PDB-5je3: Crystal structure of Burkholderia glumae ToxA Y7A mutant with bou...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5je3

タイトル

Crystal structure of Burkholderia glumae ToxA Y7A mutant with bound S-adenosylhomocysteine (SAH)

要素

Methyl transferase

キーワード

TRANSFERASE / N-methyltransferase / S-adenosylmethionine (SAM) / Mutant / Product complex

機能・相同性

Methyltransferase domain 25 / Methyltransferase domain / methyltransferase activity / methylation / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Methyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Burkholderia glumae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.792 Å

データ登録者

Fenwick, M.K. / Philmus, B. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.

資金援助

米国, 5件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM73220	米国
Robert A. Welch Foundation	A-0034	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM103403	米国
Department of Energy (DOE, United States)	DE-AC02-06CH11357	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM103485	米国

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Burkholderia glumae ToxA Is a Dual-Specificity Methyltransferase That Catalyzes the Last Two Steps of Toxoflavin Biosynthesis.
著者: Fenwick, M.K. / Philmus, B. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.

履歴

登録	2016年4月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年5月25日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: citation / pdbx_audit_support ...citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.pdbx_keywords
改定 1.3	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5je3.cif.gz	206.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5je3.ent.gz	165.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5je3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5je3_validation.pdf.gz	966.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5je3_full_validation.pdf.gz	967.4 KB	表示
XML形式データ	5je3_validation.xml.gz	24.2 KB	表示
CIF形式データ	5je3_validation.cif.gz	36.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/5je3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/5je3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5jdyC 5jdzC 5je0C 5je1C 5je2C 5je4C 5je5C 5je6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5jdz-3 1ny1-1 6lv3-d 3gwn-d 5je2-2 1a8l-d 3dtv-4 1yzh-2 3h7y-2 5je4-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Methyl transferase

B: Methyl transferase

ヘテロ分子

56.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Methyl transferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Methyl transferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	47.071, 67.265, 144.757
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Methyl transferase / Methyltransferase / Putative ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase / TRP-1 分子量: 27727.182 Da / 分子数: 2 / 変異: Y7A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia glumae (バクテリア) 遺伝子: toxA / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9LBJ0
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 552 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.47 % / 解説: Plate
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 18 - 23% polyethylene glycol monomethyl ether 2000, 100 mM Tris, pH 6.1 - 6.8, and 6 mM SAH PH範囲: 6.1 - 6.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.79→33.7 Å / Num. obs: 43376 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.059 / Net I/av σ(I): 27 / Net I/σ(I): 16.6
反射シェル	解像度: 1.79→1.87 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10-2155-000)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Burkholderia glumae ToxA with bound SAH and 1,6-didemethyltoxoflavin

解像度: 1.792→33.694 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 23.11

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2111	2122	4.9 %
R_work	0.1656	-	-
obs	0.1678	43335	98.28 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.792→33.694 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3509	0	52	552	4113

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3728
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.924	5054
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.799	2178
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	516
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	662

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7917-1.8334	0.2509	110	0.2286	2128	X-RAY DIFFRACTION	77
1.8334-1.8792	0.2913	148	0.2089	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8792-1.93	0.2608	139	0.2052	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
1.93-1.9868	0.2271	134	0.1917	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9868-2.0509	0.2217	135	0.176	2791	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0509-2.1242	0.2016	146	0.1752	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1242-2.2093	0.2584	169	0.1682	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2093-2.3098	0.197	129	0.1782	2787	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3098-2.4315	0.2223	139	0.1752	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4315-2.5838	0.2363	132	0.1803	2814	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5838-2.7832	0.2313	158	0.1712	2780	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7832-3.0631	0.234	147	0.1717	2790	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0631-3.506	0.1824	156	0.1534	2815	X-RAY DIFFRACTION	100
3.506-4.4156	0.187	118	0.1348	2888	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4156-33.7001	0.1847	162	0.1592	2965	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.7044	-0.4194	-0.1366	2.2865	0.9819	4.4394	0.0278	0.3572	-0.0161	-0.0883	-0.0544	0.1295	-0.0271	-0.5036	0.0107	0.13	0.0019	-0.0208	0.1818	0.0022	0.1326	17.2374	28.1797	80.3139
2	8.1332	1.0175	1.9093	6.6025	0.7543	8.2343	-0.3754	0.0956	1.1459	-0.1019	0.1743	0.7138	-1.1227	-0.4974	0.0537	0.2854	0.1294	0.0382	0.2575	0.001	0.4616	9.0282	40.5086	85.9455
3	2.2728	-0.3851	0.4323	5.3444	-0.6083	5.2556	-0.2371	-0.4685	-0.0897	0.5268	0.2281	0.4174	-0.1725	-0.3581	-0.0154	0.1897	0.0118	0.0683	0.261	-0.0264	0.1811	14.5913	29.0256	93.4328
4	4.352	1.4973	-0.7381	3.2515	-1.1477	2.04	-0.1191	-0.0066	0.1171	0.062	0.0347	-0.1413	0.006	0.1257	0.0735	0.1329	0.0062	-0.0194	0.1364	-0.017	0.1029	29.8863	28.8712	88.0846
5	4.3362	0.7798	0.8579	4.2902	-1.6196	2.4046	-0.0593	-0.3408	0.8772	0.2538	-0.0038	0.3974	-0.5044	-0.028	0.156	0.2953	-0.0504	-0.0326	0.2353	-0.0414	0.3967	35.6738	42.7187	84.7794
6	2.2607	-1.1403	1.7005	3.6301	-3.4783	3.2718	0.0651	0.1198	-0.2078	-0.1447	0.0116	-0.0222	0.4698	0.389	-0.1139	0.147	0.0152	0.0145	0.1951	-0.0132	0.1835	33.9845	24.0032	81.2986
7	2.3621	-0.9474	1.0424	2.2699	-1.7236	7.1734	-0.0432	0.5438	0.4881	-0.5763	0.2059	0.3414	0.1488	0.5532	-0.1196	0.209	-0.0485	-0.0297	0.2664	0.0365	0.1975	34.4696	31.9973	72.4793
8	3.5702	0.4762	0.0293	1.7844	-0.352	3.6539	0.2338	-0.8649	-0.1345	0.0717	-0.3384	0.0079	0.1387	0.1001	-0.0931	0.182	-0.0163	-0.0071	0.2706	0.0578	0.1449	26.627	27.5821	49.9556
9	4.1052	0.2274	0.4247	3.6617	-1.048	5.1504	0.0212	-0.0462	0.1782	-0.1738	-0.1147	-0.3441	-0.1088	0.3635	0.0973	0.1566	0.0196	0.0516	0.1186	0.0235	0.1758	34.3525	32.2289	41.1523
10	4.7618	-1.3678	-0.5859	3.7041	0.8662	2.229	-0.0341	-0.1375	-0.0018	-0.1341	-0.0432	0.1454	0.116	-0.2226	0.0633	0.1736	-0.0278	-0.0211	0.1521	0.0143	0.117	16.967	28.9132	40.2372
11	2.4499	-0.3314	2.2497	2.6505	1.2467	9.2884	0.0499	-0.3896	0.4191	0.4102	-0.3014	0.3235	-0.7715	0.2496	0.3163	0.3277	-0.1246	0.0268	0.2828	-0.0551	0.2956	8.3925	43.5037	44.9011
12	2.777	-1.0949	-0.2171	2.0934	-0.6713	4.4806	0.2043	-0.1533	0.1979	0.1441	-0.3044	-0.12	-0.3679	0.172	0.0715	0.1888	-0.0811	-0.046	0.2123	0.0074	0.1819	11.3361	36.0242	40.5866
13	1.1801	-0.3698	0.4871	2.0068	1.107	6.7037	0.0109	-0.5968	-0.261	0.282	-0.1023	0.0534	0.6977	-0.2805	-0.0157	0.2126	-0.067	0.0039	0.3614	0.0631	0.1942	14.6252	24.3279	53.5933
14	1.4293	-0.2473	0.0009	2.0147	0.2794	5.4838	-0.0962	-0.445	0.1087	0.596	0.1729	-0.0195	0.1455	-0.5151	-0.0207	0.202	-0.0258	0.0002	0.3656	0.0059	0.166	12.1167	32.1028	56.2301

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 23 through 71 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 72 through 85 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 86 through 106 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 107 through 156 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 157 through 193 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 194 through 222 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 223 through 245 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 23 through 51 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 52 through 106 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 107 through 156 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 157 through 171 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 172 through 204 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 205 through 222 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 223 through 245 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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万見 (Yorodumi)