ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | (1.10.1_2155)精密化 | XDS | | データ削減 | SCALA | | データスケーリング | PHASER | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5DMD 解像度: 1.801→43.524 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.76
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2448 | 983 | 4.82 % | RANDOM |
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Rwork | 0.227 | - | - | - |
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obs | 0.2279 | 20382 | 99.75 % | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.801→43.524 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1131 | 0 | 0 | 95 | 1226 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.012 | 1162 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.473 | 1579 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d15.316 | 698 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.086 | 188 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.007 | 201 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
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1.8012-1.8961 | 0.3171 | 125 | 0.2916 | 2691 | X-RAY DIFFRACTION | 99 | 1.8961-2.0149 | 0.2625 | 157 | 0.246 | 2704 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.0149-2.1705 | 0.2734 | 130 | 0.2402 | 2739 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.1705-2.3889 | 0.264 | 131 | 0.2328 | 2755 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.3889-2.7345 | 0.2629 | 138 | 0.2281 | 2756 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.7345-3.445 | 0.2358 | 148 | 0.2319 | 2815 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 3.445-43.5367 | 0.2299 | 154 | 0.2143 | 2939 | X-RAY DIFFRACTION | 100 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 2.8364 Å / Origin y: -0.084 Å / Origin z: 16.0075 Å
| 11 | 12 | 13 | 21 | 22 | 23 | 31 | 32 | 33 |
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T | 0.2778 Å2 | 0.0415 Å2 | 0.0084 Å2 | - | 0.2292 Å2 | 0.029 Å2 | - | - | 0.3136 Å2 |
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L | 1.7342 °2 | 0.039 °2 | -0.2928 °2 | - | 5.5845 °2 | -1.8698 °2 | - | - | 2.5804 °2 |
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S | 0.0173 Å ° | 0.0223 Å ° | -0.0645 Å ° | -0.3009 Å ° | -0.2349 Å ° | -0.436 Å ° | 0.0504 Å ° | 0.1589 Å ° | 0.0332 Å ° |
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |
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