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- PDB-6nr6: Crystal Structure of Staphylococcus pseudintermedius SbnI in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nr6
タイトルCrystal Structure of Staphylococcus pseudintermedius SbnI in complex with ADP
要素Bifunctional transcriptional regulator/O-phospho-L-serine synthase SbnI
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / free serine kinase / siderophore / ParB/Srx family / staphyloferrin B
機能・相同性L-serine kinase SbnI-like / SbnI-like, N-terminal / L-serine kinase SerK/SbnI, C-terminal / ParB/Sulfiredoxin domain / ParB/Sulfiredoxin / ParB-like nuclease domain / ParB/Sulfiredoxin superfamily / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Bifunctional transcriptional regulator/O-phospho-L-serine synthase SbnI
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus pseudintermedius (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Verstraete, M.M. / Morales, L.D. / Kobylarz, M.J. / Loutet, S.A. / Laakso, H.A. / Heinrichs, D.E. / Murphy, M.E.P.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)49597 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)38002 カナダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: The heme-sensitive regulator SbnI has a bifunctional role in staphyloferrin B production by Staphylococcus aureus .
著者: Verstraete, M.M. / Morales, L.D. / Kobylarz, M.J. / Loutet, S.A. / Laakso, H.A. / Pinter, T.B. / Stillman, M.J. / Heinrichs, D.E. / Murphy, M.E.P.
履歴
登録2019年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年12月30日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional transcriptional regulator/O-phospho-L-serine synthase SbnI
B: Bifunctional transcriptional regulator/O-phospho-L-serine synthase SbnI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5239
ポリマ－58,5472
非ポリマー9767
水3,369187
1
A: Bifunctional transcriptional regulator/O-phospho-L-serine synthase SbnI
B: Bifunctional transcriptional regulator/O-phospho-L-serine synthase SbnI
ヘテロ分子

A: Bifunctional transcriptional regulator/O-phospho-L-serine synthase SbnI
B: Bifunctional transcriptional regulator/O-phospho-L-serine synthase SbnI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,04718
ポリマ－117,0954
非ポリマー1,95214
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area11070 Å2
ΔGint-158 kcal/mol
Surface area51070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.644, 73.074, 88.372
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Bifunctional transcriptional regulator/O-phospho-L-serine synthase SbnI


分子量: 29273.709 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus pseudintermedius (バクテリア)
遺伝子: sbnI, DD902_02060, DD924_03760, DV946_04660, DV961_07520
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A166Q2C7
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.12 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.16 M calcium acetate, 0.1 M imidazole (pH 8), 8% (v/v) PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97896 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97896 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→37.811 Å / Num. obs: 52452 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 36.87 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.9-1.946.30.86732040.90.3670.94396.1
9.11-37.8160.0265530.9950.0120.02998.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.67 Å37.81 Å
Translation6.67 Å37.81 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER2.7.16位相決定
PHENIX(1.11.1_2575)精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UJD

5ujd


解像度: 1.9→37.811 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.29
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2421 2000 3.82 %
Rwork0.2074 --
obs0.2088 52321 99.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 147.53 Å2 / Biso mean: 59.5094 Å2 / Biso min: 22.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→37.811 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4100 0 58 187 4345
Biso mean--89.17 52.18 -
残基数----508
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064241
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7395766
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049652
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004724
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.4682572
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8998-1.94730.33671370.313419355696
1.9473-1.99990.29741390.27243527366699
1.9999-2.05880.2981420.256535533695100
2.0588-2.12520.28381420.245435803722100
2.1252-2.20120.28371420.231735563698100
2.2012-2.28930.28961420.222835733715100
2.2893-2.39350.29211420.231435673709100
2.3935-2.51960.31311420.235835803722100
2.5196-2.67750.30081430.23535783721100
2.6775-2.88410.27351420.235936143756100
2.8841-3.17420.25671440.234236233767100
3.1742-3.63320.21261450.205936493794100
3.6332-4.57630.21221450.174136723817100
4.5763-37.81850.20981530.181338303983100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.2134-0.2134-0.33364.9897-0.34273.5477-0.0863-0.06720.07870.11590.01050.00860.14380.00340.06010.27110.0092-0.03210.2171-0.02720.2504-8.513915.5135-34.7706
25.4080.94681.12252.54571.32723.18420.08280.4016-0.0557-0.06580.1803-0.2913-0.03970.2494-0.2270.26530.0420.01010.13040.06540.2827-9.20413.1059-43.2385
35.43541.5571-0.32218.1857-1.60282.0884-0.07920.15520.7646-0.69990.03711.0141-0.0034-0.24550.02860.40450.0202-0.17030.3275-0.00730.509-32.31799.5407-55.2554
45.13374.70532.41748.07052.73581.7080.02250.1618-0.0896-0.13490.03860.01680.0550.0666-0.08110.31910.0098-0.03240.29940.00720.2121-20.66128.6209-50.1339
57.5988-1.6303-2.06642.1201-1.26252.77110.0297-0.80850.53270.34760.0658-0.2585-0.59580.2861-0.01130.45090.0166-0.05790.28090.00380.3704-0.880614.9362-28.37
64.55485.08882.71558.43735.81647.7483-0.036-0.11280.08910.01840.1318-0.2635-0.18170.4609-0.01720.30270.1253-0.09120.30940.07730.4014.57476.8277-32.9973
78.0587-1.4909-0.78926.8064-1.11047.5069-0.37560.2163-1.20520.005-0.26850.46450.5204-0.06460.62610.49250.04090.21210.5244-0.09750.48523.9333-17.9281-88.4568
85.59111.1156-3.29390.1797-1.64043.5428-0.6705-0.4719-1.0344-0.3049-0.0824-0.20430.65520.1670.65310.70550.10250.22610.52280.07130.5434-9.2161-21.5915-71.6051
98.5042-5.7168-4.00045.60045.64558.0666-0.12820.74280.845-0.0973-0.0406-0.48440.11250.61270.1120.5763-0.0702-0.00020.58620.21460.29027.5618-2.6789-90.6615
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 68 )A1 - 68
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 69 through 93 )A69 - 93
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 94 through 150 )A94 - 150
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 151 through 205 )A151 - 205
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 206 through 225 )A206 - 225
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 226 through 254 )A226 - 254
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1 through 80 )B1 - 80
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 81 through 226 )B81 - 226
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 227 through 254 )B227 - 254

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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