PDB-5je1: Crystal structure of Burkholderia glumae ToxA with bound S-adenos...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5je1

タイトル

Crystal structure of Burkholderia glumae ToxA with bound S-adenosylhomocysteine (SAH) and toxoflavin

要素

Methyl transferase

キーワード

TRANSFERASE / N-methyltransferase / S-adenosylmethionine (SAM) / Product complex / Toxin

機能・相同性

Methyltransferase domain 25 / Methyltransferase domain / methyltransferase activity / methylation / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Chem-TOF / Methyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Burkholderia glumae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Fenwick, M.K. / Philmus, B. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.

資金援助

米国, 5件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM73220	米国
Robert A. Welch Foundation	A-0034	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM103403	米国
Department of Energy (DOE, United States)	DE-AC02-06CH11357	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM103485	米国

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Burkholderia glumae ToxA Is a Dual-Specificity Methyltransferase That Catalyzes the Last Two Steps of Toxoflavin Biosynthesis.
著者: Fenwick, M.K. / Philmus, B. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.

履歴

登録	2016年4月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年5月25日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: citation / pdbx_audit_support ...citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.pdbx_keywords
改定 1.3	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5je1.cif.gz	222.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5je1.ent.gz	177.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5je1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/5je1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/5je1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5jdyC 5jdzC 5je0C 5je2C 5je3C 5je4C 5je5C 5je6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6lv3-d 3bgi-1 3vhn-5 3amn-1 5lyo-2 1gl0-d 4gaw-4 3amp-2 3wq7-1 3vhp-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Methyl transferase

B: Methyl transferase

ヘテロ分子

56.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Methyl transferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Methyl transferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.699, 45.567, 74.907
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.98, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Methyl transferase / Methyltransferase / Putative ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase / TRP-1 分子量: 27819.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia glumae (バクテリア) 遺伝子: toxA / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9LBJ0
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-TOF / 1,6-dimethylpyrimido[5,4-e][1,2,4]triazine-5,7(1H,6H)-dione / Toxoflavin / トキソフラビン分子量: 193.163 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₇N₅O₂ / コメント: 抗生剤, 毒素*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 645 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.91 % / 解説: Rod
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 18 - 23% polyethylene glycol monomethyl ether 2000, 100 mM Tris, pH 6.1 - 6.8, 6 mM SAH, and 1 mM toxoflavin PH範囲: 6.1 - 6.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→38.8 Å / Num. obs: 32328 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.103 / Net I/av σ(I): 9.9 / Net I/σ(I): 12.2
反射シェル	解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.523 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 83.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10-2155-000)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Burkholderia glumae ToxA with bound SAH and 1,6-didemethyltoxoflavin

解像度: 1.95→38.799 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.27

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2062	1619	5.01 %
R_work	0.146	-	-
obs	0.1491	32310	95.47 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→38.799 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3871	0	80	645	4596

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4084
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.858	5544
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.215	2360
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	565
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	726

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9486-2.0059	0.3071	125	0.2178	2093	X-RAY DIFFRACTION	79
2.0059-2.0707	0.2485	145	0.1942	2481	X-RAY DIFFRACTION	93
2.0707-2.1447	0.2466	127	0.1769	2638	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1447-2.2305	0.2365	143	0.1672	2620	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2305-2.332	0.2033	144	0.1664	2624	X-RAY DIFFRACTION	99
2.332-2.455	0.2315	117	0.1533	2639	X-RAY DIFFRACTION	99
2.455-2.6087	0.2563	122	0.156	2650	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6087-2.8101	0.2123	110	0.1505	2650	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8101-3.0928	0.2182	145	0.1415	2584	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0928-3.5401	0.1872	149	0.1282	2586	X-RAY DIFFRACTION	96
3.5401-4.4591	0.1651	152	0.106	2543	X-RAY DIFFRACTION	95
4.4591-38.8068	0.156	140	0.1283	2583	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.4567	1.3054	5.4803	4.0301	1.5564	7.7476	-0.0763	0.2876	0.0269	-0.4066	0.0886	-0.041	0.3059	0.1755	-0.0787	0.133	-0.0054	0.0493	0.1116	0.0218	0.0935	52.4653	20.5106	35.3118
2	1.5602	0.2273	0.8302	1.5691	1.3916	1.5622	0.0265	-0.1734	-0.143	0.0245	0.025	-0.0273	0.1016	0.017	-0.0114	0.1047	0.0034	0.0091	0.0673	0.0328	0.0909	46.3097	14.024	51.0779
3	1.3018	-0.1901	1.2573	2.611	-1.5839	5.2894	0.0949	-0.0434	-0.203	0.054	0.1692	0.0977	0.1846	0.0194	-0.2189	0.0932	0.0004	0.0045	0.0552	-0.0084	0.1056	45.3003	8.0063	45.1737
4	5.1319	-2.3087	0.9155	7.0805	-3.7594	6.1093	0.0217	0.3804	-0.2138	-0.4854	-0.3251	-0.5226	0.391	0.5075	0.2338	0.1971	0.0218	0.0579	0.1173	-0.012	0.1123	50.4121	7.7714	34.376
5	2.6481	0.061	0.3073	1.4674	-0.7273	2.8415	0.0058	0.1191	-0.1207	-0.091	0.0001	0.3412	0.1033	-0.2584	-0.0263	0.1247	-0.031	-0.0501	0.0925	-0.012	0.1625	36.1684	9.9322	39.1978
6	2.3757	0.5757	-0.247	2.1019	-0.1621	1.3515	-0.0167	0.0626	0.136	-0.0711	-0.0047	0.1206	-0.1549	-0.1234	0.0129	0.0875	0.0234	-0.0225	0.0789	-0.0006	0.0554	41.6965	28.1598	44.9092
7	5.3831	0.2529	1.656	1.6489	0.2107	1.8325	-0.1183	-0.3076	-0.0139	0.1826	0.0219	0.0177	-0.0353	-0.0801	0.072	0.1103	0.0516	-0.0078	0.0889	-0.0252	0.0739	48.2269	25.9934	57.1458
8	3.2972	1.4027	4.9381	6.2229	0.9336	8.5932	-0.1709	0.6168	0.6759	-0.4143	-0.0005	-0.3037	-0.5408	0.5927	0.1949	0.2869	0.0081	0.0379	0.2454	0.0283	0.1519	81.0291	19.0932	56.2782
9	2.3113	1.4162	1.4817	3.7717	-0.9344	5.7407	-0.1148	0.1027	-0.106	-0.2724	0.1598	-0.0688	0.2321	0.0107	-0.0731	0.0545	0.0136	-0.0323	0.1202	-0.0296	0.1408	66.1612	14.004	64.8047
10	3.0997	-1.4529	-1.2259	2.5622	0.3455	2.8658	-0.1808	-0.0984	0.2999	-0.007	0.0979	0.1721	-0.0804	-0.1872	0.0518	0.0765	0.0142	-0.0311	0.0875	-0.0173	0.1473	72.6207	24.0905	71.6634
11	6.0501	-6.7168	-0.2857	8.3436	0.6301	4.5008	0.3863	0.7832	0.5575	-0.9283	-0.1962	0.0082	-0.4891	-0.2915	-0.0815	0.2156	0.0182	0.0014	0.1455	0.1022	0.2769	81.1703	30.359	62.7139
12	1.7132	-0.4024	0.4107	1.5062	0.1387	1.3077	0.0668	0.1307	-0.0524	-0.0591	-0.0266	-0.086	-0.0639	0.0719	-0.0534	0.0581	0.007	-0.0087	0.0953	0.0045	0.0754	80.5075	9.5276	68.2551
13	2.1982	-0.0065	2.4819	1.1023	0.0774	4.3114	0.1109	-0.0603	-0.1515	-0.0802	-0.031	0.2647	-0.0892	-0.2592	-0.0614	0.0694	0	-0.0245	0.1201	-0.0128	0.1581	66.1345	5.5954	64.5472

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 21 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 22 through 51 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 52 through 71 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 72 through 85 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 86 through 106 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 107 through 203 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 204 through 245 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 4 through 21 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 22 through 35 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 36 through 71 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 72 through 85 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 86 through 203 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 204 through 245 )

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