PDB-6dk2: Bacteroidetes AC2a SusD-like

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dk2

タイトル

Bacteroidetes AC2a SusD-like

要素

SusD

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / SusD-like / cellulose / rumen / Bacteroidetes

機能・相同性

SusD-like 2 / Starch-binding associating with outer membrane / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / SusD

機能・相同性情報

生物種

Bacteroidetes bacterium AC2a (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.02 Å

データ登録者

Koropatkin, N.M.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: To Be Published
著者: Koropatkin, N.M. / Bahr, C.M.E. / Pope, P.B. / Naas, A.E.

履歴

登録	2018年5月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年8月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dk2.cif.gz	477.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dk2.ent.gz	391.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6dk2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/6dk2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/6dk2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5j5uS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4tr2-2 6dmf-1 3wpv-2 3wpz-3 6jqh-2 3wpz-2 6dmf-2 4go9-2 3wpv-3 3gbd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: SusD

B: SusD

ヘテロ分子

122 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SusD

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis
61.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: SusD

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
60.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.703, 140.269, 186.630
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	SusD 分子量: 59657.348 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 33-560 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: metagenomic data set 由来: (組換発現) Bacteroidetes bacterium AC2a (バクテリア) プラスミド: PETite Nhis / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: A0A076ML24
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 984 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.5 M ammonium sulphate, 50 mM Tris-HCl pH 7.5 / Temp details: cold room

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryo
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月15日
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.02→56.93 Å / Num. obs: 172008 / % possible obs: 99.71 % / 冗長度: 6.2 % / B_iso Wilson estimate: 35.74 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.085 / R_rim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 11.13
反射シェル	解像度: 2.02→2.094 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.521 / Mean I/σ(I) obs: 2.27 / Num. unique obs: 17235 / CC_1/2: 0.914 / % possible all: 99.99

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.47 Å	93.35 Å
Translation	2.47 Å	93.35 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0222	精密化
xia2		データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
xia2		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5J5U

5j5u

解像度: 2.02→56.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / SU B: 5.489 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.087
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1761	8392	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1516	-	-	-
obs	0.1528	163616	98.69 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 130.54 Å² / B_iso mean: 43.579 Å² / B_iso min: 23.68 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.98 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.45 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.02→56.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8220	0	184	984	9388
B_iso mean	-	-	77.9	50.91	-
残基数	-	-	-	-	1031

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.014	8617
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	7328
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.921	1.67	11696
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.834	1.661	17129
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.851	5	1035
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.058	22.597	489
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.013	15	1284
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.359	15	52
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.047	0.2	1100
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	9768
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1716
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.704	3	15945
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	31.514	5	505
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	16.714	5	16238

LS精密化シェル

解像度: 2.022→2.074 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.256	630	-
R_work	0.22	12114	-
all	-	12744	-
obs	-	-	99.88 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8762	-0.3325	0.4535	0.7834	-0.3089	0.9124	0.0332	-0.2328	0.0647	0.1594	-0.0264	0.0173	-0.042	0.0147	-0.0068	0.045	0.0015	0.0169	0.1042	0.0174	0.0164	7.5957	-39.5968	21.2162
2	0.8693	0.057	0.0802	1.1741	0.5181	1.7572	-0.0877	-0.001	-0.15	0.1044	-0.07	0.024	0.107	0.0271	0.1578	0.0701	-0.0592	0.0749	0.187	-0.1289	0.1563	-27.1678	-16.7431	43.3293

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	36 - 560
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	36 - 560

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)