PDB-5je2: Crystal structure of Burkholderia glumae ToxA Y7F mutant with bou...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5je2

タイトル

Crystal structure of Burkholderia glumae ToxA Y7F mutant with bound S-adenosylhomocysteine (SAH)

要素

Methyl transferase

キーワード

TRANSFERASE / N-methyltransferase / S-adenosylmethionine (SAM) / Mutant / Product complex

機能・相同性

Methyltransferase domain 25 / Methyltransferase domain / methyltransferase activity / methylation / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Methyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Burkholderia glumae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.519 Å

データ登録者

Fenwick, M.K. / Philmus, B. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.

資金援助

米国, 5件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM73220	米国
Robert A. Welch Foundation	A-0034	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM103403	米国
Department of Energy (DOE, United States)	DE-AC02-06CH11357	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM103485	米国

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Burkholderia glumae ToxA Is a Dual-Specificity Methyltransferase That Catalyzes the Last Two Steps of Toxoflavin Biosynthesis.
著者: Fenwick, M.K. / Philmus, B. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.

履歴

登録	2016年4月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年5月25日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: citation / pdbx_audit_support ...citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.pdbx_keywords
改定 1.3	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5je2.cif.gz	233.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5je2.ent.gz	184.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5je2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5je2_validation.pdf.gz	953.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5je2_full_validation.pdf.gz	953.9 KB	表示
XML形式データ	5je2_validation.xml.gz	30 KB	表示
CIF形式データ	5je2_validation.cif.gz	48.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/5je2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/5je2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5jdyC 5jdzC 5je0C 5je1C 5je3C 5je4C 5je5C 5je6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4wxq-d 6rug-d 6rve-d 5wjh-d 3s75-d 6nax-2 6k2x-d 5xpt-d 3m5s-d 2prk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Methyl transferase

B: Methyl transferase

ヘテロ分子

57.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Methyl transferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Methyl transferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.936, 70.974, 77.754
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.52, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Methyl transferase / Methyltransferase / Putative ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase / TRP-1 分子量: 27803.277 Da / 分子数: 2 / 変異: Y7F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia glumae (バクテリア) 遺伝子: toxA / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9LBJ0

#1: タンパク質

Methyl transferase / Methyltransferase / Putative ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase / TRP-1

分子量: 27803.277 Da / 分子数: 2 / 変異: Y7F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Burkholderia glumae (バクテリア)
遺伝子: toxA / プラスミド: pET28 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9LBJ0

-
非ポリマー , 5種, 984分子

#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 976 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.89 % / 解説: Rod/Needle
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 18 - 23% polyethylene glycol monomethyl ether 2000, 100 mM Tris, pH 6.1 - 6.8, and 6 mM SAH PH範囲: 6.1 - 6.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.519→29.123 Å / Num. obs: 73380 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.036 / Net I/av σ(I): 30.1 / Net I/σ(I): 22.2
反射シェル	解像度: 1.52→1.57 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.109 / Mean I/σ(I) obs: 9.1 / % possible all: 93.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Burkholderia glumae ToxA

解像度: 1.519→29.123 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 13.82 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1538	3610	4.92 %
R_work	0.1278	-	-
obs	0.1291	73355	99.07 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.519→29.123 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3844	0	98	976	4918

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4315
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.017	5867
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.973	2549
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	588
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	788

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5188-1.5388	0.1858	121	0.1452	2360	X-RAY DIFFRACTION	87
1.5388-1.5599	0.1796	133	0.1329	2575	X-RAY DIFFRACTION	95
1.5599-1.5821	0.1636	129	0.1221	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5821-1.6058	0.1409	121	0.1182	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6058-1.6308	0.1683	123	0.1207	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6308-1.6576	0.16	136	0.1206	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6576-1.6862	0.1283	125	0.1233	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6862-1.7168	0.1627	156	0.1245	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7168-1.7498	0.1589	144	0.1268	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7498-1.7855	0.1461	139	0.1321	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7855-1.8244	0.1681	151	0.1332	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8244-1.8668	0.1794	163	0.1323	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8668-1.9135	0.1573	131	0.136	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9135-1.9652	0.1501	134	0.1288	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9652-2.023	0.1465	135	0.1293	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
2.023-2.0883	0.1512	139	0.1299	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0883-2.1629	0.1521	158	0.1256	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1629-2.2495	0.1358	154	0.1246	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2495-2.3518	0.1678	118	0.1305	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3518-2.4757	0.1586	136	0.1351	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4757-2.6308	0.1886	167	0.1378	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6308-2.8337	0.1759	153	0.1371	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8337-3.1186	0.1499	134	0.1363	2698	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1186-3.5692	0.1468	135	0.1233	2702	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5692-4.4941	0.1343	145	0.1078	2727	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4941-29.1282	0.1215	130	0.1281	2747	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.459	-0.3946	-0.0583	0.9984	-0.1913	1.6221	0.0182	0.041	-0.0191	-0.0284	-0.0063	-0.0439	-0.0575	0.0477	-0.0009	0.0085	-0.0074	-0.0014	0.0486	-0.0035	0.0466	21.675	18.4563	12.0028
2	2.4098	0.3452	0.1997	1.525	0.3279	1.2023	-0.0007	-0.0152	-0.1363	0.0084	0.0254	-0.086	0.0185	0.0825	-0.0164	0.0264	0.0072	-0.0057	0.0424	0.0015	0.0399	27.2914	9.4163	14.4133
3	1.2808	-0.0761	0.5547	0.5805	-0.0129	1.6208	0.0122	-0.0226	-0.089	0.0384	-0.0254	0.0288	0.0392	0.0063	-0.0004	0.0266	0.0034	0.0081	0.0296	-0.0071	0.0351	12.042	15.4117	20.5855
4	0.7997	0.1747	-0.4111	0.6728	-0.4295	1.111	-0.0034	0.043	-0.0093	0.0218	-0.0062	0.0251	-0.0364	-0.0025	0.0106	0.0229	0.0169	-0.0047	0.0389	-0.0057	0.0399	9.2243	23.7678	11.8456
5	0.7368	-0.2313	0.2517	1.1531	0.0575	1.3588	0.028	0.0369	0.0575	-0.0742	-0.0087	-0.0563	-0.091	0.0457	0.0064	0.0218	-0.0028	0.011	0.0418	-0.001	0.0422	2.5899	51.6787	22.6217
6	2.072	-0.0314	0.3716	1.1851	-0.3403	1.865	0.0076	0.0944	0.0347	-0.0414	-0.0145	-0.0436	-0.0586	0.1604	-0.0016	0.0274	0.003	0.0059	0.0327	-0.0044	0.0322	9.2352	46.1912	18.0757
7	1.1013	0.0855	-0.5101	0.628	-0.0639	0.6354	-0.0186	0.0665	-0.1122	-0.002	-0.0129	0.049	0.0524	-0.0441	0.0259	0.0413	-0.0015	-0.0087	0.0332	-0.0057	0.0392	-3.9069	38.6387	22.8448
8	0.5425	0.0681	-0.0317	1.0343	0.0863	0.4975	-0.0046	0.0258	0.0468	-0.0459	0.0012	0.0315	-0.0369	-0.0349	0.0068	0.0369	0.0027	0.0015	0.0337	-0.0011	0.0329	-9.4117	54.7258	27.4785

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 51 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 52 through 98 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 99 through 156 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 157 through 245 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 5 through 51 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 52 through 85 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 86 through 133 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 134 through 245 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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