PDB-5jq9: Yersinia pestis DHPS with pterine-sulfa conjugate Compound 16

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5jq9

タイトル

Yersinia pestis DHPS with pterine-sulfa conjugate Compound 16

要素

Dihydropteroate synthase

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / dihydropteroate synthesis / antibiotic / pterine-sulfa conjugates / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

dihydropteroate synthase / dihydropteroate synthase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia pestis KIM D27 (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.101 Å

データ登録者

Wu, Y. / White, S.W.

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2016
タイトル: Pterin-sulfa conjugates as dihydropteroate synthase inhibitors and antibacterial agents.
著者: Zhao, Y. / Shadrick, W.R. / Wallace, M.J. / Wu, Y. / Griffith, E.C. / Qi, J. / Yun, M.K. / White, S.W. / Lee, R.E.

履歴

登録	2016年5月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年8月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5jq9.cif.gz	207.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5jq9.ent.gz	165.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5jq9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5jq9_validation.pdf.gz	944.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5jq9_full_validation.pdf.gz	953.1 KB	表示
XML形式データ	5jq9_validation.xml.gz	21.7 KB	表示
CIF形式データ	5jq9_validation.cif.gz	28.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/5jq9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/5jq9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tznS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3tzf-d 4m5v-2 6w6a-d 1ixn-4 3n7k-2 1ixq-4 4utt-2 4fvv-2 2d0d-1 3azv-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dihydropteroate synthase

B: Dihydropteroate synthase

ヘテロ分子

61.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.687, 49.897, 74.279
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 89.78, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Dihydropteroate synthase / DHPS / Dihydropteroate pyrophosphorylase 分子量: 30179.580 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Yersinia pestis KIM D27 (ペスト菌) 株: KIM D27 / 遺伝子: folP, YPD27_2690 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pLyss 参照: UniProt: A0A0J9WZK8, UniProt: A0A2S9PLG4*PLUS, dihydropteroate synthase
#2: 化合物	ChemComp-6MB / 4-{[(2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridin-6-yl)methyl]amino}-N-(3,4-dimethyl-1,2-oxazol-5-yl)benzene-1-sulfonamide 分子量: 442.452 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₈N₈O₄S
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.9 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 100 mM MES (pH 6.5), 14% PEG 20,000 / PH範囲: 6-7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月13日
放射	モノクロメーター: Si-220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.101→37.14 Å / Num. obs: 30517 / % possible obs: 99.89 % / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 39.82 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.1049 / R_sym value: 0.1191 / Net I/σ(I): 10.34
反射シェル	解像度: 2.101→2.176 Å / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 2.109 / Mean I/σ(I) obs: 0.75 / % possible all: 98.85

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS	March 1, 2015	データ削減
Aimless	0.2.8	データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3TZN

3tzn

解像度: 2.101→37.139 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.15

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2537	1530	5.02 %
R_work	0.2238	-	-
obs	0.2252	30455	99.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.101→37.139 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3702	0	66	101	3869

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3837
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.739	5218
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.284	1334
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.026	614
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	674

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1005-2.1683	0.4271	153	0.3976	2548	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1683-2.2458	0.3769	139	0.3658	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2458-2.3357	0.367	160	0.3172	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3357-2.442	0.301	149	0.2847	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
2.442-2.5707	0.3183	125	0.2743	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5707-2.7318	0.2823	131	0.2576	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7318-2.9426	0.2746	130	0.2382	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9426-3.2386	0.2665	129	0.2212	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2386-3.7068	0.2361	146	0.2017	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7068-4.6688	0.1812	151	0.1779	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6688-37.145	0.2277	117	0.1921	2759	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5349	-0.3114	0.2203	0.2068	-0.1845	1.0636	-0.8008	0.2719	0.5484	0.3957	0.051	-0.7842	-0.536	0.4212	-0.0039	0.5289	-0.1203	-0.1264	0.4794	0.1416	0.9839	32.1458	24.6199	106.9071
2	1.0858	-0.1514	0.4744	1.744	0.7849	0.8355	-0.0026	-0.7859	0.0261	1.0237	0.2281	-0.5424	0.1908	0.0558	0.0031	0.6039	0.0781	-0.1697	0.5905	-0.0692	0.559	26.585	14.4053	122.8117
3	2.7895	-1.2047	0.3542	2.2893	0.2101	1.836	-0.1378	-0.1007	0.4577	0.1096	0.0811	-0.1361	-0.2346	-0.0336	-0.0112	0.2504	0.0026	0.018	0.1878	0.0176	0.3476	14.9795	20.1683	109.4095
4	0.0796	0.0662	-0.084	0.0406	-0.0621	0.0799	-0.4695	0.656	-0.2744	-0.1619	0.099	1.0449	0.6114	-1.0696	-0	0.6964	0.0408	-0.1731	1.0705	-0.1635	0.86	0.7971	0.8247	82.893
5	-0.0124	0.0277	-0.067	0.0489	0.0492	0.2135	0.1847	0.4608	-0.4688	-0.0557	-0.3073	0.5915	1.5567	-0.0757	0.0019	1.1109	0.1114	-0.1922	0.5423	-0.1688	0.7686	13.2553	-13.8782	90.0554
6	0.8201	-0.0314	0.4959	4.2434	-2.8181	2.1969	0.4643	0.7659	-0.4061	-1.2289	-0.2069	-0.9641	0.6018	0.5711	-0.9509	1.0819	0.1488	-0.1606	0.8395	-0.3469	0.8054	16.575	-10.51	82.0381
7	0.0198	0.034	0.0141	0.0804	-0.0877	0.1822	0.7817	0.6517	-0.3472	-0.8684	-0.4534	0.7471	1.126	-0.5862	0.0009	1.411	0.1633	-0.1878	0.9588	-0.1825	0.888	10.5111	-15.675	77.7009
8	1.0961	-0.2891	-0.3394	0.4658	0.1598	0.1691	0.9698	1.7981	-0.0972	-1.1102	-0.4136	0.086	0.7613	0.5761	0.0811	1.0566	0.3325	0.0773	1.6244	0.029	0.2602	16.8956	1.0337	70.2277
9	1.8424	0.2063	0.0759	1.6022	0.2099	0.2566	0.5907	1.7893	-0.169	-0.9667	-0.1599	0.2605	-0.2372	0.5403	0.2392	0.7994	0.3325	-0.0246	0.9983	0.0818	0.3183	18.0312	6.6688	79.7891
10	0.5528	0.3749	-0.019	1.198	0.7114	1.4932	0.5723	0.6302	-0.5214	-0.3605	-0.408	-0.0851	0.1723	0.1585	0.0028	0.364	0.1029	-0.0297	0.3702	-0.0042	0.315	17.8635	3.4441	93.5588

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 15 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 16 through 109 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 110 through 275 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 0 through 15 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 16 through 50 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 51 through 70 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 71 through 109 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 110 through 174 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 175 through 221 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 222 through 276 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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