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- PDB-5jrt: Crystal structure of the human Tankyrase 2 (TNKS2) SAM domain (DH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jrt
タイトルCrystal structure of the human Tankyrase 2 (TNKS2) SAM domain (DH902/924RE)
要素Tankyrase-2
キーワードSIGNALING PROTEIN / Tankyrase polymerisation Wnt signalling Poly(ADP-ribose)polymerase (PARP) / Transferase / signalling protein
機能・相同性
機能・相同性情報


XAV939 stabilizes AXIN / positive regulation of telomere capping / NAD+ ADP-ribosyltransferase / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein localization to chromosome, telomeric region / NAD+-protein-aspartate ADP-ribosyltransferase activity / protein poly-ADP-ribosylation / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein mono-ADP-ribosyltransferase activity ...XAV939 stabilizes AXIN / positive regulation of telomere capping / NAD+ ADP-ribosyltransferase / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein localization to chromosome, telomeric region / NAD+-protein-aspartate ADP-ribosyltransferase activity / protein poly-ADP-ribosylation / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein mono-ADP-ribosyltransferase activity / pericentriolar material / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / TCF dependent signaling in response to WNT / nucleotidyltransferase activity / Degradation of AXIN / Regulation of PTEN stability and activity / Wnt signaling pathway / protein polyubiquitination / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / nuclear envelope / chromosome, telomeric region / Ub-specific processing proteases / Golgi membrane / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription Factor, Ets-1 / Ankyrin repeat / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily ...Transcription Factor, Ets-1 / Ankyrin repeat / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.53 Å
データ登録者Guettler, S. / Mariotti, L. / Cronin, N.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
英国
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2016
タイトル: Tankyrase Requires SAM Domain-Dependent Polymerization to Support Wnt-beta-Catenin Signaling.
著者: Mariotti, L. / Templeton, C.M. / Ranes, M. / Paracuellos, P. / Cronin, N. / Beuron, F. / Morris, E. / Guettler, S.
履歴
登録2016年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月17日Group: Source and taxonomy
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tankyrase-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8011
ポリマ－8,8011
非ポリマー00
水72140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.630, 56.630, 46.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Tankyrase-2 / TANK2 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 6 / ARTD6 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5B / ...TANK2 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 6 / ARTD6 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5B / TNKS-2 / TRF1-interacting ankyrin-related ADP-ribose polymerase 2 / Tankyrase II / Tankyrase-like protein / Tankyrase-related protein


分子量: 8801.161 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 867-940 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNKS2, PARP5B, TANK2, TNKL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H2K2, NAD+ ADP-ribosyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化温度: 285.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: PEG 3350 20% 0.1 MTris-HCl pH 8.5 0.2 M Ammonium Acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.53→49.05 Å / Num. obs: 12770 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17 % / Biso Wilson estimate: 40.23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 1.53→1.58 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1v85_A, 3bs5_B, 3bq_7, 2e8o_A, 2gle_A

解像度: 1.53→28.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.07 / SU Rfree Blow DPI: 0.075 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.074
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 636 4.98 %RANDOM
Rwork0.201 ---
obs0.203 12770 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 46.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9682 Å20 Å20 Å2
2--0.9682 Å20 Å2
3----1.9365 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.53→28.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数510 0 0 40 550
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01516HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.94690HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d194SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes13HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes75HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it516HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.91
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.81
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion67SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact616SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.53→1.68 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 158 5.24 %
Rwork0.227 2856 -
all0.228 3014 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.1597-1.6682-1.64851.7115-2.96552.949-0.06550.0171-0.0465-0.08610.09610.4336-0.0958-0.6838-0.0306-0.10680.00090.001-0.0121-0.0483-0.024226.65816.75932.0556
2-0.46750.7619-0.54764.53111.6257.8024-0.2573-0.1661-0.18590.5046-0.09420.36310-0.0660.35140.052-0.04390.08910.0563-0.05280.043332.68153.68468.9467
33.0472-0.99940.63768.88671.19978.0145-0.003-0.0759-0.0861-0.46560.1178-0.6781-0.08170.5313-0.1149-0.0348-0.06820.0616-0.0147-0.07350.052539.54937.79440.4931
43.0511-0.51441.56357.4447-2.05184.3622-0.0010.15670.0392-0.67820.1013-0.09990.30430.0307-0.10030.0235-0.00880.0396-0.1098-0.0651-0.057935.24860.6107-4.4816
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|874 - A|887 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|888 - A|896 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|897 - A|914 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|915 - A|937 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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