PDB-5jo5: Crystal structure of 10E8 gHV-gLV antigen-binding fragment.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5jo5

タイトル

Crystal structure of 10E8 gHV-gLV antigen-binding fragment.

要素

10E8 gHV
10E8 gLV

キーワード

IMMUNE SYSTEM / MPER / HIV-1 / Antibody development / neutralizing

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Joyce, M.G. / Mascola, J.R. / Kwong, P.D.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2016
タイトル: Developmental Pathway of the MPER-Directed HIV-1-Neutralizing Antibody 10E8.
著者: Soto, C. / Ofek, G. / Joyce, M.G. / Zhang, B. / McKee, K. / Longo, N.S. / Yang, Y. / Huang, J. / Parks, R. / Eudailey, J. / Lloyd, K.E. / Alam, S.M. / Haynes, B.F. / Mullikin, J.C. / Connors, ...

履歴

登録	2016年5月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5jo5.cif.gz	953.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5jo5.ent.gz	808.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5jo5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5jo5_validation.pdf.gz	476 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5jo5_full_validation.pdf.gz	490.4 KB	表示
XML形式データ	5jo5_validation.xml.gz	78 KB	表示
CIF形式データ	5jo5_validation.cif.gz	114.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/5jo5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/5jo5	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5jnyC 5jr1C 4g6fS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2fl5-4 1jnh-1 4f58-2 8fab-2 5ihz-3 7jxc-d 6e65-d 5cd3-1 3d69-2 6bla-d 7jmx-d 3g6a-2 5cgy-1 3uyr-d 5y2k-2 2fl5-3 5vz1-2 5f6h-3 1uwg-1 1xz0-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: 10E8 gHV

L: 10E8 gLV

A: 10E8 gHV

B: 10E8 gLV

C: 10E8 gHV

D: 10E8 gLV

E: 10E8 gHV

F: 10E8 gLV

190 kDa, 8 ポリマー
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1

H: 10E8 gHV

L: 10E8 gLV

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.4 kDa, 2 ポリマー
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2

A: 10E8 gHV

B: 10E8 gLV

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47.4 kDa, 2 ポリマー
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3

C: 10E8 gHV

D: 10E8 gLV

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4

E: 10E8 gHV

F: 10E8 gLV

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	115.624, 65.506, 128.483
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.99, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	10E8 gHV 分子量: 24838.801 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	10E8 gLV 分子量: 22579.902 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1724 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.59 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 15% peg8000, 10% Isopropanol, imidazole, pH 6.5 / PH範囲: 6.5

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 296215 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4 % / Net I/σ(I): 7.87

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4g6f

4g6f

解像度: 1.7→38.472 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 38.35 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2626	10348	5.06 %
R_work	0.2331	-	-
obs	0.2345	204610	99.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→38.472 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12964	0	0	1724	14688

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	13288
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.687	18090
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.307	7963
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	2038
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2313

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.7193	0.2825	318	0.2608	6502	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7193-1.7395	0.2748	340	0.2577	6434	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7395-1.7608	0.2946	328	0.2532	6448	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7608-1.783	0.2803	336	0.2484	6491	X-RAY DIFFRACTION	100
1.783-1.8065	0.269	368	0.245	6414	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8065-1.8313	0.29	372	0.2428	6387	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8313-1.8574	0.2729	341	0.2368	6438	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8574-1.8851	0.2617	354	0.2299	6480	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8851-1.9146	0.2814	316	0.2331	6462	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9146-1.946	0.2656	368	0.2323	6444	X-RAY DIFFRACTION	100
1.946-1.9795	0.2609	330	0.23	6508	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9795-2.0155	0.2367	331	0.2233	6428	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0155-2.0543	0.2519	366	0.2208	6500	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0543-2.0962	0.2691	342	0.22	6424	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0962-2.1418	0.2274	369	0.2143	6437	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1418-2.1916	0.2419	313	0.2176	6527	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1916-2.2464	0.2534	353	0.213	6443	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2464-2.3072	0.2457	324	0.2225	6461	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3072-2.375	0.2489	340	0.2266	6508	X-RAY DIFFRACTION	100
2.375-2.4517	0.2624	384	0.2246	6452	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4517-2.5393	0.2668	343	0.2259	6462	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5393-2.6409	0.2646	343	0.2314	6485	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6409-2.7611	0.2452	386	0.2284	6460	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7611-2.9066	0.2544	333	0.233	6502	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9066-3.0887	0.2781	355	0.2377	6505	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0887-3.327	0.2724	336	0.2294	6521	X-RAY DIFFRACTION	100
3.327-3.6616	0.2469	340	0.2309	6540	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6616-4.1909	0.2753	371	0.2342	6522	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1909-5.2779	0.2464	345	0.2288	6578	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2779-38.4819	0.3043	303	0.2743	6499	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5074	-0.0283	0.0479	1.1027	0.3312	0.4967	-0.0574	-0.046	-0.0807	0.1386	-0.0182	0.1738	0.1039	-0.1703	0.0823	0.1069	-0.0179	0.0137	0.0756	-0.0293	0.1372	-3.9077	-21.7031	-60.9866
2	0.8542	0.2294	0.3341	1.1737	-0.4476	1.646	-0.064	-0.1137	0.152	0.1803	-0.049	0.2537	-0.2586	-0.1913	-0.0561	0.09	-0.0119	0.0075	-0.0173	-0.0725	0.1031	-3.2458	-11.5426	-56.1709
3	0.7742	0.1508	-0.6082	0.2714	0.2451	1.2378	-0.0162	0.0672	0.0064	-0.0092	0.0243	0.0547	0.0668	-0.0881	-0.0181	0.0804	0.0267	-0.015	0.0437	0.0003	0.0592	13.1162	-18.7114	-84.7082
4	0.404	-0.0622	-0.1147	0.3531	0.0436	0.3329	-0.0116	0.0697	0.0529	-0.0842	-0.05	-0.0331	0.1319	0.039	-0.0849	0.1228	0.0322	0.031	0.1093	-0.0021	0.0534	22.0827	-16.3834	-88.8312
5	2.086	-0.4278	-0.8502	0.5126	-0.4535	1.3896	-0.0542	0.1072	0.1223	-0.1274	0.0537	0.1672	-0.0202	-0.1495	-0.0649	0.1323	-0.0329	-0.0474	0.0917	0.0376	0.1181	4.5526	5.1641	-67.8325
6	6.1436	1.1656	-0.6015	0.5066	-0.1854	0.7461	0.1027	0.4843	0.0381	-0.1126	0.0334	0.4028	-0.1362	-0.1386	-0.0104	0.1862	0.0117	-0.0388	0.1751	-0.0207	0.244	-5.9488	5.5202	-65.0435
7	0.8039	0.2032	0.3782	1.049	-0.1663	0.898	0.0026	0.0516	0.1042	-0.0268	-0.0727	-0.0941	-0.1826	0.0726	-0.0241	0.1088	0.0217	-0.029	0.0949	-0.0278	0.1055	2.0418	-3.9774	-59.3532
8	0.4031	0.2234	-0.2107	1.0618	0.0982	0.1588	0.0021	-0.0282	0.0386	0.0022	-0.1249	0.2064	-0.0494	-0.102	-0.0611	0.163	-0.0131	-0.0517	0.0637	-0.1021	0.0437	3.3338	1.7302	-50.6833
9	0.304	0.3648	0.06	0.6278	0.3467	0.4783	-0.0724	0.0464	0.0978	-0.1066	-0.0893	0.2771	-0.1327	-0.072	-0.1605	0.0427	-0.0325	-0.0456	0.0081	-0.0014	0.1427	-1.1674	0.1649	-61.7432
10	0.0457	-0.0317	-0.0106	0.0247	0.0294	0.2253	0.0927	0.063	0.1478	-0.0858	0.0192	-0.0507	-0.0988	0.0751	0.4062	0.1847	-0.1079	0.0165	0.0849	0.0631	0.1236	15.9054	4.9736	-72.2531
11	0.7782	0.3343	0.2988	2.7886	1.9711	1.906	0.0774	0.1111	0.0021	-0.2285	-0.1888	0.0685	0.0363	-0.0065	0.0406	0.2835	0.0318	-0.0466	0.1964	-0.0279	0.1145	12.6323	-12.5782	-98.3749
12	0.3436	0.5851	0.6178	1.0121	1.2271	2.8571	0.0859	0.1093	0.0677	-0.1366	-0.1937	0.31	-0.2623	-0.4338	0.2411	0.113	0.0115	-0.0475	0.177	-0.0713	0.0846	11.1126	-2.2651	-86.119
13	0.4278	-0.027	0.0149	1.7586	0.0197	1.5508	-0.2297	0.2301	0.3054	0.3834	-0.0979	0.2074	-0.0642	-0.1315	0.0744	0.2931	-0.0757	0.0094	0.3108	-0.0042	0.1884	10.1771	-4.616	-84.0987
14	0.3216	0.1533	0.3412	0.093	0.0834	1.2785	-0.0622	0.1692	0.113	-0.2712	-0.1173	0.2743	-0.2764	-0.178	-0.1182	0.2824	-0.0306	-0.1845	0.1533	-0.1319	0.0112	7.5589	-3.2816	-94.5016
15	0.5404	-0.0351	-0.2569	0.6301	-0.0416	1.33	-0.137	0.2341	-0.1609	-0.2334	-0.0311	-0.0711	-0.1485	0.0744	-0.1964	0.1133	-0.0595	0.0193	0.1299	-0.0392	0.1248	-11.4713	37.6206	-4.5216
16	0.9351	0.1877	-0.3153	0.9333	0.2889	0.444	-0.0937	0.3397	-0.0232	-0.3201	0.132	0.0763	-0.1666	-0.0775	0.0375	0.1643	-0.0073	-0.0193	0.1079	-0.0102	0.081	-16.6957	30.7151	-13.243
17	1.6394	0.1587	-1.2273	0.6772	0.2413	2.2322	-0.0241	0.2348	0.3268	-0.2505	0.125	0.2366	-0.3149	-0.1198	-0.0379	0.1617	-0.0336	-0.0634	0.1608	-0.0073	0.1849	-21.4014	36.018	-11.7967
18	1.2198	0.067	0.1202	1.0314	0.0906	0.5518	-0.0629	0.2404	0.0457	-0.2044	0.0998	0.0853	-0.1447	0.0959	0.0759	0.1054	-0.017	-0.0127	0.087	-0.022	0.0993	-19.5673	37.2292	-4.2911
19	1.8847	0.0221	-0.0881	2.3484	1.0322	2.0994	0.0209	0.2457	-0.2079	-0.3668	-0.0028	0.025	0.131	-0.0748	-0.1052	0.1463	-0.0159	-0.0284	0.1207	-0.0198	0.1073	-14.1426	23.1293	-14.0117
20	0.348	0.2029	0.4529	0.3202	0.2692	1.1758	-0.0758	0.0763	-0.0673	-0.0456	0.1019	-0.0178	-0.1166	-0.0317	-0.1708	0.0622	0.0648	-0.0496	0.0292	0.0345	0.0039	-13.1934	37.8898	8.4564
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精密化 TLSグループ

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4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'H' and (resid 139 through 218 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'L' and (resid 2 through 18 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'L' and (resid 19 through 29 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'L' and (resid 30 through 48 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'L' and (resid 49 through 61 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'L' and (resid 62 through 101 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'L' and (resid 102 through 113 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'L' and (resid 114 through 129 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'L' and (resid 130 through 150 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'L' and (resid 151 through 171 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'L' and (resid 172 through 210 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 1 through 17 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resid 18 through 59 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'A' and (resid 60 through 75 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'A' and (resid 76 through 87 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'A' and (resid 88 through 103 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'A' and (resid 104 through 119 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'A' and (resid 120 through 134 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'A' and (resid 135 through 203 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'A' and (resid 204 through 214 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'B' and (resid 2 through 29 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'B' and (resid 30 through 101 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'B' and (resid 102 through 150 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'B' and (resid 151 through 210 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'C' and (resid 1 through 17 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'C' and (resid 18 through 39 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'C' and (resid 40 through 59 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'C' and (resid 60 through 75 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'C' and (resid 76 through 87 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'C' and (resid 88 through 103 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'C' and (resid 104 through 119 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'C' and (resid 120 through 134 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'C' and (resid 135 through 190 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'C' and (resid 191 through 214 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'D' and (resid 2 through 18 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'D' and (resid 19 through 29 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'D' and (resid 30 through 48 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'D' and (resid 49 through 61 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'D' and (resid 62 through 89 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'D' and (resid 90 through 101 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'D' and (resid 102 through 113 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'D' and (resid 114 through 150 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'D' and (resid 151 through 171 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'D' and (resid 172 through 210 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'E' and (resid 1 through 87 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'E' and (resid 88 through 103 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'E' and (resid 104 through 134 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'E' and (resid 135 through 203 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'E' and (resid 204 through 214 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'F' and (resid 2 through 29 )
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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