PDB-5izs: De novo design of protein homo-oligomers with modular hydrogen bo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5izs

タイトル

De novo design of protein homo-oligomers with modular hydrogen bond network-mediated specificity

要素

Designed protein 5L6HC3_1

キーワード

DE NOVO PROTEIN / rosetta / de novo design

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.36 Å

データ登録者

Sankaran, B. / Zwart, P.H. / Pereira, J.H. / Baker, D. / Boyken, S. / Chen, Z. / Oberdorfer, G.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: De novo design of protein homo-oligomers with modular hydrogen-bond network-mediated specificity.
著者: Boyken, S.E. / Chen, Z. / Groves, B. / Langan, R.A. / Oberdorfer, G. / Ford, A. / Gilmore, J.M. / Xu, C. / DiMaio, F. / Pereira, J.H. / Sankaran, B. / Seelig, G. / Zwart, P.H. / Baker, D.

履歴

登録	2016年3月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月1日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5izs.cif.gz	205.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5izs.ent.gz	170.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5izs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5izs_validation.pdf.gz	465.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5izs_full_validation.pdf.gz	472.2 KB	表示
XML形式データ	5izs_validation.xml.gz	19.1 KB	表示
CIF形式データ	5izs_validation.cif.gz	26.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iz/5izs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iz/5izs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5j0hC 5j0iC 5j0jC 5j0kC 5j0lC 5j10C 5j2lC 5j73C 5jqzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3wfv-1 2wfc-2 4k7o-4 4k7n-2 2vl2-2 1hd2-1 4k7n-1 2ebo-d 5j9c-d 2pwj-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Designed protein 5L6HC3_1

B: Designed protein 5L6HC3_1

C: Designed protein 5L6HC3_1

D: Designed protein 5L6HC3_1

E: Designed protein 5L6HC3_1

F: Designed protein 5L6HC3_1

67.9 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Designed protein 5L6HC3_1

B: Designed protein 5L6HC3_1

C: Designed protein 5L6HC3_1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering, SAXS
33.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Designed protein 5L6HC3_1

E: Designed protein 5L6HC3_1

F: Designed protein 5L6HC3_1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering, SAXS
33.9 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	72.670, 72.670, 88.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	143
Space group name H-M	P3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-118- HOH

詳細

Trimer according to SEC-MALS and SAXS data

#1: タンパク質	Designed protein 5L6HC3_1 分子量: 11311.688 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.94 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Sodium Fluoride, 0.1 M MES pH 5.5 , 20 % PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.36→51.24 Å / Num. obs: 21259 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 22.6 Å² / CC_1/2: 0.9 / R_merge(I) obs: 0.148 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	最高解像度: 2.36 Å / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.715 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.36→51.237 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 28.81 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2688	1091	5.13 %
R_work	0.2453	-	-
obs	0.2465	21249	99.05 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.36→51.237 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3971	0	0	125	4096

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	4005
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.628	5345
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.773	1682
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.021	629
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	702

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3602-2.4676	0.3114	135	0.2683	2554	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4676-2.5977	0.3032	140	0.2517	2531	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5977-2.7605	0.3043	143	0.2505	2483	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7605-2.9736	0.2999	135	0.263	2541	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9736-3.2728	0.3002	119	0.2449	2566	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2728-3.7462	0.2379	154	0.2228	2479	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7462-4.7193	0.2042	127	0.2124	2543	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7193-51.2495	0.3051	138	0.2912	2461	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0779	-0.0265	0.0318	-0.0341	-0.0143	0.0065	-0.0567	0.0251	0.059	0.0733	0.3906	0.2976	0.0379	-0.1317	-0	0.1746	0.1095	0.0798	0.1707	0.0561	0.1575	4.0778	21.6969	-52.0694
2	0.0159	0.1556	-0.0041	0.0845	0.0402	0.0044	0.0463	-0.0792	0.1102	-0.0434	-0.078	-0.0773	-0.3037	-0.0065	-0	0.0626	0.078	-0.0189	0.2349	-0.0468	0.0897	4.03	32.2614	-51.4135
3	0.1172	-0.019	-0.0486	0.2154	-0.0383	0.0081	0.056	-0.0747	-0.0164	0.0119	0.129	-0.0665	0.1337	-0.0673	0	0.0957	0.0292	-0.0517	0.182	-0.0255	0.1648	14.5809	15.6068	-51.2362
4	0.0805	-0.1985	-0.0331	-0.1706	0.0372	0.0099	0.0318	-0.1596	-0.1813	-0.3383	-0.0065	0.1036	0.3182	-0.3181	0	-0.023	-0.0662	-0.0473	0.2592	0.0784	0.2142	5.3201	10.3143	-50.6115
5	0.0573	0.21	-0.0064	0.0267	0.0113	0.0094	0.0671	0.0056	0.1007	0.1119	0.1076	-0.1256	-0.3146	0.0144	0	0.1024	0.0889	-0.0266	0.1865	-0.0345	0.139	13.8946	28.0793	-48.1624
6	-0.1124	-0.0755	0.0864	-0.1214	-0.0528	0.0198	0.304	-0.1707	-0.2268	0.2046	-0.1985	-0.2125	0.3062	0.2514	-0	-0.0016	0.0824	0.0163	0.1613	-0.0581	0.1715	22.9065	23.0978	-49.5644
7	-0.1866	-0.01	0.0548	-0.2556	-0.0321	0.0166	0.0372	0.0757	0.1541	0.665	0.6928	-0.7071	0.0958	0.2646	-0	-0.2541	-0.18	0.2057	0.1919	0.0216	0.0519	-6.4633	19.8146	-11.4239
8	0.0315	-0.1098	0.0219	-0.0227	-0.0533	0.0247	-0.2436	0.1192	0.0913	-0.017	-0.3209	-0.3241	-0.3047	0.1123	-0	0.054	-0.1095	-0.048	0.1917	-0.0024	0.0809	-5.7148	30.1765	-11.7574
9	0.0013	0.0105	-0.013	0.0394	0.0083	0.001	-0.1045	0.1579	0.1586	0.4013	0.1607	-0.1287	-0.0716	-0.0719	0	-0.2313	-0.1376	0.1724	0.3095	0.0834	0.0828	-16.1509	26.673	-12.6387
10	0.0214	0.2068	0.0561	0.1548	-0.07	0.0227	0.2503	-0.2698	-0.2511	-0.1934	0.3184	-0.0162	-0.23	-0.3218	0	0.1846	-0.0162	0.0161	0.2672	0.0316	0.1415	-25.6923	22.2063	-8.7518
11	0.0612	0.0808	-0.078	0.0349	-0.0104	0.0144	0.1148	0.0696	-0.073	0.0272	0.0148	0.1197	0.0835	-0.037	0	0.1732	-0.0152	-0.0344	0.1782	-0.0041	0.1408	-17.7757	14.7855	-12.9218
12	0.0085	0.1379	0.0219	0.0224	0.0559	0.016	0.1989	-0.1714	-0.2989	0.024	0.0984	-0.1544	0.2678	0.1806	-0	0.1349	0.068	0.0384	0.0008	-0.1351	0.1041	-8.7654	9.0073	-7.737

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 44 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 45 through 82 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 6 through 44 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 45 through 82 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 4 through 41 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 42 through 85 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and (resid 3 through 44 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 45 through 84 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'E' and (resid 4 through 41 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'E' and (resid 42 through 84 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'F' and (resid 3 through 41 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'F' and (resid 42 through 82 )

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