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万見
- PDB-5k5o: Structure of AspA-26mer DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k5o
タイトルStructure of AspA-26mer DNA complex
要素
  • (DNA (26-MER)) x 2
  • AspA
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / AspA / centromere DNA / DNA segregation / pNOB8 / archaea / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Winged helix DNA-binding domain / Transcription regulator TrmB, N-terminal / Sugar-specific transcriptional regulator TrmB / helix_turn_helix, Arsenical Resistance Operon Repressor / HTH ArsR-type DNA-binding domain / ArsR-like helix-turn-helix domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...Winged helix DNA-binding domain / Transcription regulator TrmB, N-terminal / Sugar-specific transcriptional regulator TrmB / helix_turn_helix, Arsenical Resistance Operon Repressor / HTH ArsR-type DNA-binding domain / ArsR-like helix-turn-helix domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / HTH arsR-type domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus sp. NOB8H2 (好気性・好酸性)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Schumacher, M.
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Structures of archaeal DNA segregation machinery reveal bacterial and eukaryotic linkages.
著者: Schumacher, M.A. / Tonthat, N.K. / Lee, J. / Rodriguez-Castaneda, F.A. / Chinnam, N.B. / Kalliomaa-Sanford, A.K. / Ng, I.W. / Barge, M.T. / Shaw, P.L. / Barilla, D.
履歴
登録2016年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月6日Group: Structure summary
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AspA
B: AspA
C: AspA
D: AspA
N: DNA (26-MER)
M: DNA (26-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,6756
ポリマ－61,6756
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13910 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area25110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.627, 96.627, 187.093
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number153
Space group name H-MP3212

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要素

#1: タンパク質
AspA


分子量: 11425.244 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus sp. NOB8H2 (好気性・好酸性)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O93706
#2: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 7987.165 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 7987.165 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.53 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1 M citrate, 0.1 M cacodylate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -h,-k,l / Fraction: 0.18
反射解像度: 3.2→50.005 Å / Num. obs: 14191 / % possible obs: 84.58 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.145 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 3.2→3.32 Å / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 1.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.6.4_486精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4RS8

4rs8


解像度: 3.2→50.005 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 33.42 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2894 1584 11.16 %
Rwork0.2569 --
obs0.2602 14191 84.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.27 Å / VDWプローブ半径: 0.6 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 73.939 Å2 / ksol: 0.346 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.2728 Å20 Å20 Å2
2---8.2728 Å2-0 Å2
3---16.5456 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→50.005 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2939 1060 0 0 3999
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014170
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4735851
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.2431658
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068681
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008542
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2036-3.3180.5186740.4667694X-RAY DIFFRACTION42
3.318-3.45080.5811860.3955836X-RAY DIFFRACTION50
3.4508-3.60780.4071160.34551035X-RAY DIFFRACTION64
3.6078-3.79790.33231460.30151318X-RAY DIFFRACTION79
3.7979-4.03560.29431530.27861379X-RAY DIFFRACTION82
4.0356-4.34690.28161590.24721440X-RAY DIFFRACTION86
4.3469-4.78370.30181660.24351494X-RAY DIFFRACTION89
4.7837-5.47460.29081680.24761493X-RAY DIFFRACTION89
5.4746-6.8920.26851700.24441522X-RAY DIFFRACTION90
6.892-40.83160.22131710.20641553X-RAY DIFFRACTION89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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