[日本語] English
万見
- PDB-1orc: CRO REPRESSOR INSERTION MUTANT K56-[DGEVK] -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1orc
タイトルCRO REPRESSOR INSERTION MUTANT K56-[DGEVK]
要素CRO REPRESSOR INSERTION MUTANT K56-[DGEVK]
キーワードGENE REGULATING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


latency-replication decision / release from viral latency / negative regulation of viral transcription / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / core promoter sequence-specific DNA binding / response to UV / protein homodimerization activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
CRO Repressor / Regulatory protein cro superfamily / Cro / Regulatory protein cro / CRO Repressor / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Regulatory protein cro
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage lambda (λファージ)
手法X線回折 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Albright, R.A. / Mossing, M.C. / Matthews, B.W.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: High-resolution structure of an engineered Cro monomer shows changes in conformation relative to the native dimer.
著者: Albright, R.A. / Mossing, M.C. / Matthews, B.W.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1990
タイトル: Stable, Monomeric Variants of Lambda Cro Obtained by Insertion of a Designed Beta-Hairpin Sequence
著者: Mossing, M.C. / Sauer, R.T.
履歴
登録1995年10月30日処理サイト: BNL
改定 1.01996年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CRO REPRESSOR INSERTION MUTANT K56-[DGEVK]


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9051
ポリマ－7,9051
非ポリマー00
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.770, 39.170, 48.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 CRO REPRESSOR INSERTION MUTANT K56-[DGEVK]


分子量: 7905.048 Da / 分子数: 1 / 変異: INS(K56-DGEVK) / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: RESULTS IN A 71-RESIDUE STABLE "MONOMER" MUTANT
由来: (組換発現) Enterobacteria phage lambda (λファージ)
属: Lambda-like viruses / 遺伝子: CRO MUTANT K56-[DGEVK] / 遺伝子 (発現宿主): CRO MUTANT K56-[DGEVK] / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03040
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.87 %
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mM1dropK2HPO4
20.1 mMEDTA1drop
316 mg/mlprotein1drop
44.2-4.8 Msodium formate1reservoir

-
データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1993年9月26日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 9834 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.029
反射
*PLUS
最高解像度: 1.54 Å / Num. measured all: 45435

-
解析

ソフトウェア
名称分類
TNT精密化
SDMSデータ削減
精密化解像度: 1.54→20 Å / σ(F): 0
詳細: BOTH TERMINI OF CRO K56-[DGEVK]ARE DISORDERED. RESIDUES 1, 2, 62, 63, 64, 65, AND 66 HAVE NO INTERPRETABLE DENSITY AND ARE NOT INCLUDED IN THE MODEL. RESIDUES 3 AND 61 EXTEN AWAY FROM THE ...詳細: BOTH TERMINI OF CRO K56-[DGEVK]ARE DISORDERED. RESIDUES 1, 2, 62, 63, 64, 65, AND 66 HAVE NO INTERPRETABLE DENSITY AND ARE NOT INCLUDED IN THE MODEL. RESIDUES 3 AND 61 EXTEN AWAY FROM THE GLOBULAR PORTION OF THE MOLECULE AND ARE MOST PROBABLY IN MULTIPLE CONFORMATIONS. THE GLOBULAR PORTION OF THE MOLECULE (RESIDUES 4 - 59) IS EXCEPTIONALLY WELL-DEFINED IN THE DENSITY.
Rfactor反射数
Rwork0.178 -
all-9834
obs-9834
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.54→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数500 0 0 59 559
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.3
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.178
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る