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- PDB-6pf1: Crystal structure of the p300 acetyltransferase domain with allos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pf1
タイトルCrystal structure of the p300 acetyltransferase domain with allosteric inhibitor CPI-090 and CoA
要素Histone acetyltransferase p300
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / EP300 / p300 acetyltransferase / chromatin modification / epigenetics / inhibitor / allosteric / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


behavioral defense response / negative regulation of protein oligomerization / peptidyl-lysine propionylation / histone lactyltransferase (CoA-dependent) activity / peptidyl-lysine crotonylation / peptidyl-lysine butyrylation / histone butyryltransferase activity / histone isonicotinyltransferase activity / histone H1K75 acetyltransferase activity / swimming ...behavioral defense response / negative regulation of protein oligomerization / peptidyl-lysine propionylation / histone lactyltransferase (CoA-dependent) activity / peptidyl-lysine crotonylation / peptidyl-lysine butyrylation / histone butyryltransferase activity / histone isonicotinyltransferase activity / histone H1K75 acetyltransferase activity / swimming / histone H3K122 acetyltransferase activity / internal protein amino acid acetylation / peptide butyryltransferase activity / regulation of tubulin deacetylation / histone H2B acetyltransferase activity / peptide 2-hydroxyisobutyryltransferase activity / histone crotonyltransferase activity / NOTCH2 intracellular domain regulates transcription / protein propionyltransferase activity / thigmotaxis / L-lysine N6-acetyltransferase activity, acting on acetyl phosphate as donor / positive regulation of TORC2 signaling / internal peptidyl-lysine acetylation / histone H4 acetyltransferase activity / histone H3 acetyltransferase activity / negative regulation of chromosome condensation / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / cellular response to L-leucine / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / acetylation-dependent protein binding / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / NGF-stimulated transcription / histone H3K18 acetyltransferase activity / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / histone H3K27 acetyltransferase activity / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / NFE2L2 regulates pentose phosphate pathway genes / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of brown fat cell differentiation / Polo-like kinase mediated events / regulation of androgen receptor signaling pathway / regulation of mitochondrion organization / host-mediated activation of viral transcription / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / TGFBR3 expression / RUNX3 regulates NOTCH signaling / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / Regulation of NFE2L2 gene expression / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / Nuclear events mediated by NFE2L2 / face morphogenesis / platelet formation / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / TRAF6 mediated IRF7 activation / regulation of glycolytic process / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / megakaryocyte development / protein acetylation / nuclear androgen receptor binding / acyltransferase activity / STAT family protein binding / Formation of paraxial mesoderm / acetyltransferase activity / histone acetyltransferase activity / FOXO-mediated transcription of cell death genes / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / Zygotic genome activation (ZGA) / PI5P Regulates TP53 Acetylation / DNA repair-dependent chromatin remodeling / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / histone acetyltransferase complex / : / RUNX3 regulates p14-ARF / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / negative regulation of gluconeogenesis / pre-mRNA intronic binding / canonical Wnt signaling pathway / Attenuation phase / protein-lysine-acetyltransferase activity / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / somitogenesis / fat cell differentiation / NF-kappaB binding / histone acetyltransferase / skeletal muscle tissue development / negative regulation of protein-containing complex assembly / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / regulation of cellular response to heat / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / canonical NF-kappaB signal transduction / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / positive regulation of TORC1 signaling / RORA,B,C and NR1D1 (REV-ERBA) regulate gene expression / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / SUMOylation of transcription cofactors
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / : / Histone acetyltransferase p300-like, PHD domain ...Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / : / Histone acetyltransferase p300-like, PHD domain / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetyltransferase KAT11-type domain / Histone acetylation protein / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc finger, ZZ type / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / Chem-OJ7 / Histone acetyltransferase p300
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Gardberg, A.S.
引用ジャーナル: Struct Dyn. / 年: 2019
タイトル: Make the right measurement: Discovery of an allosteric inhibition site for p300-HAT.
著者: Gardberg, A.S. / Huhn, A.J. / Cummings, R. / Bommi-Reddy, A. / Poy, F. / Setser, J. / Vivat, V. / Brucelle, F. / Wilson, J.
履歴
登録2019年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone acetyltransferase p300
B: Histone acetyltransferase p300
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,3266
ポリマ－78,1692
非ポリマー2,1564
水1,54986
1
A: Histone acetyltransferase p300
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1633
ポリマ－39,0851
非ポリマー1,0782
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Histone acetyltransferase p300
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1633
ポリマ－39,0851
非ポリマー1,0782
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.062, 90.634, 112.950
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Histone acetyltransferase p300 / p300 HAT / E1A-associated protein p300 / Histone butyryltransferase p300 / Histone ...p300 HAT / E1A-associated protein p300 / Histone butyryltransferase p300 / Histone crotonyltransferase p300 / Protein propionyltransferase p300


分子量: 39084.539 Da / 分子数: 2 / 変異: Y1467F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) synthetic construct (人工物)
遺伝子: EP300, P300 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q09472, histone acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 化合物 ChemComp-OJ7 / 3-[3-chloro-5-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]-2-methyl-1H-indole


分子量: 310.702 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H10ClF3N2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.2 % / 解説: blade
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 0.1 M CHES pH 9.5, 30% w/v PEG 3000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.07812 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07812 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→90.63 Å / Num. obs: 29312 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.146 / Net I/σ(I): 10.8 / Num. measured all: 193469
反射 シェル解像度: 2.32→2.44 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.726 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. measured all: 25321 / Num. unique obs: 4118 / CC1/2: 0.813 / Rpim(I) all: 0.334 / Rrim(I) all: 0.843 / Net I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.31データスケーリング
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.32→70.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 8.947 / SU ML: 0.208 / SU R Cruickshank DPI: 0.4551 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.455 / ESU R Free: 0.268
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2473 1355 4.9 %RANDOM
Rwork0.1836 ---
obs0.1866 26296 93.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 87.82 Å2 / Biso mean: 34.247 Å2 / Biso min: 15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.17 Å2-0 Å20 Å2
2--1 Å2-0 Å2
3---0.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.32→70.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5091 0 138 86 5315
Biso mean--33.68 28.41 -
残基数----640
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0195384
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024822
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6451.9727325
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg12.99511150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6475636
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.25322.905241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.88615841
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2251536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2773
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215909
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021175
LS精密化 シェル解像度: 2.321→2.381 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 82 -
Rwork0.268 1840 -
all-1922 -
obs--90.32 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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