PDB-5jwr: Crystal structure of foldswitch-stabilized KaiB in complex with t...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5jwr

タイトル

Crystal structure of foldswitch-stabilized KaiB in complex with the N-terminal CI domain of KaiC and a dimer of KaiA C-terminal domains from Thermosynechococcus elongatus

要素

Circadian clock protein KaiA
Circadian clock protein KaiB
Circadian clock protein kinase KaiC

キーワード

Transcription Regulator / foldswitch

機能・相同性

機能・相同性情報

protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / circadian rhythm / kinase activity / regulation of circadian rhythm / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.61 Å

データ登録者

Tseng, R. / Goularte, N.F. / Chavan, A. / Luu, J. / Chang, Y.G. / Heilser, J. / Tripathi, S. / LiWang, A. / Partch, C.L.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM107521	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM107069	米国

引用

ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: Structural basis of the day-night transition in a bacterial circadian clock.
著者: Tseng, R. / Goularte, N.F. / Chavan, A. / Luu, J. / Cohen, S.E. / Chang, Y.G. / Heisler, J. / Li, S. / Michael, A.K. / Tripathi, S. / Golden, S.S. / LiWang, A. / Partch, C.L.

履歴

登録	2016年5月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5jwr.cif.gz	481.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5jwr.ent.gz	399.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5jwr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/5jwr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/5jwr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5jwoC 5jwqC 5jytC 5jyuC 5jyvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5xtl-d 5hnu-d 6pf1-d 2xbm-2 2xbm-1 1ygr-1 5xqk-d 5xsm-d 4d2e-d 5a7s-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (20) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Circadian clock protein kinase KaiC

B: Circadian clock protein KaiB

C: Circadian clock protein kinase KaiC

D: Circadian clock protein KaiB

E: Circadian clock protein KaiA

F: Circadian clock protein KaiA

G: Circadian clock protein KaiA

H: Circadian clock protein KaiA

ヘテロ分子

147 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Circadian clock protein kinase KaiC

B: Circadian clock protein KaiB

E: Circadian clock protein KaiA

F: Circadian clock protein KaiA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Circadian clock protein kinase KaiC

D: Circadian clock protein KaiB

G: Circadian clock protein KaiA

H: Circadian clock protein KaiA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.595, 79.105, 80.838
Angle α, β, γ (deg.)	107.27, 90.71, 111.20
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Circadian clock protein kinase KaiC 分子量: 27738.166 Da / 分子数: 2 / 変異: R41A, K173A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 遺伝子: kaiC, tlr0483 / プラスミド: pET-28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) 参照: UniProt: Q79V60, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質	Circadian clock protein KaiB 分子量: 10941.011 Da / 分子数: 2 / 変異: Y8A, G89A, D91R, Y94A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 遺伝子: kaiB, tlr0482 / プラスミド: pET-28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q79V61
#3: タンパク質	Circadian clock protein KaiA 分子量: 17332.758 Da / 分子数: 4 / 変異: C272S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 遺伝子: kaiA, tlr0481 / プラスミド: pET-28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q79V62
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.95 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.15M Ammonium Sulfate, 0.1M Tris pH 7.0, 10% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 47380 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 21.3
反射シェル	解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.581 / Mean I/σ(I) obs: 2.53 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.61→44.841 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 27.09

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.242	2324	4.91 %
R_work	0.1847	-	-
obs	0.1876	47363	95.47 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.61→44.841 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9412	0	10	106	9528

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	9578
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.923	12915
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.525	3648
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.037	1483
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1643

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6095-2.6628	0.352	111	0.2847	2276	X-RAY DIFFRACTION	81
2.6628-2.7207	0.3067	131	0.2693	2720	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7207-2.784	0.3578	138	0.2609	2700	X-RAY DIFFRACTION	98
2.784-2.8536	0.3217	151	0.2527	2667	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8536-2.9307	0.3108	128	0.2479	2711	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9307-3.0169	0.3122	128	0.2323	2717	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0169-3.1143	0.3189	165	0.2283	2711	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1143-3.2256	0.2781	149	0.2237	2688	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2256-3.3547	0.2663	160	0.2067	2666	X-RAY DIFFRACTION	97
3.3547-3.5073	0.245	132	0.2006	2680	X-RAY DIFFRACTION	97
3.5073-3.6921	0.2399	134	0.1778	2661	X-RAY DIFFRACTION	96
3.6921-3.9233	0.2289	135	0.177	2654	X-RAY DIFFRACTION	95
3.9233-4.226	0.1965	119	0.1614	2644	X-RAY DIFFRACTION	96
4.226-4.6509	0.1821	144	0.139	2656	X-RAY DIFFRACTION	95
4.6509-5.323	0.2221	153	0.1514	2654	X-RAY DIFFRACTION	96
5.323-6.7028	0.251	109	0.1802	2723	X-RAY DIFFRACTION	97
6.7028-44.8476	0.1992	137	0.1444	2511	X-RAY DIFFRACTION	91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1813	0.3909	0.8915	2.3961	0.5889	2.1948	0.0732	0.099	0.0181	0.4248	0.2022	-0.3108	0.1785	0.0309	0.1571	0.3259	0.0551	-0.0682	0.2383	-0.027	0.2751	38.4868	43.5291	52.7018
2	0.5049	-0.0341	-0.0514	0.5895	-0.0333	0.6036	-0.0501	-0.2796	-0.1798	0.1289	0.0915	-0.0378	0.0006	-0.4385	0.0336	0.247	-0.0187	0.0493	0.4687	0.0472	0.26	10.2222	40.3893	36.1514
3	1.7078	0.3443	0.3429	2.1596	0.818	1.7654	-0.2812	-0.1233	-0.1319	-0.7304	-0.1193	0.5381	-0.2736	-0.0531	-0.3441	0.478	0.0251	-0.2432	0.2156	-0.0601	0.3744	38.3167	12.5423	36.0725
4	0.8808	-0.0054	0.511	0.4809	0.1397	0.422	0.1722	-0.1324	-0.1128	0.1238	-0.0314	0.1463	0.1354	-0.3075	0.0211	0.2038	-0.044	0.078	0.2912	0.0255	0.2622	48.0175	9.7367	67.3263
5	1.1354	0.4814	-0.3447	0.9542	-0.1789	2.1047	-0.0343	-0.0421	-0.0704	0.0716	0.0919	-0.0564	-0.5409	-0.2025	0.0495	0.314	0.0781	0.0275	0.2602	-0.003	0.178	15.0375	58.1995	20.3854
6	1.041	0.1948	0.0833	0.9628	-0.0227	1.508	-0.1918	0.2805	-0.0232	-0.3246	0.0942	-0.0064	-0.1003	-0.0143	-0.0179	0.3009	-0.044	0.0571	0.2893	0.0077	0.1854	23.2674	49.6706	5.5114
7	1.4377	1.108	0.1586	0.82	0.6711	1.8637	0.1478	0.0743	-0.4954	0.1225	0.1126	-0.2407	-0.0284	-0.252	0.1707	0.1682	-0.0389	-0.0114	0.172	0.0322	0.4284	70.0501	1.8498	61.3888
8	0.7864	1.0497	0.2215	1.2485	0.2788	1.1696	-0.0231	0.0262	-0.1768	0.2487	-0.0039	-0.4324	-0.4139	0.2581	-0.0183	0.223	-0.0467	0.04	0.3337	0.0182	0.3378	80.3632	17.5086	59.9536

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 18 through 250)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 6 through 94)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'C' and resid 18 through 249)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'D' and resid 6 through 92)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain 'E' and resid 150 through 281)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain 'F' and resid 149 through 282)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain 'G' and resid 149 through 281)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain 'H' and resid 148 through 282)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)