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- PDB-5jgq: X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with Arg-7 ligand. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jgq
タイトルX-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with Arg-7 ligand.
要素Neuropilin-1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Neuropilin-1 / Angiogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


endothelial tip cell fate specification / basal dendrite development / otic placode development / protein localization to early endosome / basal dendrite arborization / dichotomous subdivision of terminal units involved in salivary gland branching / retina vasculature morphogenesis in camera-type eye / vestibulocochlear nerve structural organization / regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / dorsal root ganglion morphogenesis ...endothelial tip cell fate specification / basal dendrite development / otic placode development / protein localization to early endosome / basal dendrite arborization / dichotomous subdivision of terminal units involved in salivary gland branching / retina vasculature morphogenesis in camera-type eye / vestibulocochlear nerve structural organization / regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / dorsal root ganglion morphogenesis / ventral trunk neural crest cell migration / sympathetic neuron projection guidance / facioacoustic ganglion development / trigeminal ganglion development / neurofilament / trigeminal nerve structural organization / sensory neuron axon guidance / facial nerve structural organization / gonadotrophin-releasing hormone neuronal migration to the hypothalamus / branchiomotor neuron axon guidance / renal artery morphogenesis / postsynapse organization / negative regulation of axon extension involved in axon guidance / VEGF-activated neuropilin signaling pathway / axon extension involved in axon guidance / sympathetic neuron projection extension / vascular endothelial growth factor binding / Neurophilin interactions with VEGF and VEGFR / endothelial cell chemotaxis / motor neuron migration / neural crest cell migration involved in autonomic nervous system development / sympathetic ganglion development / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / axonogenesis involved in innervation / CHL1 interactions / vascular endothelial growth factor receptor activity / outflow tract septum morphogenesis / regulation of vesicle-mediated transport / Signaling by ROBO receptors / semaphorin receptor complex / angiogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / neuropilin signaling pathway / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / coronary artery morphogenesis / substrate-dependent cell migration, cell extension / semaphorin receptor activity / CRMPs in Sema3A signaling / commissural neuron axon guidance / axonal fasciculation / cell migration involved in sprouting angiogenesis / regulation of Cdc42 protein signal transduction / motor neuron axon guidance / sprouting angiogenesis / neural crest cell migration / positive regulation of filopodium assembly / artery morphogenesis / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / branching involved in blood vessel morphogenesis / retinal ganglion cell axon guidance / positive chemotaxis / positive regulation of smooth muscle cell migration / cytokine binding / growth factor binding / sorting endosome / positive regulation of focal adhesion assembly / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / semaphorin-plexin signaling pathway / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / vasculogenesis / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / coreceptor activity / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of stress fiber assembly / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of endothelial cell migration / GTPase activator activity / Signal transduction by L1 / axon guidance / integrin-mediated signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / animal organ morphogenesis / mitochondrial membrane / neuron migration / response to wounding / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / cell-cell signaling / heparin binding / cytoplasmic vesicle / angiogenesis / postsynaptic membrane / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Attachment and Entry / early endosome / receptor complex / neuron projection
類似検索 - 分子機能
Neuropilin / Neuropilin, C-terminal / C-terminal domain of neuropilin glycoprotein / MAM domain signature. / Domain in meprin, A5, receptor protein tyrosine phosphatase mu (and others) / : / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. ...Neuropilin / Neuropilin, C-terminal / C-terminal domain of neuropilin glycoprotein / MAM domain signature. / Domain in meprin, A5, receptor protein tyrosine phosphatase mu (and others) / : / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N~2~-(benzenecarbonyl)-L-arginine / Neuropilin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Fotinou, C. / Rana, R. / Djordjevic, S. / Yelland, T.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2018
タイトル: Architecture and hydration of the arginine-binding site of neuropilin-1.
著者: Mota, F. / Fotinou, C. / Rana, R.R. / Chan, A.W.E. / Yelland, T. / Arooz, M.T. / O'Leary, A.P. / Hutton, J. / Frankel, P. / Zachary, I. / Selwood, D. / Djordjevic, S.
履歴
登録2016年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年4月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuropilin-1
B: Neuropilin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1914
ポリマ－35,8352
非ポリマー3562
水5,008278
1
A: Neuropilin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9952
ポリマ－17,9171
非ポリマー781
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Neuropilin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1962
ポリマ－17,9171
非ポリマー2781
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.789, 89.568, 41.385
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.57, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 274 - 426 / Label seq-ID: 5 - 157

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Neuropilin-1 / Vascular endothelial cell growth factor 165 receptor


分子量: 17917.291 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NRP1, NRP, VEGF165R / プラスミド: pET15B-TEV-NRP1B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta-gami2 (DE3)pLysS / 参照: UniProt: O14786
#2: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-6JY / N~2~-(benzenecarbonyl)-L-arginine / Nα-ベンゾイル-L-アルギニン


分子量: 278.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H18N4O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.04 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9 / 詳細: 18%PEG3350+0.2M NH4Cl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→40.92 Å / Num. obs: 37578 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.442 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 75.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1kex

1kex


解像度: 1.6→44.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 3.589 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.089 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19304 1853 4.9 %RANDOM
Rwork0.16056 ---
obs0.16219 35677 96.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.591 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1 Å20 Å2-1.51 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→44.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2489 0 24 278 2791
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.022613
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.022448
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8641.9413552
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4792.995654
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1885322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.43424.31116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.99815451
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4891514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.2385
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0212955
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02605
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4561.4171262
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4521.4161260
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1532.1191577
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.1522.121578
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3311.7171351
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.331.7181352
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.5932.4611971
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.32712.7092988
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.32612.7142989
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 18000 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.14 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.191 83 -
Rwork0.241 2105 -
obs--76.48 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.51310.0389-0.00610.57320.2440.1651-0.0687-0.00640.0549-0.06130.01540.0851-0.00550.02670.05320.02040.0057-0.01090.00980.00490.027475.1467-21.985157.3928
20.3609-0.44610.16440.5814-0.29420.40540.062-0.0221-0.017-0.10480.02420.04280.0708-0.0068-0.08620.0523-0.0091-0.01560.00320.00070.018155.3931-44.536842.8747
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A270 - 427
2X-RAY DIFFRACTION2B274 - 427

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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