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- PDB-5k4l: Crystal structure of KDM5A in complex with a naphthyridone inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k4l
タイトルCrystal structure of KDM5A in complex with a naphthyridone inhibitor
要素
  • Lysine-specific demethylase 5A
  • Unknown Peptide
キーワードOxidoreductase/Inhibitor / epigenetics / demethylase / jumonji / inhibitor / cancer / Oxidoreductase-Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


facultative heterochromatin formation / [histone H3]-trimethyl-L-lysine4 demethylase / histone H3K4me/H3K4me2/H3K4me3 demethylase activity / regulation of DNA-binding transcription factor activity / enzyme inhibitor activity / histone demethylase activity / methylated histone binding / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / circadian regulation of gene expression / HDMs demethylate histones ...facultative heterochromatin formation / [histone H3]-trimethyl-L-lysine4 demethylase / histone H3K4me/H3K4me2/H3K4me3 demethylase activity / regulation of DNA-binding transcription factor activity / enzyme inhibitor activity / histone demethylase activity / methylated histone binding / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / circadian regulation of gene expression / HDMs demethylate histones / chromatin DNA binding / histone binding / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / nucleolus / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
ARID DNA-binding domain / : / : / : / : / : / Lysine-specific demethylase 5, C-terminal helical domain / Lysine-specific demethylase-like domain / PLU-1-like protein / Zinc finger, C5HC2-type ...ARID DNA-binding domain / : / : / : / : / : / Lysine-specific demethylase 5, C-terminal helical domain / Lysine-specific demethylase-like domain / PLU-1-like protein / Zinc finger, C5HC2-type / C5HC2 zinc finger / ARID/BRIGHT DNA binding domain / ARID DNA-binding domain / ARID DNA-binding domain superfamily / ARID/BRIGHT DNA binding domain / ARID domain profile. / BRIGHT, ARID (A/T-rich interaction domain) domain / JmjN domain / jmjN domain / JmjN domain profile. / Small domain found in the jumonji family of transcription factors / Cupin / JmjC domain, hydroxylase / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / DNA polymerase; domain 1 / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Jelly Rolls / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6QN / NICKEL (II) ION / Lysine-specific demethylase 5A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.179 Å
データ登録者Kiefer, J.R. / Vinogradova, M.V.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2016
タイトル: Design and evaluation of 1,7-naphthyridones as novel KDM5 inhibitors.
著者: Labadie, S.S. / Dragovich, P.S. / Cummings, R.T. / Deshmukh, G. / Gustafson, A. / Han, N. / Harmange, J.C. / Kiefer, J.R. / Li, Y. / Liang, J. / Liederer, B.M. / Liu, Y. / Manieri, W. / Mao, ...著者: Labadie, S.S. / Dragovich, P.S. / Cummings, R.T. / Deshmukh, G. / Gustafson, A. / Han, N. / Harmange, J.C. / Kiefer, J.R. / Li, Y. / Liang, J. / Liederer, B.M. / Liu, Y. / Manieri, W. / Mao, W. / Murray, L. / Ortwine, D.F. / Trojer, P. / VanderPorten, E. / Vinogradova, M. / Wen, L.
履歴
登録2016年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月24日Group: Database references
改定 1.22016年9月7日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine-specific demethylase 5A
B: Lysine-specific demethylase 5A
F: Unknown Peptide
G: Unknown Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,99112
ポリマ－183,1464
非ポリマー8458
水36020
1
A: Lysine-specific demethylase 5A
B: Lysine-specific demethylase 5A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,25310
ポリマ－181,4082
非ポリマー8458
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.141, 159.141, 92.109
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31
詳細The biological assembly is dimer. Chains F,G are parts of molecule 1

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要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABFG

#1: タンパク質 Lysine-specific demethylase 5A / Histone demethylase JARID1A / Jumonji/ARID domain-containing protein 1A / Retinoblastoma-binding ...Histone demethylase JARID1A / Jumonji/ARID domain-containing protein 1A / Retinoblastoma-binding protein 2 / RBBP-2


分子量: 90703.938 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 12-797 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM5A, JARID1A, RBBP2, RBP2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9
参照: UniProt: P29375, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: P29375, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: タンパク質・ペプチド Unknown Peptide


分子量: 869.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: A LARGE SECTION OF MOLECULE 1 IS MISSING IN THE COORDINATES AND MOLECULE 2 IS PROBABLY A PART OF MOLECULE 1
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM5A, JARID1A, RBBP2, RBP2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9

-
非ポリマー , 4種, 28分子

#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-6QN / ~{N}-ethyl-4-oxidanyl-2-oxidanylidene-1~{H}-1,7-naphthyridine-3-carboxamide


分子量: 233.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H11N3O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.87 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.3 / 詳細: 20% PEG3350, 0.1 M HEPES, pH 7.3, and 12% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: k,h,-l / Fraction: 0.5
反射解像度: 3.179→35 Å / Num. obs: 40754 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 3.179→3.26 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.502 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 90.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 3.179→34.503 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 26.35
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 2181 5.35 %
Rwork0.2217 --
obs0.2237 40747 92.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 256.66 Å2 / Biso mean: 105.01 Å2 / Biso min: 22.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.179→34.503 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9188 0 162 20 9370
Biso mean--102.9 37.91 -
残基数----1154
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0119602
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96513055
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551402
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051713
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8353499
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.1794-3.25330.33371270.29882315244280
3.2533-3.33460.34421290.27172512264186
3.3346-3.42460.31881400.26722561270187
3.4246-3.52520.31271180.24532538265688
3.5252-3.63880.30261570.24882617277490
3.6388-3.76860.31181360.28412723285993
3.7686-3.91920.27991220.23352457257984
3.9192-4.09720.24971040.21372238234276
4.0972-4.31260.2721480.21022422257083
4.3126-4.58190.25481450.19922708285392
4.5819-4.93430.24941400.19932686282692
4.9343-5.42820.22371410.20032751289293
5.4282-6.20770.25251440.22522706285094
6.2077-7.79840.24531450.21082703284892
7.7984-30.07620.20031660.18862734290093
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.64280.0763-0.52520.4668-0.66641.2251-0.0133-0.1643-0.01130.22890.0265-0.0356-0.22210.3105-0.03480.82230.1540.17950.519-0.01530.2519188.139514.5627-4.9661
20.70640.75340.29660.82370.24460.39720.14040.0717-0.0416-0.04020.1903-0.28010.0695-0.0957-0.19460.40720.0709-0.10040.8212-0.02151.4937182.2669-17.2061-30.6563
31.0990.18410.20350.96830.35920.8110.26820.2879-0.00510.04630.148-0.097-0.19-0.1289-0.2960.54790.07650.22260.7703-0.22811.1707193.16312.8297-17.6765
40.22030.19820.32440.70260.60420.66380.18170.32-0.18730.00940.0265-0.12520.0578-0.0447-0.23860.53810.06870.25940.773-0.00031.2813172.8947-2.0328-16.7871
51.33910.1873-0.30621.1934-0.34351.0472-0.0632-0.2372-0.34710.16610.16190.14860.28180.05-0.1080.68110.10160.10030.5037-0.07920.7151183.1115-14.14110.8828
60.58590.6124-0.1061.2876-0.05290.0521-0.0104-0.0060.02940.01880.1118-0.1363-0.03260.0387-0.1021.53170.20190.01051.43560.27281.3431191.88462.743122.4344
71.0289-0.49750.11870.56290.10440.5449-0.08770.0550.111-0.1147-0.1207-0.09780.15290.17640.11110.71520.04620.20580.84150.16410.9327236.9094-13.7211-19.1397
80.21610.06810.13840.17720.04960.20260.0075-0.05690.0770.051-0.1151-0.0109-0.0845-0.0486-0.09080.84950.1373-0.03980.78650.07760.1128212.2305-34.54566.5173
90.30770.2193-0.34711.5777-0.68610.5260.0126-0.0913-0.07860.1153-0.09380.07170.02520.06530.02760.77080.1647-0.24110.8354-0.16840.4098220.6549-21.3648.8079
100.5195-0.08050.2370.6932-0.15190.5278-0.0403-0.03610.05450.0770.0417-0.0334-0.03750.05110.22650.6613-0.0228-0.30850.8174-0.01840.3363225.5038-11.5575-9.3853
110.2038-0.03960.01470.6701-0.03790.37860.0084-0.036-0.0646-0.0492-0.03120.0720.0671-0.1019-0.21950.58650.1167-0.19610.74080.07950.2003228.6233-27.7492-8.9927
120.7440.21550.54130.44070.25711.9290.05130.2969-0.3753-0.25820.05320.31480.2642-0.0454-0.14530.56180.0933-0.30220.6597-0.20440.4873220.475-27.7607-25.054
132.14710.60640.51853.366-1.27751.24230.04420.0817-0.3937-0.2450.02790.51430.2882-0.2035-0.05540.6244-0.1027-0.26470.8096-0.02261.2133201.3224-37.8825-25.7727
141.36080.5973-0.720.2971-0.43960.95480.06790.3666-0.0744-0.22280.0494-0.0058-0.00140.1563-0.0781.08-0.1519-0.22011.21410.00151.2838216.4186-26.19-40.6031
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 12 through 62 )A12 - 62
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 63 through 173 )A63 - 173
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 174 through 498 )A174 - 498
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 499 through 547 )A499 - 547
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 548 through 723 )A548 - 723
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 724 through 785 )A724 - 785
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 12 through 62 )B12 - 62
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 63 through 173 )B63 - 173
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 174 through 378 )B174 - 378
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 379 through 462 )B379 - 462
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 463 through 557 )B463 - 557
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 558 through 655 )B558 - 655
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 656 through 699 )B656 - 699
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 700 through 785 )B700 - 785

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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