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- PDB-2ver: Structural model for the complex between the Dr adhesins and carc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ver
タイトルStructural model for the complex between the Dr adhesins and carcinoembryonic antigen (CEA)
要素
  • AFIMBRIAL ADHESIN AFA-III
  • ARCINOEMBRYONIC ANTIGEN-RELATED CELL ADHESION MOLECULE 5
キーワードCELL ADHESION / MEMBRANE / FIMBRIUM / GPI-ANCHOR / LIPOPROTEIN / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN / CELL PROJECTION
機能・相同性
機能・相同性情報


GPI anchor binding / homotypic cell-cell adhesion / negative regulation of myotube differentiation / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / pilus / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / negative regulation of anoikis / side of membrane / Cell surface interactions at the vascular wall ...GPI anchor binding / homotypic cell-cell adhesion / negative regulation of myotube differentiation / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / pilus / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / negative regulation of anoikis / side of membrane / Cell surface interactions at the vascular wall / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / cell surface / protein homodimerization activity / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Adhesin, Dr-family / Adhesin, Dr family, signal peptide / Dr-family adhesin / Dr family adhesin / Dr adhesin / Dr-adhesin superfamily / : / Adhesion domain superfamily / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain ...Adhesin, Dr-family / Adhesin, Dr family, signal peptide / Dr-family adhesin / Dr family adhesin / Dr adhesin / Dr-adhesin superfamily / : / Adhesion domain superfamily / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MTN / Cell adhesion molecule CEACAM5 / Afimbrial adhesin AFA-III
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液NMR / HADDOCK
Model type detailsMINIMIZED AVERAGE
データ登録者Korotkova, N. / Yang, Y. / Le Trong, I. / Cota, E. / Demeler, B. / Marchant, J. / Thomas, W.E. / Stenkamp, R.E. / Moseley, S.L. / Matthews, S.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2008
タイトル: Binding of Dr Adhesins of Escherichia Coli to Carcinoembryonic Antigen Triggers Receptor Dissociation.
著者: Korotkova, N. / Yang, Y. / Le Trong, I. / Cota, E. / Demeler, B. / Marchant, J. / Thomas, W.E. / Stenkamp, R.E. / Moseley, S.L. / Matthews, S.
履歴
登録2007年10月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月12日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AFIMBRIAL ADHESIN AFA-III
N: ARCINOEMBRYONIC ANTIGEN-RELATED CELL ADHESION MOLECULE 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5645
ポリマ－27,7712
非ポリマー7933
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 200REPRESENTATIVE STRUCTURE
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 AFIMBRIAL ADHESIN AFA-III / AFAE


分子量: 15456.051 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 38-160 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: DR/AFA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q57254
#2: タンパク質 ARCINOEMBRYONIC ANTIGEN-RELATED CELL ADHESION MOLECULE 5 / CEA / CARCINOEMBRYONIC ANTIGEN / MECONIUM ANTIGEN 100 / CD66E ANTIGEN


分子量: 12314.913 Da / 分子数: 1 / 断片: N DOMAIN, RESIDUES 35-144 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P06731
#3: 化合物 ChemComp-MTN / S-[(1-oxyl-2,2,5,5-tetramethyl-2,5-dihydro-1H-pyrrol-3-yl)methyl] methanesulfonothioate / MTSL


分子量: 264.385 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H18NO3S2
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: HSQC
NMR実験の詳細Text: STRUCTURE WAS DETERMINED USING NMR RESTRAINT DRIVEN DOCKING (CHEMICAL SHIFTA AND PARAMAGNETIC RELAXATION ENHANCEMENTS (PRES)

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試料調製

詳細内容: 10% H20/90% D20
試料状態イオン強度: 2- mM / pH: 7 / 圧: 1.0 atm / 温度: 303.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker OTHER / 製造業者: Bruker / モデル: OTHER / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS, GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES, PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN精密化
CNS構造決定
精密化手法: HADDOCK / ソフトェア番号: 1 / 詳細: WATER SHELL
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: REPRESENTATIVE STRUCTURE
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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