PDB-3tzn: Crystal Structure of the Yersinia pestis Dihydropteroate synthase.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tzn

タイトル

Crystal Structure of the Yersinia pestis Dihydropteroate synthase.

要素

7,8-dihydropteroate synthase

キーワード

TRANSFERASE / Dihydropteroate synthase / Tim barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

dihydropteroate synthase / dihydropteroate synthase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia pestis (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.083 Å

データ登録者

Wu, Y.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2012
タイトル: Catalysis and sulfa drug resistance in dihydropteroate synthase.
著者: Yun, M.K. / Wu, Y. / Li, Z. / Zhao, Y. / Waddell, M.B. / Ferreira, A.M. / Lee, R.E. / Bashford, D. / White, S.W.

履歴

登録	2011年9月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tzn.cif.gz	188.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tzn.ent.gz	151 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tzn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3tzn_validation.pdf.gz	442.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tzn_full_validation.pdf.gz	451.5 KB	表示
XML形式データ	3tzn_validation.xml.gz	19.1 KB	表示
CIF形式データ	3tzn_validation.cif.gz	26.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/3tzn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/3tzn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tyaC 3tybC 3tycC 3tydC 3tyeC 3tyuC 3tyzC 3tzfC 3v5oC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2no6-d 2zi3-d 2no9-d 4o5f-d 2no7-d 5csr-2 3kfx-d 6ldn-d 1p60-d 4ww7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 7,8-dihydropteroate synthase

B: 7,8-dihydropteroate synthase

60.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.429, 49.936, 75.512
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.240, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	7,8-dihydropteroate synthase / Dihydropteroate synthase 分子量: 30317.729 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: KIM D27 / 遺伝子: dhpS, folP, y0683, YPO3501, YP_0582 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q7CKJ1, UniProt: A0A2S9PLG4*PLUS, dihydropteroate synthase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

7,8-dihydropteroate synthase / Dihydropteroate synthase

分子量: 30317.729 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: KIM D27 / 遺伝子: dhpS, folP, y0683, YPO3501, YP_0582 / プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q7CKJ1, UniProt: A0A2S9PLG4*PLUS, dihydropteroate synthase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.62 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: PEG 20,000, MES(pH6.5), pH 6-7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K PH範囲: 6-7

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月3日

放射

モノクロメーター: Si-220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.08→50 Å / Num. obs: 27369 / % possible obs: 85.2 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.098 / Χ²: 2.127 / Net I/σ(I): 8.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.08-2.12	2.3	0.217	1147	0.444	1	73.2
2.12-2.15	2.4	0.215	1262	0.429	1	77.9
2.15-2.2	2.3	0.186	1278	0.408	1	80.8
2.2-2.24	2.4	0.159	1305	0.412	1	83
2.24-2.29	2.5	0.141	1354	0.443	1	83.8
2.29-2.34	2.5	0.126	1325	0.467	1	83.8
2.34-2.4	2.5	0.122	1357	0.515	1	84.5
2.4-2.47	2.6	0.129	1318	0.614	1	84.1
2.47-2.54	2.9	0.188	1348	0.806	1	84.8
2.54-2.62	3.2	0.205	1393	0.699	1	85.8
2.62-2.71	3.5	0.24	1371	1.583	1	85.8
2.71-2.82	3.9	0.205	1392	0.907	1	86.8
2.82-2.95	4.3	0.182	1417	0.879	1	88
2.95-3.11	4.5	0.166	1443	1.269	1	89.9
3.11-3.3	4.6	0.143	1451	1.574	1	90.8
3.3-3.56	4.7	0.135	1450	2.643	1	89.8
3.56-3.91	4.7	0.115	1440	3.993	1	89.6
3.91-4.48	4.8	0.095	1447	4.722	1	88.7
4.48-5.64	4.8	0.082	1433	4.534	1	87.6
5.64-50	4.8	0.063	1438	4.387	1	84.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.5_2	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.083→41.652 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.813 / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.01 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2504	1387	5.07 %
R_work	0.208	-	-
obs	0.2103	27350	85.02 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 62.087 Å² / k_sol: 0.323 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 154.76 Å² / B_iso mean: 66.119 Å² / B_iso min: 23.96 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.8606 Å²	0 Å²	-0.4346 Å²
2-	-	-0.8191 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.6798 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.083→41.652 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3470	0	0	84	3554

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.022	3532
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.672	4779
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.128	571
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	613
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.538	1281

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.083-2.1573	0.3264	101	0.2363	2268	2369	74
2.1573-2.2436	0.2933	134	0.2205	2453	2587	82
2.2436-2.3457	0.2601	140	0.2029	2541	2681	84
2.3457-2.4694	0.2454	129	0.1951	2561	2690	84
2.4694-2.6241	0.2701	143	0.2026	2591	2734	85
2.6241-2.8267	0.2356	130	0.2083	2638	2768	86
2.8267-3.111	0.2376	154	0.2123	2704	2858	89
3.111-3.561	0.2611	138	0.21	2768	2906	90
3.561-4.4856	0.2109	156	0.1853	2731	2887	89
4.4856-41.6604	0.2583	162	0.2102	2708	2870	86

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.041	0.0279	-0.0747	0.048	-0.0036	0.0152	-0.1893	0.2215	0.0667	0.2095	-0.2061	-0.3408	-0.2982	0.5051	-0	0.4285	-0.1214	-0.088	0.4385	0.0899	0.4752	-6.1045	24.4511	-3.0701
2	0.2328	0.0035	0.176	0.2992	0.1748	0.2395	-0.0496	-0.1865	-0.0352	0.6297	0.096	-0.3834	0.2205	0.1086	-0	0.4969	0.006	-0.1022	0.4105	-0.0058	0.4185	-7.6359	16.6752	11.401
3	1.4822	-0.4274	-0.0855	0.6338	0.2364	0.5496	0.0712	-0.0097	0.124	0.0751	-0.0585	-0.0276	-0.0745	-0.037	0	0.2947	0.0037	0.0387	0.2684	0.0107	0.3221	-21.573	21.5643	-2.0772
4	0.1689	0.051	-0.2129	0.1526	-0.0762	0.1252	0.1562	0.48	-0.5161	-0.2826	-0.3536	0.2161	0.96	-0.3924	0	0.9063	0.0353	-0.1954	0.6243	-0.1997	0.7584	-27.7076	-9.471	-25.9975
5	0.0324	-0.0525	0.0117	0.0726	0.0091	0.6214	0.5386	0.8832	-0.1509	-0.7076	-0.2826	0.068	0.3514	0.4665	0.0001	0.8262	0.3422	-0.1309	0.9902	-0.0104	0.3041	-20.3467	4.2566	-36.7821
6	0.1627	0.2842	0.1508	0.5117	0.2839	0.6112	0.2731	0.1844	-0.1584	0.0075	-0.1988	-0.2074	0.1764	0.2654	-0	0.3897	0.1175	-0.0221	0.421	-0.0315	0.3836	-17.2393	4.1527	-18.1755

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid -1:20)	A	-1 - 20
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 21:116)	A	21 - 116
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 117:275)	A	117 - 275
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 1:97)	B	1 - 97
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 98:218)	B	98 - 218
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 219:275)	B	219 - 275

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)