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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5j0z | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of GLIC in complex with DHA | |||||||||
要素 | Proton-gated ion channel | |||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / pLGIC / cys loop / GLIC | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sodium channel activity / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / potassium channel activity / transmembrane transporter complex / regulation of membrane potential / transmembrane signaling receptor activity / neuron projection / signal transduction / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Gloeobacter violaceus (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å | |||||||||
データ登録者 | Basak, S. / Schmandt, N. / Chakrapani, S. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2017 タイトル: Crystal structure and dynamics of a lipid-induced potential desensitized-state of a pentameric ligand-gated channel. 著者: Basak, S. / Schmandt, N. / Gicheru, Y. / Chakrapani, S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5j0z.cif.gz | 330.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5j0z.ent.gz | 265.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5j0z.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5j0z_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5j0z_full_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5j0z_validation.xml.gz | 56.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5j0z_validation.cif.gz | 76 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/5j0z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/5j0z | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4hfiS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 5 - 315 / Label seq-ID: 1 - 311
NCSアンサンブル:
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 11分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 35642.043 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Gloeobacter violaceus (strain PCC 7421) (バクテリア) 株: PCC 7421 / 遺伝子: glvI, glr4197 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7NDN8 #3: 糖 | ChemComp-LMT / |
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-非ポリマー , 6種, 42分子
#2: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-HXA / #7: 化合物 | ChemComp-PLC / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.85 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: 225 mM ammonium sulfate, 50 mM sodium acetate pH 4.0, 7.5-10% PEG 4000 PH範囲: 3.2-4.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9787 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9787 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.25→61.31 Å / Num. obs: 64340 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 2.8 % / Net I/σ(I): 6.7 |
反射 シェル | 解像度: 3.25→3.34 Å / 冗長度: 2.8 % / % possible all: 98.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4HFI 解像度: 3.25→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.901 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 30.489 / SU ML: 0.421 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.812 / ESU R Free: 0.428 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 246.74 Å2 / Biso mean: 100.715 Å2 / Biso min: 16.33 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.25→30 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.25→3.333 Å / Total num. of bins used: 20
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