PDB-5jlw: AntpHD with 15bp DNA duplex R-monothioated at Cytidine-8

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5jlw

タイトル

AntpHD with 15bp DNA duplex R-monothioated at Cytidine-8

要素

DNA (5'-D(*AP*GP*AP*AP*AP*GP*CP*(C7R)P*AP*TP*TP*AP*GP*AP*G)-3')
DNA (5'-D(*TP*CP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*CP*TP*TP*TP*C)-3')
Homeotic protein antennapedia

キーワード

Transcription Regulator/DNA / HOMEODOMAIN / DNA-BINDING PROTEIN / COMPLEX (HOMEODOMAIN-DNA) / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX / Transcription Regulator-DNA complex / monothiolated DNA

機能・相同性

機能・相同性情報

specification of segmental identity, antennal segment / specification of segmental identity, thorax / neuroblast development / muscle cell fate specification / lymph gland development / ventral cord development / anterior/posterior axis specification / anterior/posterior pattern specification / midgut development / regulation of neurogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
unidentified (未定義)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.088 Å

データ登録者

White, M.A. / Zandarashvili, L. / Iwahara, J. / Nguyen, D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2016
タイトル: Stereospecific Effects of Oxygen-to-Sulfur Substitution in DNA Phosphate on Ion Pair Dynamics and Protein-DNA Affinity.
著者: Nguyen, D. / Zandarashvili, L. / White, M.A. / Iwahara, J.

履歴

登録	2016年4月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年6月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年7月13日	Group: Structure summary
改定 1.2	2016年9月14日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2017年9月27日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.5	2018年3月7日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.source
改定 1.6	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: pdbx_audit_support / struct_ref_seq Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end
改定 1.7	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_detector / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_detector.detector / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jl/5jlw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jl/5jlw	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似構造データ	1vjg-d 5jlx-1 3ht0-d 4xic-2 4xic-1 4xid-1 5h9v-4 3hd1-d 5h5d-d 9ant-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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#67 - 2005年7月
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DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
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シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
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チミン２量体 (Thymine Dimers)
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RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase)
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lac転写抑制因子 (lac Repressor)
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ヌクレオソーム (Nucleosome)
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制限酵素 (Restriction Enzymes)
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タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Homeotic protein antennapedia

B: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*AP*AP*GP*CP*(C7R)P*AP*TP*TP*AP*GP*AP*G)-3')

C: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*CP*TP*TP*TP*C)-3')

D: Homeotic protein antennapedia

E: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*AP*AP*GP*CP*(C7R)P*AP*TP*TP*AP*GP*AP*G)-3')

F: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*CP*TP*TP*TP*C)-3')

ヘテロ分子

35 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Homeotic protein antennapedia

B: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*AP*AP*GP*CP*(C7R)P*AP*TP*TP*AP*GP*AP*G)-3')

C: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*CP*TP*TP*TP*C)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Homeotic protein antennapedia

E: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*AP*AP*GP*CP*(C7R)P*AP*TP*TP*AP*GP*AP*G)-3')

F: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*CP*TP*TP*TP*C)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.266, 75.888, 93.696
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	17
Space group name H-M	P222₁

詳細

There are two protein:DNA complexes in the a.u.

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AD

#1: タンパク質	Homeotic protein antennapedia 分子量: 7961.297 Da / 分子数: 2 / 変異: C335S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: Antp, CG1028 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02833

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 BECF

#2: DNA鎖	DNA (5'-D(APGPAPAPAPGPCP(C7R)PAPTPTPAPGPAPG)-3') 分子量: 4667.128 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ*: 合成 / 詳細: R-Monothiolated phosphate at Cytidine 8 / 由来: (合成) unidentified (未定義)
#3: DNA鎖	DNA (5'-D(TPCPTPCPTPAPAPTPGPGPCPTPTPTPC)-3') 分子量: 4525.944 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ*: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義)

-
非ポリマー , 3種, 221分子

#4: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.25 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20mM bis-Tris propane, 10mM NiCl2, 4-6% 2-methyl-2,4-pentanediol PH範囲: 6.0 - 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Cryostream
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: CMOS / 日付: 2015年12月9日 / 詳細: Helios
放射	モノクロメーター: Multilayer / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.088→19.3 Å / Num. obs: 48110 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 5.72 % / R_merge(I) obs: 0.0791 / R_sym value: 0.0499 / Net I/σ(I): 11.99
反射シェル	解像度: 2.09→2.19 Å / 冗長度: 4.28 % / R_merge(I) obs: 0.5032 / Mean I/σ(I) obs: 1.84 / % possible all: 92.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10_2155	精密化
SAINT		データ削減
PROTEUM PLUS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4XID

4xid

解像度: 2.088→19.298 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.32

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2424	2390	4.97 %
R_work	0.2181	-	-
obs	0.2193	48110	96.05 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.088→19.298 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1037	1218	30	212	2497

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2479
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.117	3595
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	27.454	1265
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	383
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	248

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0881-2.1307	0.3914	111	0.4013	2085	X-RAY DIFFRACTION	75
2.1307-2.177	0.3511	142	0.3272	2691	X-RAY DIFFRACTION	96
2.177-2.2276	0.3401	144	0.3112	2728	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2276-2.2832	0.2875	148	0.3105	2758	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2832-2.3448	0.3455	143	0.2904	2743	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3448-2.4137	0.2849	145	0.2776	2765	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4137-2.4914	0.3712	140	0.2873	2729	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4914-2.5803	0.2916	146	0.2711	2723	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5803-2.6833	0.2874	143	0.2754	2772	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6833-2.8051	0.3459	142	0.2556	2764	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8051-2.9525	0.2547	141	0.2501	2759	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9525-3.1368	0.2196	144	0.2309	2762	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1368-3.3778	0.254	140	0.1893	2670	X-RAY DIFFRACTION	95
3.3778-3.7155	0.1849	142	0.1729	2716	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7155-4.2481	0.1956	150	0.1661	2750	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2481-5.3334	0.2012	146	0.1672	2775	X-RAY DIFFRACTION	99
5.3334-19.2984	0.2063	123	0.1974	2530	X-RAY DIFFRACTION	89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0496	-0.0397	0.0075	0.0448	-0.0222	0.0184	0.1582	0.2623	0.1354	0.1984	0.1272	-0.1624	0.0791	0.1457	0.0011	0.4573	0.0799	0.0037	0.4652	-0.0086	0.336	24.5127	14.2077	2.2277
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19	0.0162	-0.0055	-0.0048	0.0069	-0.0058	0.0142	0.0408	0.0075	-0.0395	-0.2512	0.0047	-0.0062	0.062	-0.2051	0.0003	0.3138	0.1107	0.0112	0.3624	-0.0234	0.2982	11.9927	18.0322	18.9632
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21	0.0831	-0.0015	-0.0208	0.0142	0.018	0.0212	0.1499	-0.1231	0.0896	-0.1614	0.0402	0.0936	0.123	0.0913	0.001	0.4379	0.107	0.0246	0.3937	-0.0022	0.349	20.2182	10.3899	24.9197
22	0.0035	-0.0022	0.0014	0.01	0.0032	0.0025	-0.0277	0.0137	-0.0558	-0.1041	0.0204	0.0184	0.0113	0.0515	0.0001	0.2922	0.1447	0.0554	0.5342	0.0852	0.3031	24.2705	13.2343	20.0024
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32	0.0278	0.0187	-0.0292	0.0468	-0.0294	0.0305	-0.2376	0.1416	0.1012	0.315	0.1277	0.0693	-0.2533	0.0328	-0.0001	0.4235	0.1583	-0.0221	0.4369	-0.0855	0.3642	13.4773	24.865	34.5979
33	1.5212	-1.1208	-1.0421	1.4442	0.9091	0.7864	-0.3936	0.2932	-0.4005	0.4314	-0.1524	0.1507	-0.307	-0.3038	-0.0906	0.5864	0.1234	-0.0436	0.5925	0.0244	0.5414	19.4752	8.4746	41.414

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:13)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 14:17)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 18:23)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 24:28)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 29:33)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 34:38)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 39:44)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 45:52)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 53:56)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 57:61)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 1:5)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 6:11)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 12:15)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain C and resid 1:7)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain C and resid 8:11)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain C and resid 12:15)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain D and resid 1:10)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain D and resid 11:15)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain D and resid 16:21)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain D and resid 22:25)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain D and resid 26:29)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain D and resid 30:34)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain D and resid 35:39)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain D and resid 40:43)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain D and resid 44:53)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain D and resid 54:57)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain D and resid 58:61)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain E and resid 1:7)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain E and resid 8:11)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain E and resid 12:15)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain F and resid 1:4)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain F and resid 5:8)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain F and resid 9:15)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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タンパク質 , 1種, 2分子 AD

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DNA鎖 , 2種, 4分子 BECF

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非ポリマー , 3種, 221分子

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実験情報

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実験

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試料調製

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)