[日本語] English
万見
- PDB-5jr1: Crystal structure of 10E8 gHV-matureL antigen-binding fragment. -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jr1
タイトルCrystal structure of 10E8 gHV-matureL antigen-binding fragment.
要素
  • 10E8 heavy chain
  • 10E8 mature light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / MPER / HIV-1 / Antibody development / neutralizing
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.601 Å
データ登録者Joyce, M.G. / Mascola, J.R. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2016
タイトル: Developmental Pathway of the MPER-Directed HIV-1-Neutralizing Antibody 10E8.
著者: Soto, C. / Ofek, G. / Joyce, M.G. / Zhang, B. / McKee, K. / Longo, N.S. / Yang, Y. / Huang, J. / Parks, R. / Eudailey, J. / Lloyd, K.E. / Alam, S.M. / Haynes, B.F. / Mullikin, J.C. / Connors, ...著者: Soto, C. / Ofek, G. / Joyce, M.G. / Zhang, B. / McKee, K. / Longo, N.S. / Yang, Y. / Huang, J. / Parks, R. / Eudailey, J. / Lloyd, K.E. / Alam, S.M. / Haynes, B.F. / Mullikin, J.C. / Connors, M. / Mascola, J.R. / Shapiro, L. / Kwong, P.D.
履歴
登録2016年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
H: 10E8 heavy chain
L: 10E8 mature light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3944
ポリマ－48,2632
非ポリマー1312
水6,161342
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3940 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area20170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.784, 77.863, 85.003
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: 抗体 10E8 heavy chain


分子量: 25273.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 10E8 mature light chain


分子量: 22989.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 342 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 21% PEG 8000, 0.17M ZnAc, MES, pH6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 51383 / % possible obs: 84.6 % / 冗長度: 4.7 % / Net I/σ(I): 9.83

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4g6f

4g6f


解像度: 1.601→37.306 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2014 2565 4.99 %
Rwork0.1851 --
obs0.186 51379 84.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.601→37.306 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3303 0 2 342 3647
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013419
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0754660
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7012045
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063517
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007596
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6007-1.63140.32081200.28882441X-RAY DIFFRACTION77
1.6314-1.66470.29441510.26542775X-RAY DIFFRACTION88
1.6647-1.70090.30131620.25122832X-RAY DIFFRACTION89
1.7009-1.74050.27031600.24132787X-RAY DIFFRACTION89
1.7405-1.7840.25291410.21952812X-RAY DIFFRACTION89
1.784-1.83230.2151710.20612802X-RAY DIFFRACTION88
1.8323-1.88620.22021430.1972805X-RAY DIFFRACTION88
1.8862-1.94710.19611330.18282785X-RAY DIFFRACTION87
1.9471-2.01660.20821470.17322775X-RAY DIFFRACTION87
2.0166-2.09740.17661480.17512742X-RAY DIFFRACTION86
2.0974-2.19280.19071380.16722736X-RAY DIFFRACTION86
2.1928-2.30840.18841400.17422725X-RAY DIFFRACTION85
2.3084-2.4530.20671460.18882685X-RAY DIFFRACTION84
2.453-2.64240.21871340.18452694X-RAY DIFFRACTION83
2.6424-2.90820.21111330.18092634X-RAY DIFFRACTION82
2.9082-3.32880.1941100.18462650X-RAY DIFFRACTION81
3.3288-4.1930.17721460.16482581X-RAY DIFFRACTION79
4.193-37.31580.18631420.18222553X-RAY DIFFRACTION75
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.98471.5815-0.63883.7279-1.74551.94870.2335-0.33420.09920.456-0.22820.0658-0.07480.0840.00220.2854-0.06240.01680.2556-0.02190.210937.381820.729114.2742
23.32330.4220.43773.4204-0.92893.7865-0.0095-0.1037-0.162-0.04280.00840.12670.10850.0708-0.01420.242-0.00160.03220.19080.0260.20497.3418-4.0951103.7299
32.20790.1209-0.13684.54983.39985.0417-0.1641-0.3533-0.02760.3893-0.27410.51760.1683-0.58320.35430.17660.02120.01390.3342-0.01340.249824.70323.023391.5357
41.26540.12950.41781.48811.01013.19560.0802-0.05970.10740.0065-0.07970.102-0.1549-0.17770.00910.1409-0.01320.0290.16160.01210.175434.339926.403593.2434
51.79310.35650.34133.48271.52494.83680.0731-0.25210.20140.5073-0.15810.1696-0.2986-0.55820.17810.25310.00770.03590.2494-0.01010.206829.532626.411101.874
62.47110.5497-1.46531.9543-0.11722.3552-0.0773-0.2041-0.0980.24590.03120.20080.16790.07560.01880.1330.00680.00570.15490.03170.1577.31839.108598.014
73.44560.4564-1.29842.7557-0.6163.62330.0637-0.2370.03820.3401-0.05590.2183-0.08010.0713-0.02150.18-0.02670.00070.1642-0.00120.19965.691213.5794100.2657
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 1 through 111 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 112 through 214 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'L' and (resid 2 through 17 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'L' and (resid 18 through 83 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'L' and (resid 84 through 106 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'L' and (resid 106A through 151 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'L' and (resid 152 through 210 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る