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- PDB-5k1z: Joint X-ray/neutron structure of MTAN complex with p-ClPh-Thio-DA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k1z
タイトルJoint X-ray/neutron structure of MTAN complex with p-ClPh-Thio-DADMe-ImmA
要素Aminodeoxyfutalosine nucleosidase
キーワードHYDROLASE / Neutron / Nucleosidase / Joint Neutron and X-ray / Helicobacter pylori
機能・相同性
機能・相同性情報


aminodeoxyfutalosine nucleosidase / 6-amino-6-deoxyfutalosine hydrolase activity / adenosylhomocysteine nucleosidase / adenosylhomocysteine nucleosidase activity / methylthioadenosine nucleosidase activity / nucleoside catabolic process / L-methionine salvage from S-adenosylmethionine / L-methionine salvage from methylthioadenosine / menaquinone biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
MTA/SAH nucleosidase / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4CT / DEUTERATED WATER / Aminodeoxyfutalosine nucleosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法中性子回折 / X線回折 / NUCLEAR REACTOR / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Banco, M.T. / Kovalevsky, A.Y. / Ronning, D.R.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2016
タイトル: Neutron structures of the Helicobacter pylori 5'-methylthioadenosine nucleosidase highlight proton sharing and protonation states.
著者: Banco, M.T. / Mishra, V. / Ostermann, A. / Schrader, T.E. / Evans, G.B. / Kovalevsky, A. / Ronning, D.R.
履歴
登録2016年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月21日Group: Database references
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminodeoxyfutalosine nucleosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3092
ポリマ－24,9191
非ポリマー3901
水1,04558
1
A: Aminodeoxyfutalosine nucleosidase
ヘテロ分子

A: Aminodeoxyfutalosine nucleosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6174
ポリマ－49,8372
非ポリマー7802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_677x-y+1,-y+2,-z+7/31
Buried area17700 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area16480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.189, 83.189, 67.633
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-426-

DOD

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要素

#1: タンパク質 Aminodeoxyfutalosine nucleosidase / Aminofutalosine nucleosidase / 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase / MTAN / ...Aminofutalosine nucleosidase / 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase / MTAN / 6-amino-6-deoxyfutalosine N-ribosylhydrolase


分子量: 24918.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: mtnN, mtn, jhp_0082 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9ZMY2, aminodeoxyfutalosine nucleosidase, adenosylhomocysteine nucleosidase
#2: 化合物 ChemComp-4CT / (3R,4S)-1-[(4-amino-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl]-4-{[(4-chlorophenyl)sulfanyl]methyl}pyrrolidin-3-ol


分子量: 389.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H20ClN5OS
#3: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
中性子回折1
X線回折1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.63 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7
詳細: 100 mM HEPES, pH 7.0, 28-30% w/v PEG550 MME, 50 mM magnesium chloride hexahydrate

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12931
22931
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
NUCLEAR REACTORORNL High Flux Isotope Reactor CG4D12.8-4.5
回転陽極RIGAKU MICROMAX-007 HF21.54
検出器
タイプID検出器日付
MAATEL IMAGINE1IMAGE PLATE2015年7月24日
RIGAKU RAXIS IV++2IMAGE PLATE2015年8月4日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1LAUELneutron1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
12.81
24.51
31.541
反射解像度: 2.6→31.88 Å / Num. obs: 6426 / % possible obs: 75.1 % / 冗長度: 3.1 % / Net I/σ(I): 3.3
反射 シェル解像度: 2.25→2.35 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.532 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
nCNS1.0.0精密化
HKL-3000データ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化

Biso max: 94.37 Å2 / Biso mean: 41.83 Å2 / Biso min: 9.71 Å2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / Bsol: 31.7033 Å2 / ksol: 0.43874 e/Å3

解像度 (Å)Refine-IDRfactor RfreeRfactor Rfree errorRfactor RworkNum. reflection RfreeNum. reflection allNum. reflection obs% reflection Rfree (%)% reflection obs (%)Diffraction-ID
2.6-31.79NEUTRON DIFFRACTION0.2870.0190.253219859748374.556.31
2.25-35.43X-RAY DIFFRACTION0.2580.0120.20548313161101964.777.52
Refine analyze
Refine-ID#notag 0
NEUTRON DIFFRACTION
FreeObs
Luzzati coordinate error0.50.43
Luzzati d res low-5
Luzzati sigma a0.951.01
X-RAY DIFFRACTION
FreeObs
Luzzati coordinate error0.330.28
Luzzati d res low-5
Luzzati sigma a0.340.29
Refine funct minimized
Refine-IDタイプ
NEUTRON DIFFRACTIONJoint X-ray/neutron MTAN_DADMe-ImmA
X-RAY DIFFRACTIONJoint X-ray/neutron MTAN_DADMe-ImmA
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→31.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1751 0 26 58 1835
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
NEUTRON DIFFRACTIONx_bond_d0.009
NEUTRON DIFFRACTIONx_angle_deg1.1
NEUTRON DIFFRACTIONx_torsion_deg15.9
NEUTRON DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg0.8
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg15.9
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg0.8
LS精密化 シェル

Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRefine-IDRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.6-2.720.566113.40.384315NEUTRON DIFFRACTION0.171104432631.2
2.72-2.860.43174.60.404352NEUTRON DIFFRACTION0.104105536935
2.86-3.040.39245.80.376391NEUTRON DIFFRACTION0.08106641538.9
3.04-3.280.336356.80.36478NEUTRON DIFFRACTION0.057106351348.3
3.28-3.60.396264.30.334582NEUTRON DIFFRACTION0.078107660856.5
3.6-4.120.273212.80.239737NEUTRON DIFFRACTION0.059107275870.7
4.12-5.190.225384.30.166851NEUTRON DIFFRACTION0.036109088981.6
5.19-31.790.217474.90.21912NEUTRON DIFFRACTION0.032114195984
2.25-2.350.339284.40.262602X-RAY DIFFRACTION0.064160763039.2
2.35-2.480.312495.30.257875X-RAY DIFFRACTION0.045162792456.8
2.48-2.630.277595.10.2571087X-RAY DIFFRACTION0.0361620114670.7
2.63-2.830.272584.50.2441223X-RAY DIFFRACTION0.0361638128178.2
2.83-3.120.327654.60.2431333X-RAY DIFFRACTION0.0411633139885.6
3.12-3.570.276795.20.2211441X-RAY DIFFRACTION0.0311646152092.3
3.57-4.50.225674.20.1761534X-RAY DIFFRACTION0.0271662160196.3
4.5-35.430.226784.60.1741618X-RAY DIFFRACTION0.0261739169697.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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