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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5jo5 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of 10E8 gHV-gLV antigen-binding fragment. | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / MPER / HIV-1 / Antibody development / neutralizing | ||||||
| Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta Function and homology information | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Joyce, M.G. / Mascola, J.R. / Kwong, P.D. | ||||||
Citation | Journal: Plos One / Year: 2016Title: Developmental Pathway of the MPER-Directed HIV-1-Neutralizing Antibody 10E8. Authors: Soto, C. / Ofek, G. / Joyce, M.G. / Zhang, B. / McKee, K. / Longo, N.S. / Yang, Y. / Huang, J. / Parks, R. / Eudailey, J. / Lloyd, K.E. / Alam, S.M. / Haynes, B.F. / Mullikin, J.C. / ...Authors: Soto, C. / Ofek, G. / Joyce, M.G. / Zhang, B. / McKee, K. / Longo, N.S. / Yang, Y. / Huang, J. / Parks, R. / Eudailey, J. / Lloyd, K.E. / Alam, S.M. / Haynes, B.F. / Mullikin, J.C. / Connors, M. / Mascola, J.R. / Shapiro, L. / Kwong, P.D. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5jo5.cif.gz | 953.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5jo5.ent.gz | 808.6 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5jo5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5jo5_validation.pdf.gz | 476 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5jo5_full_validation.pdf.gz | 490.4 KB | Display | |
| Data in XML | 5jo5_validation.xml.gz | 78 KB | Display | |
| Data in CIF | 5jo5_validation.cif.gz | 114.4 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/5jo5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/5jo5 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5jnyC ![]() 5jr1C ![]() 4g6fS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| 4 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Antibody | Mass: 24838.801 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human)#2: Antibody | Mass: 22579.902 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human)#3: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.49 Å3/Da / Density % sol: 50.59 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 15% peg8000, 10% Isopropanol, imidazole, pH 6.5 / PH range: 6.5 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Dec 5, 2012 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.5→50 Å / Num. obs: 296215 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 4 % / Net I/σ(I): 7.87 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4g6f Resolution: 1.7→38.472 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 38.35 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→38.472 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
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