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- PDB-5jxp: Crystal structure of Porphyromonas endodontalis DPP11 in alternat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jxp
タイトルCrystal structure of Porphyromonas endodontalis DPP11 in alternate conformation
要素Asp/Glu-specific dipeptidyl-peptidase
キーワードHYDROLASE / peptidase / bacterial enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; ジペプチジルペプチターゼ・トリペプチジルペプチターゼ / serine-type aminopeptidase activity / dipeptidyl-peptidase activity / peptide catabolic process / cell surface / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Peptidase S46 / Peptidase S46 / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Asp/Glu-specific dipeptidyl-peptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Porphyromonas endodontalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Bezerra, G.A. / Cornaciu, I. / Hoffmann, G. / Djinovic-Carugo, K. / Marquez, J.A.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Bacterial protease uses distinct thermodynamic signatures for substrate recognition.
著者: Bezerra, G.A. / Ohara-Nemoto, Y. / Cornaciu, I. / Fedosyuk, S. / Hoffmann, G. / Round, A. / Marquez, J.A. / Nemoto, T.K. / Djinovic-Carugo, K.
履歴
登録2016年5月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_volume ..._citation.country / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Asp/Glu-specific dipeptidyl-peptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,8604
ポリマ－79,7491
非ポリマー1113
水2,702150
1
A: Asp/Glu-specific dipeptidyl-peptidase
ヘテロ分子

A: Asp/Glu-specific dipeptidyl-peptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,7218
ポリマ－159,4992
非ポリマー2226
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.022, 103.990, 111.392
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.940, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Asp/Glu-specific dipeptidyl-peptidase / Dipeptidyl-peptidase 11 / DPP11


分子量: 79749.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyromonas endodontalis (strain ATCC 35406 / BCRC 14492 / JCM 8526 / HG 370) (バクテリア)
株: ATCC 35406 / BCRC 14492 / JCM 8526 / HG 370 / 遺伝子: dpp11, PeDPP11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: F8WQK8, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; ジペプチジルペプチターゼ・トリペプチジルペプチターゼ
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M Calcium acetate, 15% w/v PEG 4000, 0.1 M Sodium acetate pH 5.0.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→107.628 Å / Num. all: 33283 / Num. obs: 33283 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 43.09 Å2 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.116 / Rsym value: 0.096 / Net I/av σ(I): 7.375 / Net I/σ(I): 9.2 / Num. measured all: 102542
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.5-2.6430.6741.11471648780.4380.8070.6741.599.6
2.64-2.83.10.4481.71425445880.2920.5370.4482.499.3
2.8-2.993.10.2872.71323242900.1910.3460.2873.798.6
2.99-3.232.90.1854.11182340280.1270.2260.1855.799.2
3.23-3.543.20.1047.21200837070.0670.1240.10410.199.7
3.54-3.953.20.06910.51066233560.0450.0830.06914.699.4
3.95-4.5630.05412.9875129470.0360.0650.05417.598.7
4.56-5.593.10.05313.4789925110.0350.0640.05317.999.1
5.59-7.913.10.05412.4599119220.0360.0650.05418.898.1
7.91-46.81830.03616.4320610560.0240.0430.0362995.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
SCALA3.3.20データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→43.573 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2405 1686 5.07 %
Rwork0.2002 31573 -
obs0.2023 33259 98.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 124.5 Å2 / Biso mean: 48.1321 Å2 / Biso min: 20.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→43.573 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5234 0 3 150 5387
Biso mean--57.52 41.52 -
残基数----662
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035348
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.687229
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.025764
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003953
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.41997
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.57360.35561310.31542626275799
2.5736-2.65660.34761510.294626332784100
2.6566-2.75160.34091320.27662637276999
2.7516-2.86170.3531240.26252650277499
2.8617-2.99190.31061410.25422580272198
2.9919-3.14960.30851360.24732627276399
3.1496-3.34690.28011380.23626472785100
3.3469-3.60520.2491600.20962633279399
3.6052-3.96780.22021530.17512619277299
3.9678-4.54140.19661410.14932641278299
4.5414-5.71970.19871330.15242642277599
5.7197-43.57970.17151460.16932638278497
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7777-0.0773-0.71480.97480.32921.52750.0473-0.203-0.06430.14740.0253-0.07620.03520.1329-0.07590.2321-0.012-0.03690.23690.02760.298166.422741.417722.7639
21.96661.3738-0.85823.1187-1.27311.83810.0162-0.03270.36230.01170.02230.057-0.1258-0.0792-0.03760.29580.041-0.02790.3287-0.01770.339861.304165.391227.2802
32.71640.3437-0.75790.81470.13563.0224-0.0410.2031-0.2128-0.03780.01130.0010.0764-0.17430.02750.2047-0.004-0.010.212-0.00230.246960.760736.97177.1309
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 21 through 364 )A21 - 364
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 365 through 561 )A365 - 561
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 562 through 717 )A562 - 717

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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