PDB-5jvf: Crystal Structure of Apo-FleN

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5jvf

タイトル

Crystal Structure of Apo-FleN

要素

Site-determining protein

キーワード

TRANSCRIPTION / FleN / Antiactivator / Pseudomonas

機能・相同性

機能・相同性情報

cytoplasmic side of plasma membrane / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.66 Å

データ登録者

Jain, D. / Chanchal / Banerjee, P.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: ATP-Induced Structural Remodeling in the Antiactivator FleN Enables Formation of the Functional Dimeric Form
著者: Chanchal / Banerjee, P. / Jain, D.

履歴

登録	2016年5月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年3月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5jvf.cif.gz	121.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5jvf.ent.gz	94.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5jvf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5jvf_validation.pdf.gz	451.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5jvf_full_validation.pdf.gz	457.5 KB	表示
XML形式データ	5jvf_validation.xml.gz	15.2 KB	表示
CIF形式データ	5jvf_validation.cif.gz	22 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/5jvf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/5jvf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5j1jC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3uhv-d 5ns4-1 3uh3-d 2z85-d 5nnu-3 3uhs-d 3g46-d 2aup-d 2qst-d 3rgi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Site-determining protein

ヘテロ分子

32.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.250, 66.250, 112.870
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-301- IOD
2	1	A-571- HOH

#1: タンパク質	Site-determining protein 分子量: 30484.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 株: PAO1 / 遺伝子: fleN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G3XD64
#2: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION 分子量: 126.904 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.07 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M Ammonium iodide, 20% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.95372 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.66→28.69 Å / Num. obs: 65124 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.3 % / Net I/σ(I): 17.6
反射シェル	解像度: 1.66→1.75 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.66→25.573 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.11 / 位相誤差: 23.2 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2171	3305	5.07 %
R_work	0.1886	-	-
obs	0.1901	65124	99.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.66→25.573 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1997	0	37	227	2261

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2076
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.095	2818
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.346	773
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	339
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	361

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.66-1.6837	0.2964	158	0.2705	2512	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6837-1.7089	0.258	151	0.2582	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7089-1.7356	0.31	136	0.2521	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7356-1.764	0.2683	139	0.2483	2558	X-RAY DIFFRACTION	100
1.764-1.7944	0.3407	124	0.2386	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7944-1.827	0.2709	148	0.2327	2526	X-RAY DIFFRACTION	100
1.827-1.8622	0.2878	136	0.2212	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8622-1.9002	0.2335	151	0.2193	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9002-1.9415	0.2752	112	0.2071	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9415-1.9866	0.2995	131	0.212	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9866-2.0363	0.2406	116	0.1915	2558	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0363-2.0913	0.2576	123	0.2085	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0913-2.1528	0.2421	120	0.1967	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1528-2.2223	0.2529	144	0.2076	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2223-2.3016	0.2647	134	0.2001	2575	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3016-2.3937	0.2483	123	0.2021	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3937-2.5026	0.2028	152	0.1984	2559	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5026-2.6344	0.2282	149	0.202	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6344-2.7993	0.2653	126	0.2013	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7993-3.0151	0.2333	159	0.1852	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0151-3.3179	0.1874	134	0.1828	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3179-3.7967	0.1442	175	0.1509	2521	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7967-4.7783	0.1831	129	0.1476	2594	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7783-25.5758	0.2193	135	0.1942	2347	X-RAY DIFFRACTION	91

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 29.774 Å / Origin y: 1.909 Å / Origin z: 50.341 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.21 Å²	-0.0295 Å²	0.013 Å²	-	0.1703 Å²	0.026 Å²	-	-	0.2169 Å²
L	0.6244 °²	0.194 °²	0.059 °²	-	1.3096 °²	-0.1345 °²	-	-	1.333 °²
S	0.019 Å °	0.1064 Å °	0.0946 Å °	-0.192 Å °	0.118 Å °	0.0613 Å °	0.045 Å °	-0.0675 Å °	-0.1433 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: chain 'A' and (resid 8 through 273 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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