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- PDB-2qst: Crystal structure of the V39C mutant of the N-terminal domain of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qst
タイトルCrystal structure of the V39C mutant of the N-terminal domain of carcinoembryonic antigen (CEA)
要素Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 5
キーワードCELL ADHESION / Glycoprotein / GPI-anchor / Immunoglobulin domain / Lipoprotein / Membrane / Polymorphism
機能・相同性
機能・相同性情報


GPI anchor binding / homotypic cell-cell adhesion / negative regulation of myotube differentiation / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / negative regulation of anoikis / side of membrane / Cell surface interactions at the vascular wall / basolateral plasma membrane ...GPI anchor binding / homotypic cell-cell adhesion / negative regulation of myotube differentiation / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / negative regulation of anoikis / side of membrane / Cell surface interactions at the vascular wall / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / cell surface / protein homodimerization activity / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. ...: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell adhesion molecule CEACAM5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Le Trong, I. / Korotkova, N. / Moseley, S.L. / Stenkamp, R.E.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2008
タイトル: Binding of Dr adhesins of Escherichia coli to carcinoembryonic antigen triggers receptor dissociation.
著者: Korotkova, N. / Yang, Y. / Le Trong, I. / Cota, E. / Demeler, B. / Marchant, J. / Thomas, W.E. / Stenkamp, R.E. / Moseley, S.L. / Matthews, S.
履歴
登録2007年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 999Sequence The sequence was obtained from human cDNA and the authors confirmed that ALA is the ...Sequence The sequence was obtained from human cDNA and the authors confirmed that ALA is the correct sequence. However, the authors do not know if it is a mutation introduced by PCR or whether it is an SNP that results in the different amino acid.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 5
B: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8702
ポリマ－24,8702
非ポリマー00
水19811
1
A: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 5

A: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8702
ポリマ－24,8702
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z1
Buried area1830 Å2
手法PISA
2
B: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 5

B: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8702
ポリマ－24,8702
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555-x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/31
Buried area1260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.228, 127.228, 166.940
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
詳細The two chains in the asymmetric unit (A,B) are parts of two biological units. A (x,y,z) and its crystallographically related partner, A'(x-y,-y,-z) form one dimer. B (x,y,z) and its crystallographically related partner, B' (2/3-x,1/3+y-x,1/3-z) form a similar, but slightly different, dimer.

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要素

#1: タンパク質 Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 5 / Carcinoembryonic antigen / CEA / Meconium antigen 100 / CD66e antigen


分子量: 12435.001 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain of CEA (UNP residues 34-110) / 変異: V39C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CEACAM5, CEA / プラスミド: pET-21d / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P06731
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.47 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 2.5 M NaCl, 0.1 M Tris-HCl, pH 7.0, vapor diffusion, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-002 / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年10月12日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 11745 / Num. obs: 11745 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.228 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 7.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique all: 1152 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
CrystalClearデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2.9→41.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 12.111 / SU ML: 0.229 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.441 / ESU R Free: 0.299 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 556 4.7 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs0.215 11744 99.91 %-
all-11744 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.103 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.51 Å2-1.26 Å20 Å2
2---2.51 Å20 Å2
3---3.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→41.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1832 0 0 11 1843
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0221881
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4581.9542556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3795226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.85325.10298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.58915321
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.824159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2281
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021449
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2310.2886
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3210.21316
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1340.270
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2030.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1530.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6721.51144
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.20221830
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.153826
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9954.5726
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.974 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.429 28 -
Rwork0.35 822 -
all-850 -
obs--99.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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