+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5j7u | ||||||
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Title | Faustovirus major capsid protein | ||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN / virus / capsid / double jelly-roll | ||||||
Function / homology | Group II dsDNA virus coat/capsid protein / Putative major capsid protein p72 Function and homology information | ||||||
Biological species | Faustovirus | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.44 Å | ||||||
Authors | Klose, T. / Rossmann, M.G. | ||||||
Citation | Journal: Proc Natl Acad Sci U S A / Year: 2016 Title: Structure of faustovirus, a large dsDNA virus. Authors: Thomas Klose / Dorine G Reteno / Samia Benamar / Adam Hollerbach / Philippe Colson / Bernard La Scola / Michael G Rossmann / Abstract: Many viruses protect their genome with a combination of a protein shell with or without a membrane layer. Here we describe the structure of faustovirus, the first DNA virus (to our knowledge) that ...Many viruses protect their genome with a combination of a protein shell with or without a membrane layer. Here we describe the structure of faustovirus, the first DNA virus (to our knowledge) that has been found to use two protein shells to encapsidate and protect its genome. The crystal structure of the major capsid protein, in combination with cryo-electron microscopy structures of two different maturation stages of the virus, shows that the outer virus shell is composed of a double jelly-roll protein that can be found in many double-stranded DNA viruses. The structure of the repeating hexameric unit of the inner shell is different from all other known capsid proteins. In addition to the unique architecture, the region of the genome that encodes the major capsid protein stretches over 17,000 bp and contains a large number of introns and exons. This complexity might help the virus to rapidly adapt to new environments or hosts. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5j7u.cif.gz | 2.8 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5j7u.ent.gz | 2.4 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5j7u.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5j7u_validation.pdf.gz | 568 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5j7u_full_validation.pdf.gz | 623.9 KB | Display | |
Data in XML | 5j7u_validation.xml.gz | 258.8 KB | Display | |
Data in CIF | 5j7u_validation.cif.gz | 356.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/5j7u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/5j7u | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8144C 8145C 5j7oSC 5j7vC C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 71781.891 Da / Num. of mol.: 12 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Faustovirus / References: UniProt: A0A0H3TLP8*PLUS #2: Protein/peptide | Mass: 1805.216 Da / Num. of mol.: 12 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Faustovirus #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.75 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 1.6 M ammonium sulfate, 10% dioxane |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-D / Wavelength: 1.03318 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 12, 2014 |
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.03318 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.44→78.17 Å / Num. obs: 317565 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Net I/σ(I): 8 |
Reflection shell | Resolution: 2.44→2.5 Å |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 5J7O Resolution: 2.44→72.919 Å / SU ML: 0.36 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / Phase error: 30.61
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.44→72.919 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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