor VIII / Immunoglobulin heavy constant gamma 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.19 Å
データ登録者Leksa, N. / Quan, C.
引用ジャーナル: J. Thromb. Haemost. / 年: 2017
タイトル: The structural basis for the functional comparability of factor VIII and the long-acting variant recombinant factor VIII Fc fusion protein.
著者: Leksa, N.C. / Chiu, P.L. / Bou-Assaf, G.M. / Quan, C. / Liu, Z. / Goodman, A.B. / Chambers, M.G. / Tsutakawa, S.E. / Hammel, M. / Peters, R.T. / Walz, T. / Kulman, J.D.
履歴
登録2016年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_volume ..._citation.country / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / diffrn_radiation_wavelength / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coagulation factor VIII
B: Coagulation factor VIII,Ig gamma-1 chain C region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,53010
ポリマ－183,8752
非ポリマー2,6568
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10070 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area55210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.295, 136.295, 365.098
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細rFVIIIFc is composed of three polypeptide chains. Chain A is the heavy chain of FVIII. Chain B is the light chain of FVIII with a single human IgG1 Fc domain fused to the C terminus of the light chain. Chain C is a free single human IgG1 Fc domain that pairs with the Fc domain at the C terminus of the FVIII light chain. These three chains form the full assembly--a monomeric FVIII with a C-terminal, dimeric Fc-fusion. While all three chains are in the crystal, the dimeric Fc is not visible in the final structure. Silver stain gel of a dissolved crystal confirmed the presence of all three chains.

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要素

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Coagulation factor ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Coagulation factor VIII / Antihemophilic factor / AHF / Procoagulant component


分子量: 84775.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FVIII Heavy Chain / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F8, F8C / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00451
#2: タンパク質 Coagulation factor VIII,Ig gamma-1 chain C region / Antihemophilic factor / AHF / Procoagulant component


分子量: 99098.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F8, F8C, IGHG1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00451, UniProt: P01857

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糖 , 3種, 3分子

#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpb1-3[DManpa1-6DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f6-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 2種, 5分子

#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Ca
#7: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Cu

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詳細

構成要素の詳細Authors state the following: The crystal contains a total of 3 polypeptide chains. Chain A is the ...Authors state the following: The crystal contains a total of 3 polypeptide chains. Chain A is the heavy chain of FVIII. Chain B is the light chain of FVIII fused to a single IgG1 Fc domain. The third chain, which is not indicated here, is another single IgG1 Fc domain that forms a dimer with the single Fc at the C-terminus of the FVIII light chain. There are no coordinates for the either of these Fc halves as there is no density for the dimeric Fc at the C-terminus of FVIII. We have dissolved crystals on a reducing gel and observe the presence of both halves of the Fc (one fused to the C terminus of the FVIII light chain and one free Fc). There are large solvent channels in the crystal that are large enough to accommodate the Fc dimer at the C-terminus of FVIII
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.33 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.3 / 詳細: 5% Ethanol, 100mM TRIS pH 7.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.2→50 Å / Num. obs: 26141 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 0.174 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.181 / Χ2: 1.274 / Net I/av σ(I): 17.026 / Net I/σ(I): 4.7 / Num. measured all: 360235
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
4.2-4.2712.612810.8550.4711.138100
4.27-4.351312620.890.3081.148100
4.35-4.4313.112890.8940.2631.1731000.9190.956
4.43-4.5213.312700.9390.2351.1431000.8310.864
4.52-4.6213.412860.9570.21.1751000.7110.739
4.62-4.7313.512770.9720.1621.1781000.5770.6
4.73-4.8513.812900.9780.1411.191000.5060.525
4.85-4.9813.912840.980.1361.2171000.4930.511
4.98-5.1314.112920.9740.1131.1851000.4130.429
5.13-5.2914.312910.9790.1091.161000.3980.413
5.29-5.4814.313030.9910.1021.14899.90.3720.386
5.48-5.714.412980.9840.0951.1511000.3520.365
5.7-5.9614.512970.9840.091.1361000.3340.346
5.96-6.2714.413010.9850.0821.2111000.3030.314
6.27-6.6614.413180.990.0691.3741000.2530.263
6.66-7.1814.313170.9890.061.51000.2210.229
7.18-7.914.213240.9920.0451.6791000.1640.17
7.9-9.031413540.9980.0271.4491000.0970.101
9.03-11.3613.813820.9990.0151.461000.0560.058
11.36-5012.314250.9990.0131.599960.0450.047

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation9.85 Å37.6 Å
Translation9.85 Å37.6 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2R7E

2r7e


解像度: 4.19→37.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.851 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.715 / SU B: 146.864 / SU ML: 0.828 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.996 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED. Authors state the following: The crystal contains a total of 3 polypeptide chains. Chain A is the heavy chain of ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED. Authors state the following: The crystal contains a total of 3 polypeptide chains. Chain A is the heavy chain of FVIII. Chain B is the light chain of FVIII fused to a single IgG1 Fc domain. The third chain, which is not indicated here, is another single IgG1 Fc domain that forms a dimer with the single Fc at the C-terminus of the FVIII light chain. There are no coordinates for the either of these Fc halves as there is no density for the dimeric Fc at the C-terminus of FVIII. We have dissolved crystals on a reducing gel and observe the presence of both halves of the Fc (one fused to the C terminus of the FVIII light chain and one free Fc). There are large solvent channels in the crystal that are large enough to accommodate the Fc dimer at the C-terminus of FVIII
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3619 1309 5.1 %RANDOM
Rwork0.298 ---
obs0.3011 24550 98.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 486.41 Å2 / Biso mean: 205.935 Å2 / Biso min: 66.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.33 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.33 Å2-0 Å2
3----2.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 4.19→37.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9973 0 166 0 10139
Biso mean--279.52 --
残基数----1230
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.01910437
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8961.95714169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.00951221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.59223.499483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg24.927151719
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.0161555
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.21544
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0217858
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it10.22114.274911
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it17.07321.3616123
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it18.19315.1375526
LS精密化 シェル解像度: 4.192→4.3 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.427 99 -
Rwork0.391 1707 -
all-1806 -
obs--96.17 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.4189-1.1113.79633.5796-2.77184.35850.5479-0.637-1.0303-0.49730.2922-0.09720.6775-0.7307-0.84010.1769-0.2459-0.18530.54950.49310.6067-21.13614.619-13.4145
22.4277-1.3458-0.67452.6851-1.54146.1924-0.0415-0.44790.59570.69670.014-0.6031-0.9526-0.48780.02750.2771-0.0236-0.15990.3677-0.06830.38341.004537.95746.6261
34.50930.58720.36121.8772-0.42764.6669-0.1337-0.63740.98310.1150.1211-0.0645-1.1457-0.46370.01260.37460.1186-0.1230.7140.20420.5811-22.34247.9774-18.4526
45.7329-0.39091.26910.996-3.38552.91670.17140.28850.0882-1.011-0.0444-0.04740.0644-0.5106-0.1270.16060.19710.07730.64270.27070.1211-45.159751.4594-46.5434
511.6618-0.95832.81876.7954.927611.2259-0.1028-1.3245-1.45871.3306-0.34280.31051.202-0.05280.44570.303-0.12130.03010.38660.14910.9063-51.010219.7337-52.7137
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 372
2X-RAY DIFFRACTION2A373 - 740
3X-RAY DIFFRACTION3B1649 - 2019
4X-RAY DIFFRACTION4B2020 - 2172
5X-RAY DIFFRACTION5B2173 - 2332

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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