[日本語] English
万見
- PDB-5k8a: NIST FAB -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k8a
タイトルNIST FAB
要素
  • Heavy chain
  • humanized Fab Lite chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / measurement standard / pseudo-tetragonal packing
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.999 Å
データ登録者Gallagher, D.T. / Galvin, C.V. / Karageorgos, I. / Marino, J.P.
引用
ジャーナル: Data Brief / 年: 2018
タイトル: Data on crystal organization in the structure of the Fab fragment from the NIST reference antibody, RM 8671.
著者: Gallagher, D.T. / Karageorgos, I. / Hudgens, J.W. / Galvin, C.V.
#1: ジャーナル: Biologicals / 年: 2017
タイトル: Biophysical characterization and structure of the Fab fragment from the NIST reference antibody, RM 8671.
著者: Karageorgos, I. / Gallagher, E.S. / Galvin, C. / Gallagher, D.T. / Hudgens, J.W.
履歴
登録2016年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 2.02023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Polymer sequence / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_poly / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
L: humanized Fab Lite chain
H: Heavy chain
M: humanized Fab Lite chain
V: Heavy chain
A: humanized Fab Lite chain
B: Heavy chain
E: humanized Fab Lite chain
F: Heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,7428
ポリマ－190,7428
非ポリマー00
水6,575365
1
L: humanized Fab Lite chain
H: Heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6852
ポリマ－47,6852
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3850 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area19380 Å2
手法PISA
2
M: humanized Fab Lite chain
V: Heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6852
ポリマ－47,6852
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3680 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area19760 Å2
手法PISA
3
E: humanized Fab Lite chain
F: Heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6852
ポリマ－47,6852
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3830 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area19420 Å2
手法PISA
4
A: humanized Fab Lite chain
B: Heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6852
ポリマ－47,6852
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3730 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area19340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.156, 149.203, 195.032
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

-
要素

#1: 抗体
humanized Fab Lite chain


分子量: 23150.730 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
Heavy chain


分子量: 24534.699 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.2 % / Mosaicity: 1.233 ° / Mosaicity esd: 0.008 °
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 25 mg/mL ptn, 1.9 M AmSO4, 200 mM LiSO4, 100 mM Histidine

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.67
11K, H, -L20.33
反射解像度: 1.999→20 Å / Num. obs: 147109 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/av σ(I): 25.565 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.999-2.034.30.841196.1
2.03-2.074.90.755199.4
2.07-2.115.70.676199.8
2.11-2.155.80.58199.8
2.15-2.25.80.503199.9
2.2-2.255.80.444199.8
2.25-2.315.90.402199.8
2.31-2.3760.346199.9
2.37-2.4460.298199.8
2.44-2.5260.259199.9
2.52-2.615.50.215199.8
2.61-2.715.80.1891100
2.71-2.846.60.1551100
2.84-2.996.50.1291100
2.99-3.176.40.105199.9
3.17-3.426.20.086199.9
3.42-3.765.70.072199.9
3.76-4.35.90.06199.9
4.3-5.396.20.0521100
5.39-205.80.045199.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation7.07 Å29.77 Å
Translation7.07 Å29.77 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3qwo

3qwo


解像度: 1.999→19.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 2.291 / SU ML: 0.07 / SU R Cruickshank DPI: 0.0286 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.029 / ESU R Free: 0.026
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1892 7274 5 %RANDOM
Rwork0.1644 ---
obs0.1656 138161 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 136.6 Å2 / Biso mean: 44.992 Å2 / Biso min: 24.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-21.36 Å20 Å20 Å2
2--0.57 Å2-0 Å2
3----21.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.999→19.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13264 0 0 367 13631
Biso mean---50.87 -
残基数----1744
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0213612
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5481.95118528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.90651736
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.24824.32500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.615152184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1331544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.22112
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02110068
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0134.3556968
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.0386.518696
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6454.5396643
LS精密化 シェル解像度: 1.999→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 448 -
Rwork0.215 9911 -
all-10359 -
obs--98.15 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る