PDB-5j1j: Structure of FleN-AMPPNP complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5j1j

タイトル

Structure of FleN-AMPPNP complex

要素

Site-determining protein

キーワード

TRANSCRIPTION / FleN / Antiactivator / AMPPNP

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of cell division / cytoplasmic side of plasma membrane / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Jain, D. / Chanchal / Banerjee, P.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: ATP-Induced Structural Remodeling in the Antiactivator FleN Enables Formation of the Functional Dimeric Form
著者: Chanchal / Banerjee, P. / Jain, D.

履歴

登録	2016年3月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年3月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5j1j.cif.gz	223.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5j1j.ent.gz	178 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5j1j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5j1j_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5j1j_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	5j1j_validation.xml.gz	27.3 KB	表示
CIF形式データ	5j1j_validation.cif.gz	40.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/5j1j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/5j1j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5jvfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4fr4-2 4d79-2 3wpv-3 6e61-1 6f34-d 6dmf-5 4gi6-2 4go9-2 4go8-2 6dmf-10 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (1) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #73 - 2006年1月トポイソメラーゼ (Topoisomerase) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#108 - 2008年12月
Hsp90 (Hsp90)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#182 - 2015年2月
インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
#238 - 2019年10月
リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#50 - 2004年2月
解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Site-determining protein

B: Site-determining protein

ヘテロ分子

62.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.050, 206.535, 103.118
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-606- HOH
2	1	A-669- HOH
3	1	A-698- HOH
4	1	A-699- HOH
5	1	B-678- HOH
6	1	B-787- HOH

#1: タンパク質	Site-determining protein 分子量: 30484.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 株: PAO1 / 遺伝子: fleN / プラスミド: pGEX-6P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G3XD64
#2: 化合物	ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP 分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₂P₃ コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 572 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.57 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.26M ammonium sulphate, 0.1M sodium cacodylate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 76475 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6 % / Net I/σ(I): 34
反射シェル	解像度: 1.55→1.58 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.55→37.25 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 17.62 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1891	3828	5.02 %
R_work	0.1697	-	-
obs	0.1707	76182	99.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→37.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3921	0	89	572	4582

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4134
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.137	5646
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.603	1524
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	679
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	715

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5502-1.5698	0.2472	128	0.2241	2515	X-RAY DIFFRACTION	95
1.5698-1.5905	0.2171	142	0.21	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5905-1.6123	0.2514	146	0.1971	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6123-1.6353	0.2199	118	0.1929	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6353-1.6597	0.2281	138	0.1927	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6597-1.6856	0.2457	140	0.1865	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6856-1.7133	0.2104	130	0.1801	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7133-1.7428	0.2236	147	0.1756	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7428-1.7745	0.1921	125	0.1667	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7745-1.8086	0.1942	153	0.1642	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8086-1.8456	0.1923	144	0.1671	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8456-1.8857	0.1736	155	0.1622	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8857-1.9295	0.1995	126	0.1628	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9295-1.9778	0.18	141	0.1679	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9778-2.0313	0.1951	166	0.1652	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0313-2.091	0.1843	145	0.1603	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
2.091-2.1585	0.2384	133	0.1646	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1585-2.2357	0.1849	131	0.1557	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2357-2.3252	0.1784	166	0.1583	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3252-2.431	0.1874	141	0.1634	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
2.431-2.5591	0.1886	143	0.1694	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5591-2.7194	0.1628	139	0.172	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7194-2.9293	0.2149	147	0.1726	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9293-3.2239	0.1795	149	0.1771	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2239-3.6901	0.1723	152	0.154	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6901-4.6477	0.1576	144	0.1528	2756	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6477-37.2611	0.2055	139	0.1951	2854	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6622	0.1706	-0.1962	0.8247	0.0598	0.6376	0.0243	0.0208	0.0085	0.0013	-0.0229	-0.0464	-0.0362	0.0382	-0	0.1075	0.0093	-0.0021	0.1163	0.0068	0.0942	41.9892	88.3206	44.5117
2	0.7316	0.0768	-0.1303	0.7706	-0.122	0.5074	0.0226	-0.0494	-0.015	0.1027	-0.0481	-0.0565	-0.0353	0.0299	-0.0016	0.0926	-0.0022	-0.0125	0.0805	0.0074	0.0879	34.7355	66.5731	61.5052

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 277)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 8 through 255 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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