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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5jw4 | |||||||||
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タイトル | Structure of MEDI8852 Fab Fragment in Complex with H5 HA | |||||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / Antibody Influenza Broadly Neutralizing | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Neu, U. / Collins, P.J. / Walker, P.A. / Vorlaender, M.K. / Ogrodowicz, R.W. / Martin, S.R. / Gamblin, S.J. / Skehel, J.J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2016 タイトル: Structure and Function Analysis of an Antibody Recognizing All Influenza A Subtypes. 著者: Kallewaard, N.L. / Corti, D. / Collins, P.J. / Neu, U. / McAuliffe, J.M. / Benjamin, E. / Wachter-Rosati, L. / Palmer-Hill, F.J. / Yuan, A.Q. / Walker, P.A. / Vorlaender, M.K. / Bianchi, S. / ...著者: Kallewaard, N.L. / Corti, D. / Collins, P.J. / Neu, U. / McAuliffe, J.M. / Benjamin, E. / Wachter-Rosati, L. / Palmer-Hill, F.J. / Yuan, A.Q. / Walker, P.A. / Vorlaender, M.K. / Bianchi, S. / Guarino, B. / De Marco, A. / Vanzetta, F. / Agatic, G. / Foglierini, M. / Pinna, D. / Fernandez-Rodriguez, B. / Fruehwirth, A. / Silacci, C. / Ogrodowicz, R.W. / Martin, S.R. / Sallusto, F. / Suzich, J.A. / Lanzavecchia, A. / Zhu, Q. / Gamblin, S.J. / Skehel, J.J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5jw4.cif.gz | 2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5jw4.ent.gz | 1.7 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5jw4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5jw4_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5jw4_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5jw4_validation.xml.gz | 180.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5jw4_validation.cif.gz | 243.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/5jw4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/5jw4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 12分子 ACEGIKBDFHJL
#1: タンパク質 | 分子量: 36293.109 Da / 分子数: 6 / 変異: K198N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 遺伝子: HA / 発現宿主: Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: Q6DQ34 #2: タンパク質 | 分子量: 18681.605 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 遺伝子: HA / 発現宿主: Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: Q6DQ34, UniProt: Q6DQ18*PLUS |
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-抗体 , 4種, 12分子 MOSUWNPTVXQR
#3: 抗体 | 分子量: 24413.189 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #4: 抗体 | 分子量: 22450.832 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #5: 抗体 | | 分子量: 24789.643 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #6: 抗体 | | 分子量: 22910.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-糖 , 2種, 25分子
#7: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #8: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.94 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 16% PEG3350, 0.1 M PIPES pH 7.0, cryoprotected with 25% ethylene glycol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9795 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月17日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.7→29.796 Å / Num. obs: 98353 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.18 % / Biso Wilson estimate: 136.3 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 7.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4BGW and 5JW5 解像度: 3.7→29.796 Å / SU ML: 0.61 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.62
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 268.13 Å2 / Biso mean: 152.8518 Å2 / Biso min: 99.46 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.7→29.796 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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