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万見
- PDB-6f34: Crystal structure of a bacterial cationic amino acid transporter ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f34
タイトルCrystal structure of a bacterial cationic amino acid transporter (CAT) homologue bound to Arginine.
要素
  • Amino acid transporter
  • MgtS
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Amino Acid Transporter / SLC7
機能・相同性
機能・相同性情報


magnesium ion homeostasis / cellular response to magnesium starvation / amino acid transmembrane transporter activity / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Small protein MgtS-like / Amino acid/polyamine transporter I / Amino acid permease
類似検索 - ドメイン・相同性
ARGININE / CHOLESTEROL / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Small protein MgtS / Amino acid transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus kaustophilus (バクテリア)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.13 Å
データ登録者Jungnickel, K.E.J. / Newstead, S.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust102890/Z/13/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structural basis for amino acid transport by the CAT family of SLC7 transporters.
著者: Jungnickel, K.E.J. / Parker, J.L. / Newstead, S.
履歴
登録2017年11月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amino acid transporter
C: MgtS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8996
ポリマ－52,6242
非ポリマー1,2754
水1,33374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Transporter is a heterodimer in solution.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2690 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area20250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.037, 82.699, 118.782
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 Amino acid transporter


分子量: 49658.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus kaustophilus (バクテリア)
株: HTA426 / 遺伝子: GK0930, ApcT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q5L1G5
#2: タンパク質・ペプチド MgtS


分子量: 2965.577 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: yneM, b4599, JW1527.1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: A5A616

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非ポリマー , 4種, 78分子

#3: 化合物 ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N4O2
#4: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#5: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.99 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 4
詳細: 28-34 % PEG 400, 0.1 M sodium acetate pH 4.0 and 0.1 M potassium fluoride, containing 10 mM of the amino acid ligand.

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.13→64.63 Å / Num. obs: 13951 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 94.64 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.173 / Rpim(I) all: 0.074 / Rrim(I) all: 0.188 / Net I/σ(I): 5.5 / Num. measured all: 89902 / Scaling rejects: 84
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
3.13-3.216.31.45210320.6790.6181.58199.8
14-64.635.10.0361950.9980.0210.04299.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
PHENIX1.12-2829-000精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
DIALSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5OQT

5oqt


解像度: 3.13→50.926 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.62
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2619 799 5.76 %
Rwork0.2312 --
obs0.233 13867 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 215.42 Å2 / Biso mean: 99.082 Å2 / Biso min: 55.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.13→50.926 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3699 0 80 74 3853
Biso mean--112.58 84.88 -
残基数----485
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023874
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4745279
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036633
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003638
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.3552241
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.13-3.32610.34041290.31932133226299
3.3261-3.58290.35791310.283221312262100
3.5829-3.94330.30231260.25421562282100
3.9433-4.51360.3021320.220721722304100
4.5136-5.68550.25381380.216221862324100
5.6855-50.93230.20251430.20972290243399
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -12.3337 Å / Origin y: -1.9101 Å / Origin z: 25.4411 Å
111213212223313233
T0.974 Å2-0.0818 Å2-0.029 Å2-0.7464 Å20.0584 Å2--0.4859 Å2
L1.2133 °2-0.2033 °2-0.0972 °2-2.1688 °20.6838 °2--0.7378 °2
S0.1126 Å °0.0211 Å °-0.0752 Å °-0.2738 Å °-0.0533 Å °0.1259 Å °0.2474 Å °-0.2407 Å °-0.0506 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 461
2X-RAY DIFFRACTION1allB2
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 27
4X-RAY DIFFRACTION1allD1
5X-RAY DIFFRACTION1allE12 - 13
6X-RAY DIFFRACTION1allW1 - 98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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