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- PDB-5bpz: Atomic-resolution structures of the APC/C subunits Apc4 and the A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bpz
タイトルAtomic-resolution structures of the APC/C subunits Apc4 and the Apc5 N-terminal domain
要素Anapc5 protein
キーワードCELL CYCLE / Apc5 / APC/C / anaphase promoting complex
機能・相同性
機能・相同性情報


anaphase-promoting complex / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / protein K11-linked ubiquitination / spindle / cell division / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Anaphase-promoting complex subunit 5, N-terminal domain / Anaphase-promoting complex subunit 5 domain / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Anaphase-promoting complex subunit 5
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Cronin, N. / Yang, J. / Zhang, Z. / Barford, D.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Cancer Research UKC576/A14109 英国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Atomic-Resolution Structures of the APC/C Subunits Apc4 and the Apc5 N-Terminal Domain.
著者: Cronin, N.B. / Yang, J. / Zhang, Z. / Kulkarni, K. / Chang, L. / Yamano, H. / Barford, D.
履歴
登録2015年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月23日Group: Database references
改定 1.22015年10月7日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anapc5 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5783
ポリマ－19,4541
非ポリマー1242
水86548
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area460 Å2
ΔGint7 kcal/mol
Surface area8340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.972, 57.297, 63.616
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Anapc5 protein


分子量: 19453.600 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminus, UNP residues 1-162 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: anapc5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q0IH16
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.53 % / 解説: Blocks
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: The protein was concentrated to 3.4 mg/mL. Plate-like crystals were grown in a buffer containing 40 mM sodium propionate, 20 mM sodium cacodylate, 40 mM Bis-Tris propane (pH 7.0) and 25% ...詳細: The protein was concentrated to 3.4 mg/mL. Plate-like crystals were grown in a buffer containing 40 mM sodium propionate, 20 mM sodium cacodylate, 40 mM Bis-Tris propane (pH 7.0) and 25% PEG1500. Larger crystals were obtained by seeding.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1.0081 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0081 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→63.63 Å / Num. all: 8213 / Num. obs: 8213 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 28.5
反射 シェル解像度: 2.18→2.24 Å / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 0.663 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 590 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化解像度: 2.18→63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9353 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9208 / SU R Cruickshank DPI: 0.283 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.303 / SU Rfree Blow DPI: 0.195 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.192
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2263 395 4.93 %RANDOM
Rwork0.2113 ---
obs0.2122 8007 99.63 %-
原子変位パラメータBiso max: 145.33 Å2 / Biso mean: 59.49 Å2 / Biso min: 27.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.047 Å20 Å20 Å2
2---12.5723 Å20 Å2
3---0.5253 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.372 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.18→63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1138 0 14 48 1200
Biso mean--62.52 58.68 -
残基数----133
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.46 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2759 113 5.13 %
Rwork0.2304 2090 -
all0.2327 2203 -
obs--99.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.8401-3.54290.47781.42311.16411.30270.0337-0.21660.2715-0.0627-0.0086-0.2161-0.0978-0.1025-0.025-0.13670.01590.03320.00330.0476-0.061231.45639.962613.3105
210.0196-0.48311.24593.5715-0.52183.73890.0781-0.815-0.7339-0.11910.08380.04420.0722-0.1284-0.162-0.20820.0175-0.0086-0.10790.0656-0.102824.194210.337314.3409
38.78962.90754.65482.12112.10645.06890.1484-1.1351-0.04040.104-0.1076-0.1123-0.0827-0.0899-0.0408-0.23880.0426-0.00040.2170.0193-0.138922.731514.592420.9746
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|29 - A|58 }A29 - 58
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|59 - A|117 }A59 - 117
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|118 - A|168 }A118 - 168

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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