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- PDB-6dmf: Bacteroides ovatus mixed-linkage glucan utilization locus (MLGUL)... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6dmf | |||||||||
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Title | Bacteroides ovatus mixed-linkage glucan utilization locus (MLGUL) SGBP-A with cellohexaose | |||||||||
![]() | mixed-linkage glucan utilization locus (MLGUL) SGBP-B | |||||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / SGBP-A / Bacteroides ovatus / SusD / beta-glucan | |||||||||
Function / homology | SusD-like 2 / Starch-binding associating with outer membrane / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / beta-cellopentaose / beta-cellohexaose / ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / SusD/RagB family nutrient-binding outer membrane lipoprotein![]() | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Koropatkin, N.M. / Bahr, C.M. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Surface glycan-binding proteins are essential for cereal beta-glucan utilization by the human gut symbiont Bacteroides ovatus. Authors: Tamura, K. / Foley, M.H. / Gardill, B.R. / Dejean, G. / Schnizlein, M. / Bahr, C.M.E. / Louise Creagh, A. / van Petegem, F. / Koropatkin, N.M. / Brumer, H. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 2 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 1.7 MB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6e57C ![]() 6e60C ![]() 6e61C ![]() 6e9bC ![]() 6dk2S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
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Components
-Protein , 1 types, 10 molecules ABCDEFGHIJ
#1: Protein | Mass: 58590.934 Da / Num. of mol.: 10 / Fragment: UNP residues 40-558 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 8483 / DSM 1896 / JCM 5824 / NCTC 11153 / Gene: BACOVA_02743 / Production host: ![]() ![]() |
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-Sugars , 2 types, 10 molecules
#2: Polysaccharide | beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D- ...beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-cellopentaose |
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#3: Polysaccharide | beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D- ...beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-cellohexaose |
-Non-polymers , 5 types, 986 molecules ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | ChemComp-MG / #5: Chemical | ChemComp-ACT / #6: Chemical | ChemComp-PEG / #7: Chemical | ChemComp-EDO / #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.19 Å3/Da / Density % sol: 61.4 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: Molecular Dimensions Crystal Strategy Screen I, well G3 (0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris acetate, pH 8.5, 25% PEG2000 MME). Temp details: room temperature |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Ambient temp details: cryo |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 10, 2016 |
Radiation | Monochromator: diamond(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→49.6 Å / Num. obs: 283596 / % possible obs: 99.93 % / Redundancy: 8.5 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.2249 / Rrim(I) all: 0.2396 / Net I/σ(I): 8.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.487 Å / Redundancy: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 1.755 / Mean I/σ(I) obs: 1.11 / Num. unique obs: 28197 / CC1/2: 0.58 / % possible all: 99.52 |
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 6DK2 Resolution: 2.4→49.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 22.491 / SU ML: 0.215 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.235 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 147.66 Å2 / Biso mean: 34.414 Å2 / Biso min: 15.45 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.4→49.6 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.401→2.464 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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