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- PDB-5k0y: m48S late-stage initiation complex, purified from rabbit reticulo... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 5k0y
タイトルm48S late-stage initiation complex, purified from rabbit reticulocytes lysates, displaying eIF2 ternary complex and eIF3 i and g subunits relocated to the intersubunit face
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 7
  • (Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit ...) x 3
  • (eukaryotic initiation factor 2 ...) x 2
  • (ribosomal protein ...) x 26
  • 18S ribosomal RNA
  • Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1
  • mRNA
  • tRNA
キーワードTRANSLATION / eukaryotic translation initiation / ribosome / eIF3 peripheral subunits / cryo-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


viral translational termination-reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / eukaryotic translation initiation factor 2 complex / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / formation of translation preinitiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / ribosomal subunit / protein-synthesizing GTPase ...viral translational termination-reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / eukaryotic translation initiation factor 2 complex / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / formation of translation preinitiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / ribosomal subunit / protein-synthesizing GTPase / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / laminin receptor activity / Ribosomal scanning and start codon recognition / Translation initiation complex formation / Formation of a pool of free 40S subunits / ubiquitin ligase inhibitor activity / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / 90S preribosome / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / phagocytic cup / regulation of translational fidelity / ribosomal small subunit export from nucleus / rough endoplasmic reticulum / laminin binding / translation regulator activity / gastrulation / MDM2/MDM4 family protein binding / translation initiation factor activity / cytosolic ribosome / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / positive regulation of apoptotic signaling pathway / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / translational initiation / spindle / cytoplasmic stress granule / rRNA processing / rhythmic process / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of translation / ribosome binding / virus receptor activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / perikaryon / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / cell differentiation / tRNA binding / mitochondrial inner membrane / postsynaptic density / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / cell division / DNA repair / mRNA binding / GTPase activity / apoptotic process / synapse / dendrite / centrosome / GTP binding / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translation initiation factor 2, beta subunit / EIF3I / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G, N-terminal / eIF3G, RNA recognition motif / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I / Translation initiation factor IF2/IF5 domain / Translation initiation factor IF2/IF5, N-terminal / Translation initiation factor IF2/IF5, zinc-binding ...Translation initiation factor 2, beta subunit / EIF3I / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G, N-terminal / eIF3G, RNA recognition motif / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I / Translation initiation factor IF2/IF5 domain / Translation initiation factor IF2/IF5, N-terminal / Translation initiation factor IF2/IF5, zinc-binding / Translation initiation factor IF2/IF5 / Domain found in IF2B/IF5 / domain present in translation initiation factor eIF2B and eIF5 / Translation initiation factor 2, alpha subunit / Translation initiation factor 2, alpha subunit, middle domain superfamily / Translation initiation factor 2, alpha subunit, C-terminal / IF2a, S1-like domain / Eukaryotic translation initiation factor 2 alpha subunit / Initiation factor eIF2 gamma, C-terminal / Initiation factor eIF2 gamma, domain 2 / Initiation factor eIF2 gamma, GTP-binding domain / Initiation factor eIF2 gamma, C terminal / : / 40S ribosomal protein SA / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Ubiquitin-like protein FUBI / S1 domain profile. / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S2, eukaryotic / S27a-like superfamily / 40S Ribosomal protein S10 / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / : / Ribosomal protein S7e signature. / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S27e signature. / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Elongation factor Tu domain 2 / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S19A/S15e / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / : / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein L7, eukaryotic / Ribosomal protein L30, N-terminal / Ribosomal L30 N-terminal domain / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS10 ...: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein uS15 / protein-synthesizing GTPase / Small ribosomal subunit protein eS7 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein eS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1 / Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein / Small ribosomal subunit protein eS25 / Small ribosomal subunit protein eS26 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein eS4 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein eS21 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein eS10 / Small ribosomal subunit protein uS17 / 40S ribosomal protein S24 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I / Translation initiation factor 2 subunit beta / Small ribosomal subunit protein uS7
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.8 Å
データ登録者Simonetti, A. / Brito Querido, J. / Myasnikov, A.G. / Mancera-Martinez, E. / Renaud, A. / Kuhn, L. / Hashem, Y.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
French National Research AgencyatRAction program ANR CryoEM80S フランス
French National Research AgencyANR-10-LABX-0036_NETRNA フランス
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2016
タイトル: eIF3 Peripheral Subunits Rearrangement after mRNA Binding and Start-Codon Recognition.
著者: Angelita Simonetti / Jailson Brito Querido / Alexander G Myasnikov / Eder Mancera-Martinez / Adeline Renaud / Lauriane Kuhn / Yaser Hashem /
要旨: mRNA translation initiation in eukaryotes requires the cooperation of a dozen eukaryotic initiation factors (eIFs) forming several complexes, which leads to mRNA attachment to the small ribosomal ...mRNA translation initiation in eukaryotes requires the cooperation of a dozen eukaryotic initiation factors (eIFs) forming several complexes, which leads to mRNA attachment to the small ribosomal 40S subunit, mRNA scanning for start codon, and accommodation of initiator tRNA at the 40S P site. eIF3, composed of 13 subunits, 8 core (a, c, e, f, h, l, k, and m) and 5 peripheral (b, d, g, i, and j), plays a central role during this process. Here we report a cryo-electron microscopy structure of a mammalian 48S initiation complex at 5.8 Å resolution. It shows the relocation of subunits eIF3i and eIF3g to the 40S intersubunit face on the GTPase binding site, at a late stage in initiation. On the basis of a previous study, we demonstrate the relocation of eIF3b to the 40S intersubunit face, binding below the eIF2-Met-tRNAi(Met) ternary complex upon mRNA attachment. Our analysis reveals the deep rearrangement of eIF3 and unravels the molecular mechanism underlying eIF3 function in mRNA scanning and timing of ribosomal subunit joining.
履歴
登録2016年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02016年7月13日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02016年7月13日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02016年7月13日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02016年7月13日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02016年7月13日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02016年7月13日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月3日Group: Database references
改定 1.22017年8月2日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: em_software / struct_conn / Item: _em_software.name
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: entity / Item: _entity.pdbx_description
改定 1.42025年5月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature / struct_ref
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改定 1.12025年5月7日Data content type: EM metadata
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Group: Data processing / Database references ...Data processing / Database references / Experimental summary / Refinement description
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
カテゴリ: database_2 / em_3d_fitting_list ...database_2 / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update / _struct_ref.db_name

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構造の表示

ムービー
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  • マップデータ: EMDB-8190
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
N: tRNA
A: 18S ribosomal RNA
F: mRNA
P: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1
G: ribosomal protein uS17
H: ribosomal protein uS9
I: 40S ribosomal protein S4
J: ribosomal protein uS14
K: Ribosomal protein S9 (Predicted)
L: ribosomal protein uS13
M: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G
O: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G
Q: ribosomal protein uS12
R: ribosomal protein eS19
S: eukaryotic initiation factor 2 Gamma subunit (eIF2-Gamma)
T: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I
U: ribosomal protein uS7
V: ribosomal protein eS30
W: ribosomal protein eS25
X: ribosomal protein eS7
Y: 40S ribosomal protein S27
Z: ribosomal protein uS15
a: ribosomal protein uS8
b: 40S ribosomal protein S21
c: ribosomal protein uS5
d: eukaryotic initiation factor 2 subunit Beta (eIF2-Beta)
e: ribosomal protein eS17
f: ribosomal protein uS2
g: ribosomal protein uS3
h: ribosomal protein uS10
i: ribosomal protein eS1
j: ribosomal protein uS11
k: ribosomal protein eS26
l: ribosomal protein eS28
m: ribosomal protein RACK1
n: ribosomal protein uS19
o: 40S ribosomal protein S8
p: ribosomal protein eS31
q: 40S ribosomal protein S6
r: 40S ribosomal protein S12
s: 40S ribosomal protein S24
t: ribosomal protein eS10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,291,31742
ポリマ－1,291,31742
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area238270 Å2
ΔGint-1682 kcal/mol
Surface area422210 Å2
手法PISA

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要素

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RNA鎖 , 3種, 3分子 NAF

#1: RNA鎖 tRNA


分子量: 24231.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: tRNAiMet / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: GENBANK: 655840029
#2: RNA鎖 18S ribosomal RNA


分子量: 572789.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: GENBANK: 283837872
#3: RNA鎖 mRNA


分子量: 9603.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Beta-Globin mRNA / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

-
タンパク質 , 1種, 1分子 P

#4: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1


分子量: 30633.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: EIF2S1 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T2G4

+
Ribosomal protein ... , 26種, 26分子 GHJKLQRUVWXZacefghijklmnpt

#5: タンパク質 ribosomal protein uS17


分子量: 18468.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: LOC100347468 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TRM4
#6: タンパク質 ribosomal protein uS9


分子量: 15975.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: RPS16 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SGX4
#8: タンパク質 ribosomal protein uS14


分子量: 6364.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: LOC100337712 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U7M4
#9: タンパク質 Ribosomal protein S9 (Predicted)


分子量: 21266.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: RPS9 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: B7NZS8
#10: タンパク質 ribosomal protein uS13


分子量: 16170.774 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: RPS18 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TPG3
#13: タンパク質 ribosomal protein uS12


分子量: 15757.587 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SZ47*PLUS
#14: タンパク質 ribosomal protein eS19


分子量: 15812.286 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: LOC100345774 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TN62
#17: タンパク質 ribosomal protein uS7


分子量: 21525.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: RPS5 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TFM5, UniProt: U3KMN4*PLUS
#18: タンパク質 ribosomal protein eS30


分子量: 6741.048 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: FAU / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T8A2
#19: タンパク質 ribosomal protein eS25


分子量: 8526.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: RPS25 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TDB3
#20: タンパク質 ribosomal protein eS7


分子量: 21716.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: RPS7 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SVB0
#22: タンパク質 ribosomal protein uS15


分子量: 17128.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: RPS13 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SP51
#23: タンパク質 ribosomal protein uS8


分子量: 14734.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: RPS15A / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TG89
#25: タンパク質 ribosomal protein uS5


分子量: 24814.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TUT9*PLUS
#27: タンパク質 ribosomal protein eS17


分子量: 14578.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: RPS17 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TU13
#28: タンパク質 ribosomal protein uS2


分子量: 23360.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TWL4*PLUS
#29: タンパク質 ribosomal protein uS3


分子量: 25158.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TNM3*PLUS
#30: タンパク質 ribosomal protein uS10


分子量: 11765.890 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SIZ2*PLUS
#31: タンパク質 ribosomal protein eS1


分子量: 24944.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: RPS3A / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TN72
#32: タンパク質 ribosomal protein uS11


分子量: 14544.659 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T1F0*PLUS
#33: タンパク質 ribosomal protein eS26


分子量: 11315.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: RPS26 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TFE8
#34: タンパク質 ribosomal protein eS28


分子量: 7263.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: RPS28 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TIB4
#35: タンパク質 ribosomal protein RACK1


分子量: 34669.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: GNB2L1 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SJB4
#36: タンパク質 ribosomal protein uS19


分子量: 15151.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: LOC103349305 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U0Q2
#38: タンパク質 ribosomal protein eS31


分子量: 8358.903 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: LOC100348379 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SK22
#42: タンパク質 ribosomal protein eS10


分子量: 11773.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: RPS10 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TPV3, UniProt: G1T168*PLUS

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40S ribosomal protein ... , 7種, 7分子 IYboqrs

#7: タンパク質 40S ribosomal protein S4


分子量: 29658.920 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: RPS4X / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TK17
#21: タンパク質 40S ribosomal protein S27


分子量: 9480.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: RPS27 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TZ76
#24: タンパク質 40S ribosomal protein S21


分子量: 8896.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: RPS21 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TM82
#37: タンパク質 40S ribosomal protein S8


分子量: 23902.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: RPS8 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TJW1
#39: タンパク質 40S ribosomal protein S6


分子量: 27471.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: LOC100339133, RPS6 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TM55
#40: タンパク質 40S ribosomal protein S12


分子量: 13766.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: RPS12 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SFR8
#41: タンパク質 40S ribosomal protein S24


分子量: 15188.970 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: RPS24 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TS40

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Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit ... , 3種, 3分子 MOT

#11: タンパク質・ペプチド Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G / eIF3g / Eukaryotic translation initiation factor 3 RNA-binding subunit / eIF-3 RNA-binding subunit ...eIF3g / Eukaryotic translation initiation factor 3 RNA-binding subunit / eIF-3 RNA-binding subunit / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 4 / eIF-3-delta / eIF3 p42 / eIF3 p44


分子量: 4124.495 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF3G, EIF3S4 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75821
#12: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G / eIF3g / Eukaryotic translation initiation factor 3 RNA-binding subunit / eIF-3 RNA-binding subunit ...eIF3g / Eukaryotic translation initiation factor 3 RNA-binding subunit / eIF-3 RNA-binding subunit / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 4 / eIF-3-delta / eIF3 p42 / eIF3 p44


分子量: 8675.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF3G, EIF3S4 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75821
#16: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I / eIF3i / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 2 / eIF-3-beta / eIF3 p36


分子量: 37039.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: EIF3I, EIF3S2 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: Q5IH81

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Eukaryotic initiation factor 2 ... , 2種, 2分子 Sd

#15: タンパク質 eukaryotic initiation factor 2 Gamma subunit (eIF2-Gamma)


分子量: 45862.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SRA8*PLUS
#26: タンパク質・ペプチド eukaryotic initiation factor 2 subunit Beta (eIF2-Beta)


分子量: 2103.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: Q97W59*PLUS

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: m48S late-stage initiation complex, purified from rabbit reticulocytes lysates, displaying eIF2 ternary complex and eIF3 i and g subunits relocated to the intersubunit face
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 2 MDa / 実験値: NO
緩衝液pH: 7.6
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 59000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 0.01 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 24 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5700
画像スキャンサンプリングサイズ: 14 µm / 動画フレーム数/画像: 7 / 利用したフレーム数/画像: 2-8

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Xmipp1.3粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7VMDモデルフィッティング
9RELION1.3初期オイラー角割当
10RELION1.3最終オイラー角割当
11RELION1.3分類
12RELION1.3３次元再構成
13VMDモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 5.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 475000 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 10 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT
原子モデル構築PDB-ID: 4KZY

4kzy


Accession code: 4KZY / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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